不同單倍型塊定義在單倍型塊結(jié)構(gòu)推斷與htSNPs選擇中的效應(yīng).pdf

1、目前,復(fù)雜性疾病遺傳因素的研究日益成為研究的熱點(diǎn)和焦點(diǎn).隨著對(duì)人類基因組結(jié)構(gòu)與變異認(rèn)識(shí)的深入,將不斷加深人類對(duì)這些因素的認(rèn)識(shí)和理解.單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)是基因組中多態(tài)性的主要形式,第三代遺傳圖譜,即SNPs圖譜的提出為復(fù)雜性疾病的研究提供了豐富的素材.實(shí)驗(yàn)技術(shù)的發(fā)展及復(fù)雜性疾病研究的需要,導(dǎo)致大量SNPs以及基因型數(shù)據(jù)的產(chǎn)生.如何利用和挖掘這些數(shù)據(jù)中潛在的遺傳信息,發(fā)

2、展有效的理論方法已經(jīng)刻不容緩.連鎖不平衡(linkage disequilibrium,LD)被認(rèn)為是對(duì)疾病基因精細(xì)定位或者通過全基因組關(guān)聯(lián)研究進(jìn)行復(fù)雜性疾病作圖研究的一種有效工具.然而,這種方法依賴于基因組中LD的模式及范圍的描述.為了可視化候選基因組區(qū)域的LD模式及范圍,我們開發(fā)了常染色體SNPs基因型數(shù)據(jù)分析的軟件,即LDA(linkage disequilibrium analyzer),用于可視化候選基因組區(qū)域的LD模式及范圍

3、.隨著人類基因組計(jì)劃的逐步完成,新一代的基因組尺度的圖譜,即單倍型圖譜,目前正在進(jìn)行之中(HapMap計(jì)劃).HapMap計(jì)劃的一個(gè)重要目標(biāo)是,確定人類基因組中的DNA序列變異的共同模式(common pattern).簡(jiǎn)言之,確定一百萬(wàn)或者更多的序列變異的基因型、相應(yīng)的頻率及變異之間關(guān)聯(lián)的程度(LD水平).已經(jīng)發(fā)展了幾種不同的方法用于描述單倍型中存在的高LD區(qū)域,單倍型塊分析是其中的一個(gè)方法.目前,已有幾種計(jì)算算法用于單倍型塊的劃分.

4、然而,對(duì)這幾種不同的單倍型塊定義方法在單倍型塊劃分與htSNPs選擇等行為上的了解并不深入.我們對(duì)不同的群體遺傳學(xué)參數(shù)條件,兩種不同的重組模型(均一重組的coalescent模型與重組熱點(diǎn)的coalescent模型)下,對(duì)三類主要的單倍型塊定義方法作了系統(tǒng)的比較.通過大量的模擬分析發(fā)現(xiàn),不同的單倍型塊的定義在不同的群體遺傳學(xué)參數(shù)下顯示了不同的行為,不同的方法對(duì)群體重組率、群體歷史的敏感性不同;重組熱點(diǎn)區(qū)域的重組強(qiáng)度并不影響不同單倍型定義