我國南方四省HIV-1 CRF01_AE流行毒株基因特征研究.pdf

1、目的：分析我國南方四省HIV-1感染者中流行的CRF01_AE毒株的遺傳特征。 方法：從廣東、廣西、江西和湖南2006年新報(bào)告HIV-1感染者的血漿樣本中提取病毒RNA，用逆轉(zhuǎn)錄/巢式PCR方法擴(kuò)增gag和env基因片段，對(duì)獲得的核酸序列以及拼接的gagenv序列構(gòu)建Neighbor—Joining進(jìn)化樹，確定主要的流行簇，并對(duì)CRF01_AE不同流行簇毒株進(jìn)行分析；運(yùn)用VESPA（Viral Epidemiology Sign

2、ature Pattern Analysis）、Entropy、Consensus Maker等軟件分析不同的流行簇毒株遺傳變異特征；并且利用BEAST（Bayesian Evolutionary Analysis by Sampling Trees）軟件估算我國南方四省CRF01_AE主要流行簇毒株的流行起始時(shí)間和平均進(jìn)化速率。 結(jié)果：從四個(gè)省獲得的CRF01_AE毒株感染病例210例，主要通過異性性接觸（130/210，61

3、．9％）和靜脈注射吸毒（61/210，29．1％）感染。利用不同基因區(qū)序列以及gagenv序列分別進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化樹分析，發(fā)現(xiàn)我國南方四省的CRF01_AE毒株形成兩個(gè)主要的流行簇，其中，流行簇Ⅰ包含123例樣本，流行簇Ⅱ包含57例樣本，其它33例樣本的序列散在分布于兩個(gè)流行簇之間。流行簇Ⅰ與流行簇Ⅱ的人群分布組成存在顯著差異。VESPA和共享序列分析特征性氨基酸結(jié)果顯示，兩個(gè)流行簇毒株在gag基因片段的發(fā)現(xiàn)3個(gè)特征性氨基酸位點(diǎn)，env基因

4、片段存在10個(gè)特征性氨基酸位點(diǎn)。在13個(gè)特征性氨基酸位點(diǎn)中，有8個(gè)位點(diǎn)的氨基酸存在極性差異，主要表現(xiàn)為在流行簇Ⅰ內(nèi)為疏水氨基酸，在流行簇Ⅱ毒株相應(yīng)的位點(diǎn)為親水氨基酸。核苷酸遺傳多樣性分析結(jié)果顯示，兩個(gè)流行簇毒株在gag基因片段上42個(gè)位點(diǎn)的核苷酸多態(tài)性存在顯著差異，env基因片段40個(gè)位點(diǎn)的核苷酸多態(tài)性存在差異。流行簇Ⅰ相對(duì)獨(dú)立，未發(fā)現(xiàn)與之相關(guān)的已知國際流行毒株，其最近祖先株形成時(shí)間為13．0年，平均進(jìn)化速率為6．72×10-3替換/位

5、點(diǎn)/年；而流行簇Ⅱ毒株與來自越南的不同年代的多條序列混雜在一起，流行起始時(shí)間稍早于流行簇Ⅰ，平均進(jìn)化速率為12．25×10-3替換/位點(diǎn)/年。 結(jié)論：本研究通過Neighbour—Joining系統(tǒng)進(jìn)化樹Interior Branch Test檢驗(yàn)方法和gagenv拼接序列構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹兩種方法的結(jié)合，發(fā)現(xiàn)南方四省的210例CRF01_AE感染者中存在兩個(gè)主要的流行簇。流行簇Ⅰ毒株具有較低的遺傳多樣性和較慢的進(jìn)化速率，最近共同祖