廣東嚴(yán)重急性呼吸綜合征突發(fā)事件流行病學(xué)研究.pdf

1、目的 (1)根據(jù)廣東地區(qū)2002年11月至2003年5月臨床診斷SARS病例，篩檢實(shí)驗(yàn)診斷SARS病例；分析其實(shí)驗(yàn)診斷SARS病例流行病學(xué)特征，描述SARS流行的時間分布、地點(diǎn)分布和人群分布，并計(jì)算其危險(xiǎn)因素的比值比(OR)和95％可信區(qū)間(CI)等。 (2)比較目前各種SARS的檢測方法，分析各種檢測方法的差異和優(yōu)劣，并結(jié)合臨床SARS特征以期歸納出最佳的實(shí)驗(yàn)診斷策略。 (3)探索三個影響因素：①氣候因素 ②

2、毒株因素 ③患者因素 方法 (1)對SARS臨床診斷病例進(jìn)行統(tǒng)一個案調(diào)查，流行病學(xué)篩檢方法(并聯(lián)試驗(yàn))篩選實(shí)驗(yàn)室診斷病例作為研究對象，即：臨床病例標(biāo)本基因(SARS-CoV基因)或抗體(IgG抗體)二者之一為陽性即被選擇作為研究對象；描述流行病學(xué)和統(tǒng)計(jì)學(xué)方法分析結(jié)果，并計(jì)算SARS危險(xiǎn)因素的比值比(OR)和95％可信區(qū)間(CI)。 (2)采用巢式RT-PCR和實(shí)時熒光定量PCR方法檢測患者咽痰標(biāo)本，采用ELIS

3、A方法檢測患者血清IgG抗體，同時采用細(xì)胞培養(yǎng)技術(shù)對咽痰標(biāo)本進(jìn)行病毒分離，并對不同檢測方法的實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行卡方檢驗(yàn)和二項(xiàng)分布分析，以期比較和歸納出最佳的SARS檢測和診斷途徑。 (3)氣候因素：收集廣東地區(qū)2003年1～5月SARS發(fā)病資料及每日平均氣壓(Pa)，平均氣溫(Ta)、最高氣溫(Th)、最低氣溫(Tl))等氣候資料，分析每日SARS發(fā)病和氣候資料的相關(guān)性，進(jìn)行回歸分析、曲線估計(jì)和曲線擬合等。 (4)毒株因素：對

4、廣東地區(qū)2003年SARSCoV毒株E、M、N、S基因、2004年SARS-CoV毒S基因進(jìn)行基因序列檢測，同時從GenBank收集世界各地SARS-CoV毒株基因組核苷酸序列，采用DNAStar5.0軟件，對檢索的SARS-CoV的E、M、N、S基因核苷酸序列及其編碼氨基酸序列進(jìn)行比對和分析。 (5)患者因素：檢索與SARS危險(xiǎn)因素和死亡分析的相關(guān)文獻(xiàn)；根據(jù)文獻(xiàn)中的原始數(shù)據(jù)，對各文獻(xiàn)患者危險(xiǎn)因素計(jì)算OR和95％CI；對計(jì)量資料

5、，合并和計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)差平方、標(biāo)準(zhǔn)誤、方差齊性檢驗(yàn)，然后進(jìn)行t檢驗(yàn)；根據(jù)綜合和匯集各檢索文獻(xiàn)報(bào)告，對危險(xiǎn)因素進(jìn)行Meta分析。 結(jié)果 (1)流行特征：廣東地區(qū)2002年11月至2003年5月共發(fā)生實(shí)驗(yàn)診斷SARS病例345例，男女比例為1∶1.56，男性和女性發(fā)病年齡高峰分別在30～歲年齡組和20～歲年齡組；發(fā)病高峰在2月，職業(yè)分布中醫(yī)務(wù)人員占49.38％(170/345)：全省共有13個地級市有SARS病例發(fā)生，廣州病例占6

6、8.1％(235/345)。聚集性特征主要在醫(yī)務(wù)人員和家庭中，醫(yī)務(wù)人員有28間醫(yī)院170人發(fā)病；但34.5％(119/345)病例無接觸史。SARS病例中，97.7％(337/345)轉(zhuǎn)歸痊愈，死亡8人，病死率為2.3％(8/345)。 SARS患者死亡危險(xiǎn)因素中，男性O(shè)R=1.573(0.390～6.337)；年齡≥50歲的OR=5.481(1.536～19.564)；有接觸史的OR=1.143(0.2703～4.834)。

