蛋白質(zhì)中氨基酸變異對其結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性影響的預(yù)測.pdf

1、近些年，預(yù)測蛋白質(zhì)中氨基酸變異對其結(jié)構(gòu)影響的方法逐漸增多，但這些預(yù)測方法存在著參數(shù)較多和過擬合的問題。本文通過對蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)、三級結(jié)構(gòu)和物理化學(xué)屬性的分析和研究，提出了預(yù)測蛋白質(zhì)中氨基酸變異對其結(jié)構(gòu)影響的新模型，及結(jié)合目前的方法提出了整合模型。
　　 (1)分析蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)、三級結(jié)構(gòu)和物化屬性，提出了M8和M47模型。模型M8只包含8個物理化學(xué)屬性，輸入向量數(shù)小于目前存在的其他方法；M47的向量長度為47，包含有序列信息

2、、結(jié)構(gòu)信息及物理化學(xué)屬性。M8在小數(shù)據(jù)集上表現(xiàn)出很好的性能，同時有效的解決了目前存在的過擬合的問題；M47的性能明顯的優(yōu)于其他的方法，在大數(shù)據(jù)集上優(yōu)勢更為明顯。
　　 (2)目前的預(yù)測方法各有優(yōu)劣，我們使用支持向量機方法，并結(jié)合突變位點的結(jié)構(gòu)、疏水性等信息，有效的整合了目前存在的這些方法。提出了三種整合方式：Oneclass、Wildresidue、Structure，這三個整合模型的性能明顯好于單個方法，其中Wildresid