基于多肽片段中央氨基酸裝配的蛋白質結構預測.pdf

1、本文首先分析了多肽片段中央氨基酸的結構。提出并運用了C’偏離(C’deviation)這個概念來分析氨基酸的結構變化。在結果顯示中運用了分布直徑和散點圖來直觀地顯示原子分布的差異。在這部分實驗中，通過對比三肽片段和五肽片段中央氨基酸的結構分布的差異，發(fā)現(xiàn)隨著組成相同的多肽片段長度的增加，其中央氨基酸的結構差異會變小。同時，分析了三肽片段中央氨基酸在不同二級結構條件下的分布情況，發(fā)現(xiàn)在螺旋或折疊狀態(tài)時，其中央氨基酸的C’原子分布在不同的區(qū)

2、域。 根據(jù)多肽片段中央氨基酸的結構分析的結果——隨著組成相同的多肽片段長度的增加其中央氨基酸的結構差異會變小，建立了一種基于多肽片段中央氨基酸裝配的蛋白質結構預測新方法。這種方法把目標序列分割成九肽片段，并按序列順序逐個裝配九肽片段的中央氨基酸，實現(xiàn)蛋白質三維結構模型的建立。因為搜索到的與目標片段最匹配的九肽片段中央氨基酸與目標殘基時完全一致的，所以在結構預測過程中避免了殘基替換的問題，同時側鏈的坐標也可以經(jīng)過轉換后使用最佳匹配

3、片段中央氨基酸的坐標，又解決了側鏈安置問題。 最后，評估了這種蛋白質結構預測新方法的精度和運算效率。實驗結果顯示使用這種新方法預測蛋白質三維結構的精度是比較高的。運行時所需的計算資源較少，普通個人計算機就可以進行。這種方法的可移植性還非常好，無論是Winows和Linux，只要安裝了Perl的編譯器，就可以直接運行。計算過程中無需人工干預，實現(xiàn)了真正的全自動。 本研究的主要創(chuàng)新點： 1.首次提出并運用了C’偏離(

4、C’deviation)來分析多肽片段中央氨基酸氨基酸的結構，C’偏離比角度方法更加直觀； 2.運用了分布直徑來描述原子空間分布情況，可以直觀地比較原子分布范圍的大小； 3.分析了不同局部相似性狀態(tài)下多肽片段中央氨基酸結構分布，發(fā)現(xiàn)局部相似性對多肽片段中央氨基酸結構影響顯著； 4.分析了不同二級結構狀態(tài)下多肽片段中央氨基酸結構的分布，發(fā)現(xiàn)不同的二級結構狀態(tài)下中央氨基酸結構分布規(guī)律不同； 5.建立一種基于九