玉米基因組中SINE轉(zhuǎn)座子的發(fā)掘和特性研究.pdf

1、短分散核因子(SINE)是一類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子，它廣泛的分布在真核生物的基因組當(dāng)中。SINEs的功能和作用在哺乳動(dòng)物中已經(jīng)被很好的研究，它們?cè)谖锓N基因組進(jìn)化和起源、基因表達(dá)調(diào)控和系統(tǒng)發(fā)育及生物多樣性評(píng)價(jià)中都扮演了重要的角色。然而在植物中，SINEs的研究還僅僅處于一個(gè)初級(jí)階段，尤其在玉米中甚至還沒有專門的關(guān)于SINE的報(bào)導(dǎo)。本實(shí)驗(yàn)以玉米基因組為研究對(duì)象，利用現(xiàn)有的玉米基因組序列數(shù)據(jù)，通過生物信息學(xué)的手段，在玉米基因組中發(fā)現(xiàn)并分離了二個(gè)不同的

2、SINE轉(zhuǎn)座子(Zm-SINE1和Zm-SINE2)，并對(duì)它們的轉(zhuǎn)座特性進(jìn)行了系統(tǒng)的研究。為以后玉米SINEs的研究、玉米起源和進(jìn)化以及玉米分子標(biāo)記的開發(fā)提供基礎(chǔ)。本實(shí)驗(yàn)的主要研究結(jié)論如下： 1、通過利用測(cè)序及數(shù)據(jù)庫比對(duì)的方法，我們?cè)谟衩谆蚪M中共發(fā)現(xiàn)和分離兩個(gè)SINE家族，Zm-SINE1和Zm-SINE2。它們?cè)谀壳暗臄?shù)據(jù)庫中分別有539個(gè)和70個(gè)同源序列，因此預(yù)計(jì)它們?cè)谟衩谆蚪M中的拷貝數(shù)分別為2500和350。

3、2、 Zm-SINE1 和 Zm-SINE2都偏好于插入到基因組 A/T 富集區(qū)域。同時(shí)它們整合基因組位點(diǎn)上并不是隨機(jī)的，還是有一種特殊偏好性。在5′切割位點(diǎn)上，Zm-SINE1偏好于5′TT/ABBNT-3′區(qū)域，而在3′切割上則偏好于5′-TT/B-3′區(qū)域。Zm-SINE2在5′切割位點(diǎn)上偏好于5′T/A-3′，在3′切割位點(diǎn)上則不明顯。 3、 Zm-SINE1 更偏好于插入到功能基因相關(guān)區(qū)域。在研究的50個(gè)Zm-SINE