7、 PCR方法檢測咽拭標(biāo)本135例，陽性占39.1％(135/345)；血清IgG抗體306例，陽性占88.7％(306/345)。統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn)發(fā)現(xiàn)，采用并聯(lián)方法篩檢提高實(shí)驗(yàn)室診斷陽性率。 (2)方法比較：巢式RT-PCR采用BNI引物和CDC引物檢測，結(jié)果兩種不同引物的RT-PCR檢測結(jié)果完全一致；巢式RT-PCR與熒光定量PCR檢測比較，兩種檢測方法敏感度類似，檢測結(jié)果基本一致。 比較PCR方法和ELISA方法檢測

8、病毒基因和IgG抗體，結(jié)果發(fā)現(xiàn)PCR方法與ELISA方法敏感度不同，兩種方法對于臨床診斷具有互補(bǔ)性：即RT-PCR方法檢測臨床早期患者的咽拭通常有陽性結(jié)果，而此時特異性抗體可能尚未產(chǎn)生；而臨床后期患者的血清的ELISA抗體通常陽性，但RT-PCR方法檢測臨床晚期患者的咽拭通常陰性。 采用細(xì)胞培養(yǎng)(Vero-E6細(xì)胞株和Hep-2細(xì)胞株)方法，分離和鑒定13株SARS-CoV毒株；這些毒株對于SARS的診斷、研究、預(yù)防、控制均具有

9、非常重要意義。 (3)氣候因素：2003年1～5月廣東地區(qū)SARS發(fā)病和主要?dú)夂騾?shù)均呈三次模型特征；SARS發(fā)病與平均氣壓呈正相關(guān)，與各溫度參數(shù)均呈負(fù)相關(guān)。曲線擬合發(fā)現(xiàn)，病例數(shù)與最低氣溫(T1)的三次方成曲線關(guān)系；即Y=～32.3943+8.6549X-0.4712X2+0.007273X3。95％臨床病例的最低氣溫正常范圍為6.70℃～24.18℃。超級傳播事件的日最低氣溫均數(shù)為14.57℃；21.50℃以下氣溫易誘發(fā)SAR

10、S超級傳播事件。 (4)毒株因素：以果子貍冠狀病毒(SZ-3)基因序列為基準(zhǔn)，2003年102株人類毒株中，5.9％(6/102)毒株E基因的4個氨基酸發(fā)生置換，2株毒株發(fā)生缺失變異；102株人類毒株中，所有M基因的第5位絲氨酸置換為人類毒株甘氨酸并減少1個糖基化位點(diǎn)，此外M基因有37.3％(38/102)株毒株發(fā)生8個氨基酸置換變異；5.9％(6/102)毒株N基因發(fā)生氨基酸置換，2.9％(3/102)毒株發(fā)生缺失變異；所有人

11、類毒株S基因中9個氨基酸全部發(fā)生變異并增加1個糖基化位點(diǎn)(AA227-229)，與果子貍毒株氨基酸差異比例占0.71％(9/1255)；部分毒株的S基因中27個氨基酸在發(fā)生變異，7株(6.9％，7/102)毒株發(fā)生缺失變異。 從S基因進(jìn)化發(fā)生樹發(fā)現(xiàn)，2003年S基因進(jìn)化程度與SARS流行時間次序基本一致，尤其在廣東地區(qū)2003年SARS流行早期和中期。 2004年SARS-CoV的S基因有7個氨基酸位點(diǎn)不同于HPC的SZ

12、-3毒株，35個氨基酸位點(diǎn)在不同的SARSCoV毒株中置換；HPC-CoV也有20個糖基化位點(diǎn)，所有SARS-CoV均通過No227氨基酸的置換，增加一個糖基化位點(diǎn)(從227-229)。 2004年17株SARS-CoV毒株S基因可以分為兩條進(jìn)化途徑，廣東地區(qū)的GZ0401、GZ0402毒株與同期分離的果子貍毒株S基因序列基本一致；其中，廣東地區(qū)的人類的GZ0401毒株與果子貍的PC4-115毒株S基因相當(dāng)接近，核苷酸同源性達(dá)到

13、99.97％(G232→A232)，氨基酸同源性為100％。 (5)患者因素：Meta分析發(fā)現(xiàn)，并發(fā)癥OR=20.112(10.045～40.230)、患者年齡≥50歲OR=7.705(4.520～13.134)、基礎(chǔ)疾病OR=5.746(3.842～8.594)、男性O(shè)R=2.159(1.211～3.848)，均是SARS感染死亡的危險(xiǎn)因素；淋巴細(xì)胞亞群CD8+(t=12.69；P＜0.01)、CD3+(t=7.54；P＜0.

