三個(gè)中國(guó)實(shí)驗(yàn)用小型豬品種微衛(wèi)星位點(diǎn)和RBPs家族基因SNPs的研究.pdf

1、廣西巴馬小型豬、五指山小型豬、貴州小型豬A系和貴州小型豬B系群體是經(jīng)多年人工選擇培育的實(shí)驗(yàn)用小型豬群體。萊蕪黑豬是分布于山東省萊蕪市的一個(gè)地方豬種,本研究所用萊蕪黑豬樣本采自山東省萊蕪黑豬保種場(chǎng)。通過(guò)對(duì)巴馬小型豬、貴州小型豬A系、貴州小型豬B系、五指山小型豬、萊蕪黑豬的19個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)及豬視黃醇結(jié)合蛋白基因家族和視黃酸結(jié)合蛋白基因家族的研究,結(jié)果如下:
　　 1.經(jīng)19個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的檢測(cè),萊蕪黑豬、廣西巴馬小型豬、貴州小型豬A系

2、、貴州小型豬B系、五指山小型豬的平均觀察等位基因數(shù)分別是4.37±1.46、3.00±0.82、4.47±1.47、3.68±1.00、3.47±1.22,平均觀察雜合度分別是0.629±0.188、0.449±0.261、0.551±0.177、0.536±0.215、0.451±0.226,平均期望雜合度分別是0.615±0.162、0.406±0.218、0.636±0.169、0.534±0.189、0.440±0.194,(平

3、均數(shù)±SD)。
　　 2.對(duì)各群體各位點(diǎn)的哈代-溫伯格平衡的檢測(cè)結(jié)果為,萊蕪黑豬不處于哈代-溫伯格平衡狀態(tài)的微衛(wèi)星位點(diǎn)是SW24、S0355、S0101、SW72、S0218,廣西巴馬小型豬不平衡的位點(diǎn)是SW951、S0386和S0218,貴州小型豬A系有SW951、SW240、S0355、S0101和S0218,B系有SW951和S0218位點(diǎn)不平衡,在五指山小型豬有SW911和SW902兩個(gè)位點(diǎn)不處于哈代-溫伯格平衡狀態(tài)。沒(méi)

4、有一個(gè)群體在所有的微衛(wèi)星位點(diǎn)或一個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)在所有的群體都不平衡的情況。
　　 3.用計(jì)算機(jī)件Micro-Checker version2.2.3進(jìn)行啞等位基因檢測(cè)的結(jié)果表明,僅在位點(diǎn)S0218在萊蕪黑豬和貴州小型B系分別有一個(gè)啞等位基因,在其它群體中沒(méi)有啞等位基因,其它位點(diǎn)在所有的群體中皆沒(méi)有啞等位基因。
　　 4.群體間共祖系數(shù)(FST)和基因多樣性(Gst)的值分別為0.402和0.327,表明萊蕪黑豬、廣西巴馬小

5、型豬、貴州小型豬A系、貴州小型豬B系、五指山小型豬群體間的遺傳分化已很高,群體間的遺傳差異已很大。
　　 5.用19個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的基因頻率進(jìn)行主成份分析,第1主成份(PC1)能解釋31.56％的總變異量,第2和第3主成份(PC2、PC3)分別能解釋28.99％和24.15％的總變異量。第1主成份將貴州小型豬和萊蕪黑豬與巴馬小型豬和五指山小型豬分開(kāi),第2主成份將貴州小型豬和萊蕪黑豬分開(kāi),第3主成份將巴馬小型豬和五指山小型豬分開(kāi)。<

6、br>　　 6.用STRUCTURE version2.1軟件對(duì)群體的遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析,表明巴馬小型豬和五指山小型豬,豬群較純合,已經(jīng)具有較高的遺傳整齊度。貴州小型豬A系和B系的基因組成較為復(fù)雜。
　　 7.從血緣關(guān)系上看,貴州小型豬A系與貴州小型豬B系的遺傳距離最近,其次是貴州小型豬與萊蕪黑豬的遺傳距離較近,五指山小型豬與其它豬種的遺傳距離較遠(yuǎn)。
　　 8.豬視黃醇結(jié)合蛋白基因RBP1、RBP2、RBP4、RPB5、

7、RBP7和視黃酸結(jié)合蛋白基因CRABP1、CRABP2分別被定位于豬染色體的13q31、13q31、14q25-q26、5q21-q24、6q12-q21、7q11-q23、4q22-q23處。
　　 9.得到了分別包含RBP5、RBP7、CRABP1、CRABP2基因的CDS全長(zhǎng)的728bp、558bp、545bp、585bp的cDNA片段,這四個(gè)序列的GenBank acc.no.分別為EF-208120、EF-208119

8、、EF-397416、EF-397415。
　　 10.用RT-PCR方法,得出了RBP1、RBP2、RBP4、RBP5、RBP7、CRABP1、CRABP2基因在成年五指山小型豬的肺、骨骼肌、脾、心臟、胃、大腸、淋巴結(jié)、小腸、肝、大腦、腎和脂肪組織中的表達(dá)模式,及在通城豬胚胎發(fā)育的33天、65天、90天的胚胎骨骼肌中的表達(dá)模式。
　　 11.用酶切鑒定的方法和PCR產(chǎn)物直接測(cè)序的方法,鑒定了豬RBP2-A/G93、-A

9、/G138、-C/T117,RBP4-A/G156,RBP5-A/G63、-A/G39、-A/G42、-A/Gintron1-91、-T/Cintron1-90、-A/G517、-A/G649、-T/C653,RBP7-T/C6,CRABP2-G/C500基因中的14個(gè)SNPs位點(diǎn),并對(duì)RBP2-C/T117,RPB4-A/G156,RBP5-A/G63、-T/Cintron1-90、-A/G517SNPs位點(diǎn),用PCR-RFLP方法分

10、析了萊蕪黑豬、五指山小型豬、貴州小型豬、廣西巴馬小型豬和通城實(shí)驗(yàn)群體,確定了各SNPs位點(diǎn)每個(gè)個(gè)體的基因型,計(jì)算出了各群體中的基因頻率和基因型頻率。
　　 12.通過(guò)在通城實(shí)驗(yàn)群體中,對(duì)RBP2-C/T117,RPB4-A/G156,RBP5-A/G63、-T/Cintron-90、-A/G517 SNPs位點(diǎn)不同的基因型與性狀間的關(guān)聯(lián)分析,結(jié)果表明RBP2-C/T117位點(diǎn)的不同基因型與肌肉的大理石紋評(píng)分和肌肉嫩度顯著相關(guān),R

11、BP4-A/G156位點(diǎn)的不同基因型與胴體直長(zhǎng)、胴體斜長(zhǎng)、血紅蛋白濃度、平均血細(xì)胞血紅蛋白量、達(dá)上市體重日齡性狀顯著相關(guān),RBP5-A/G517位點(diǎn)不同的基因型與肩部背膘厚和肌肉顏色性狀顯著相關(guān),RBP5-T/Cintron1-90位點(diǎn)不同基因型與胴體直長(zhǎng)、胴體斜長(zhǎng)和紅細(xì)胞壓積性狀顯著相關(guān),RBP5-A/G63位點(diǎn)不同的基因型與胴體直長(zhǎng)、胴體斜長(zhǎng)和肌肉大理石紋評(píng)分顯著相關(guān)。
　　 13.通過(guò)對(duì)RBP2-C/T117,RBP4-A