多種細(xì)菌高表達(dá)基因的預(yù)測(cè)、比較以及分析.pdf

1、在本篇論文中對(duì)八種常見人類傳染病的十種病原體細(xì)菌的高表達(dá)基因進(jìn)行了預(yù)測(cè)與分析，我們采用了兩種基于密碼子使用偏性的方法即密碼子適用指數(shù)CAI和E(g)指數(shù)來預(yù)測(cè)這十種細(xì)菌中的高表達(dá)基因，經(jīng)過翻譯選擇壓力指數(shù)S的篩選，五個(gè)具有較大翻譯選擇壓力的基因組被選擇用來分析。五個(gè)選擇的基因組中共有44個(gè)共同預(yù)測(cè)的高表達(dá)基因，包括36個(gè)核糖體蛋白基因、7個(gè)編碼主要的轉(zhuǎn)錄/翻譯因子基因以及分子伴侶蛋白DnaK。功能類分析表明預(yù)測(cè)的高表達(dá)基因大多數(shù)都屬于蛋

2、白質(zhì)合成以及翻譯后修飾、能量代謝等生物必須的基礎(chǔ)代謝環(huán)節(jié)，致病性因子分析表明絕大多數(shù)致病性因子基因均為中等或者低等水平表達(dá)，只有少數(shù)基因被預(yù)測(cè)為高表達(dá)基因，且不同基因組中高表達(dá)致病性基因均不一致，說明五種致病菌的不同致病機(jī)理。
　　通過使用實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)與CAI和E(g)理論預(yù)測(cè)值進(jìn)行比較分析，我們發(fā)現(xiàn)CAI和E(g)預(yù)測(cè)高表達(dá)基因的理論值與實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的相關(guān)性沒有顯著差異，說明兩種方法預(yù)測(cè)的結(jié)果的準(zhǔn)確性等基本相同。而在另外一項(xiàng)研究中我們發(fā)

3、現(xiàn)兩種方法預(yù)測(cè)高表達(dá)基因的重合率與密碼子使用偏性有著很好的正相關(guān)性，我們提出可以采用兩種方法的重合率作為判斷細(xì)菌基因組密碼子使用偏性的重要指標(biāo)，為高表達(dá)基因預(yù)測(cè)等工作提供依據(jù)。
　　在對(duì)33個(gè)具有兩條染色體的細(xì)菌基因組的高表達(dá)基因研究工作中，我們發(fā)現(xiàn)除了爭(zhēng)論貪噬菌外的其他基因組中，第一條染色體上高表達(dá)基因的數(shù)量、高表達(dá)基因所占基因總數(shù)的百分比以及兩種方法預(yù)測(cè)的高表達(dá)基因的重合率均要高于第二條染色體，說明了第一條染色體對(duì)細(xì)菌而言具有