應(yīng)用基因芯片篩選膽管癌相關(guān)差異表達(dá)基因及對其功能的研究.pdf

1、蘇州大學(xué)學(xué)位論文獨(dú)創(chuàng)性聲明本人鄭重聲明：所提交的學(xué)位論文是本人在導(dǎo)師的指導(dǎo)下，獨(dú)立進(jìn)行研究工作所取得的成果。除文中已經(jīng)注明引用的內(nèi)容外，本論文不含其他個人或集體已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的研究成果，也不含為獲得蘇州大學(xué)或其它教育機(jī)構(gòu)的學(xué)位證書而使用過的材料。對本文的研究作出重要貢獻(xiàn)的個人和集體，均已在文中以明確方式標(biāo)明。本人承擔(dān)本聲明的法律責(zé)任。論文作者簽名：T 斗日應(yīng)用基因芯片篩選膽管癌相關(guān)差異表達(dá)基因及對其功能的研究 中文摘要應(yīng)用基因芯片篩選

2、膽管癌相關(guān)差異表達(dá)基因及對其功能的研究中文摘要背景：膽管癌是最常見的肝膽系統(tǒng)惡性腫瘤之一，肝內(nèi)外膽管癌占所有肝膽惡性腫瘤的1 0 ％．2 5 ％，發(fā)病率僅次于肝細(xì)胞癌位于肝膽系統(tǒng)惡性腫瘤的第二位。膽管癌按照部位可劃分為肝內(nèi)膽管癌，肝門部膽管癌和肝外膽管癌。膽管癌的發(fā)病率有相當(dāng)大的地理和人群差異。其既定的風(fēng)險因素包括寄生蟲感染原發(fā)性硬化性膽管苑膽管囊腫，肝內(nèi)膽管結(jié)石等。本研究通過分析膽管癌相關(guān)基因芯片數(shù)據(jù)，篩選與膽管癌發(fā)病機(jī)制相關(guān)的重要基

3、因和通路，并對篩選出的基因進(jìn)行實驗驗證，探索這些基因在膽管癌的發(fā)生發(fā)展中的作用。方法：從G E O 數(shù)據(jù)庫中下載數(shù)據(jù)G S E 3 4 1 6 6 ，該數(shù)據(jù)集共有1 0 個樣本( 包括4 個良性膽管狹窄和6 個惡性膽管狹窄樣本) ，采用R 軟件包做數(shù)據(jù)預(yù)處理和差異表達(dá)分析，選取差異表達(dá)基因。然后對差異表達(dá)基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析，首先上傳至S t r i n g 8 ．3在線分析工具獲得差異表達(dá)基因的蛋白一蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)統(tǒng)計網(wǎng)絡(luò)中各個節(jié)

4、點的度，挑選出最關(guān)鍵的h u b 基因，再篩選h u b 基因在所有人類基因范圍內(nèi)的互作網(wǎng)絡(luò)( s c o r e > 0 ．9 ) ，對網(wǎng)絡(luò)中的基因進(jìn)行通路富集分析。利用基于文本挖掘方法的在線免費(fèi)工( E p i T e c tC h I Pq P C RP r i m e r s ) 搜索h u b 基因的轉(zhuǎn)錄因子。通過R T - P C R 方法檢測重要差異表達(dá)基因在膽管癌細(xì)胞中的表達(dá)變化。構(gòu)建G S T A l 過表達(dá)載體