14、01)、CD4+(t=1.96；P=0.05)計(jì)數(shù)下降是SARS感染死亡的危險(xiǎn)因素。 結(jié)論 (1)首次采用實(shí)驗(yàn)室診斷病例進(jìn)行SARS流行特征分析，發(fā)現(xiàn)廣東地區(qū)SARS發(fā)病具有明顯季節(jié)性、人群聚集性、超級傳染性、發(fā)病城市性和多因素致死性。@SARS潛伏期1～12天，傳播方式是主要通過近距離飛沫傳播，34.5％(119/345)無接觸史病例提示疾病傳播的復(fù)雜性，可能存在空氣傳播。男性、年齡≥50歲和有接觸史是SARS患者死亡

15、的危險(xiǎn)因素。在以后SARS流行期，應(yīng)即時采集急性期咽拭和血清，同時采集恢復(fù)期血清(3周后)，采用敏感和快速的方法檢測，為臨床治療、隔離以及預(yù)防提供依據(jù)。 (2)首次全面分析與比較巢式RT-PCR和實(shí)時熒光定量PCR、ELISAIgG抗體檢測和細(xì)胞培養(yǎng)技術(shù)在不同SARS臨床時期的不同的臨床診斷意義。建議在SARS疑似病例中處理策略包括，①急性期對咽拭和痰液標(biāo)本首先采用實(shí)時熒光定量PCR檢測；無儀器或試劑時，可采用巢式RT-PCR檢

16、測；②早期采用Vero-E6細(xì)胞株對咽拭和痰液標(biāo)本進(jìn)行病毒分離，并RT-PCR檢測；③為了確診，對RT-PCR檢測陽性的DNA片段，進(jìn)行測序分析和基因比對；④恢復(fù)期時，采用ELISA方法對急性期和恢復(fù)期血清進(jìn)行抗體檢測，觀察恢復(fù)期血清抗體滴度是否存在4倍上升。 (3)影響因素之一：廣東地區(qū)SARS發(fā)病的氣侯因素可能包括最低氣溫和平均氣壓；SARS發(fā)病與氣壓呈正相關(guān)，與氣溫呈負(fù)相關(guān)；6.70℃～24.18℃范圍是2003年1～5月

17、廣東地區(qū)出現(xiàn)SARS病例的適合最低溫度；21.50℃以下可能為廣東地區(qū)SARS超級傳播的最佳最低氣溫。無疑，超級傳播事件除氣溫外，還與毒株毒力、患者年齡、基礎(chǔ)疾病、傳播方式等因素有關(guān)。 (4)影響因素之二：首次報(bào)告果子貍冠狀病毒S基因中9個氨基酸置換和1個糖基化位點(diǎn)(AA227-229)的變異(人類冠狀病毒100％毒株變異)，可能導(dǎo)致人類SARS-CoV毒株出現(xiàn)并SARS流行；SARS流行持續(xù)和傳播擴(kuò)大與S基因進(jìn)化變異相一致；所

18、以認(rèn)為SARS-CoV毒株S基因變異可能在SARS出現(xiàn)和流行中發(fā)揮及其重要的作用。2004年廣東地區(qū)人類SARS-CoV毒株和果子貍冠狀病毒毒株二者之間已經(jīng)無顯著性差異，這意味著2004年SARS-CoV毒株在人類與果子貍之間可能存在交叉宿主。 (5)影響因素之三：并發(fā)癥、患者年齡≥50歲、基礎(chǔ)疾病、男性是SARS患者高危人群，尤其是并發(fā)癥、患者年齡≥50a、基礎(chǔ)疾病，其OR的95％Cl范圍下限均大于2.6，提示在暴露與疾病關(guān)聯(lián)