轉錄因子結合親和性預測的研究.pdf

1、轉錄調控是基因表達調控過程中的重要環(huán)節(jié)，對于轉錄因子的結合位點的識別是解碼轉錄調控的中心課題之一，并且是理解基因轉錄調控機理中極其重要的一步。相關研究表明，轉錄因子結合位點的各個堿基之間并不是孤立的，它們之間存在著親和性，但是要從海量的堿基對中精確地識別出轉錄因子的結合親和性面臨著非常嚴峻的考驗。為了解決這一難題，本論文的主要工作如下：
　　1．結合高通量的ChIP-Seq技術，給出一種基于Logistic回歸的轉錄因子結合親和性

2、預測模型。該模型選取包含A，T，C，G且長度為5-mer的所有子序列與DNA序列進行比對，計算出子序列在 DNA序列中出現(xiàn)的次數(shù)，構造出一個可準確捕捉轉錄因子結合親和性的親和性矩陣。再用此親和性矩陣構造出 Logistic回歸模型，利用穩(wěn)定性選擇算法優(yōu)化模型選擇。同基于 PWM和PSSM建立的模型相比較，該模型可以提高轉錄因子結合親和性的預測準確率。
　　2．在現(xiàn)有的多元線性回歸模型的基礎上，通過改進并得到新的基于 PBM的多元線