扁彎口吸蟲(chóng)、中華許氏絳蟲(chóng)、短頸鯉蠢絳蟲(chóng)線(xiàn)粒體基因組全序列的測(cè)定及分析.pdf

1、我國(guó)寄生蟲(chóng)病的種類(lèi)多樣，分布廣泛，且感染率較高，不僅危害動(dòng)物體健康，也危害著人類(lèi)的健康。扁彎口吸蟲(chóng)、中華許氏絳蟲(chóng)、短頸鯉蠢絳蟲(chóng)作為水產(chǎn)養(yǎng)殖魚(yú)類(lèi)的重要寄生蟲(chóng)，目前對(duì)它們的研究主要集中在蟲(chóng)體形態(tài)結(jié)構(gòu)、流行病學(xué)診斷和寄生蟲(chóng)病防治方面，而對(duì)其分子水平的研究較少，尤其是對(duì)其完整線(xiàn)粒體基因組方面的研究還未見(jiàn)報(bào)道。而線(xiàn)粒體 DNA是研究生物分子分類(lèi)、動(dòng)物的群體遺傳、系統(tǒng)的分類(lèi)等方面的一種理想標(biāo)記。因此，本研究以扁彎口吸蟲(chóng)、中華許氏絳蟲(chóng)、短頸鯉蠢絳蟲(chóng)為

2、研究對(duì)象，利用分子生物學(xué)方法，分別獲得了它們的線(xiàn)粒體基因組全序列，并分析基因組的堿基組成、排列順序、密碼子的使用及系統(tǒng)發(fā)育分析等。
　　利用酚-氯仿抽提法提取蟲(chóng)體 DNA，依據(jù)保守區(qū)的序列設(shè)計(jì)引物，把基因組劃分為多個(gè)片段，片段間有重疊區(qū)部分，再通過(guò)PCR擴(kuò)增出線(xiàn)粒體的特定片段，經(jīng)過(guò)純化之后直接進(jìn)行測(cè)序，然而由于PCR產(chǎn)物在直接測(cè)序時(shí)，引物端約有幾十個(gè)堿基是測(cè)不出來(lái)的，因此需要將PCR的產(chǎn)物克隆，挑選3~5個(gè)克隆產(chǎn)物，使用通用引物測(cè)

3、序，從而獲得完整的序列信息，最后將所得到的序列拼接成完整的基因組全序列。對(duì)基因組進(jìn)行分析，用 MEGA6.0軟件采用最大似然法繪制進(jìn)化樹(shù)。得到的結(jié)果如下：
　　1.通過(guò)本研究，首次獲得了扁彎口吸蟲(chóng)線(xiàn)粒體基因組全序列，并對(duì)它們的特征進(jìn)行了分析，豐富了吸蟲(chóng)線(xiàn)粒體全基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，基于氨基酸水平的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)從分子水平上探討了扁彎口吸蟲(chóng)與其他吸蟲(chóng)的進(jìn)化關(guān)系。扁彎口吸蟲(chóng)線(xiàn)粒體基因組大小為13796bp，包含12個(gè)編碼蛋白質(zhì)基因(PCG)，2個(gè)

4、rRNA，22個(gè)tRNA以及1個(gè)非編碼區(qū)(NCR)，AT含量64.29％，密碼子具有堿基偏好性，以ATG和GTG作為起始密碼子，TAG、TAA和T作為終止密碼子，TTT(F)的使用頻率最高，具有吸蟲(chóng)線(xiàn)粒體基因組的一般特征。系統(tǒng)發(fā)育分析表明，扁彎口吸蟲(chóng)呈獨(dú)立的一支，相比較而言，不能得出其與所選的任意科的吸蟲(chóng)關(guān)系更近。
　　2.通過(guò)本研究，首次獲得了中華許氏絳蟲(chóng)和短頸鯉蠢絳蟲(chóng)線(xiàn)粒體基因組全序列，并對(duì)它們的特征進(jìn)行了分析，豐富了絳蟲(chóng)線(xiàn)粒

5、體全基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，基于氨基酸水平的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)從分子水平上探討了二種絳蟲(chóng)與其他吸蟲(chóng)的進(jìn)化關(guān)系。中華許氏絳蟲(chóng)和短頸鯉蠢絳蟲(chóng)線(xiàn)粒體基因組大小分別為13759bp，14504bp，都有12個(gè)編碼蛋白質(zhì)基因(PCG)，2個(gè)rRNA，22個(gè)tRNA以及2個(gè)非編碼區(qū)，AT含量分別為60.30%和63.29%，密碼子都具有堿基偏好性，且都以ATG和GTG作為起始密碼子，TAG、TAA和T作為終止密碼子，TTT(F)的使用頻率最高，且兩者的非編碼區(qū)位置相