版權(quán)說明:本文檔由用戶提供并上傳,收益歸屬內(nèi)容提供方,若內(nèi)容存在侵權(quán),請進行舉報或認領(lǐng)
文檔簡介
1、隨著對疾病遺傳機制研究的深入,包括單核苷酸多態(tài)性和單堿基突變的單堿基變異(SingleNucleotide Variation,SNV)成為當(dāng)前疾病基因組研究的重要課題。其中,同義變異由于其不改變所編碼的氨基酸一直被人們認為是中性的。而近些年來,多方面的研究表明,同義密碼子并非以相同頻率出現(xiàn),同時,同義變異的發(fā)生可能會對基因的表達過程產(chǎn)生影響,從而改變所編碼的蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能,最終導(dǎo)致疾病的發(fā)生。
針對目前同義變異的研究現(xiàn)狀
2、,本文搭建了一個專注于同義變異的在線分析平臺pTFSV,該平臺基于LAMP的開發(fā)環(huán)境及PHP下的Yii框架搭建而成。pTFSV集成了一個疾病相關(guān)的同義變異數(shù)據(jù)庫,該數(shù)據(jù)庫中包含了來自于NHGRI數(shù)據(jù)庫、NHLBI數(shù)據(jù)庫、PplymiRTS數(shù)據(jù)庫、ClinVar數(shù)據(jù)庫等多個來源的1868條同義變異信息,用戶可根據(jù)rs號、基因名稱或疾病名稱進行搜索。此外,pTFSV還提供了一個數(shù)據(jù)計算的入口,用戶可通過輸入同義變異的rs號或所在的CDS序列
3、獲得該同義變異的基本信息,并計算該同義變異與密碼子使用偏性、mRNA二級結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性、翻譯效率、功能區(qū)域、位點保守性及可變剪接相關(guān)的參數(shù)。
利用pTFSV,我們以哮喘為研究對象,對哮喘相關(guān)的同義變異了進行分析。我們挑選了三個不同的數(shù)據(jù)集,一是EVE聯(lián)盟發(fā)表的GWAS研究成果中在3個人群或綜合分析中p值小于10-5的286個SNP,其中包含2個同義SNP,通過分析可能對翻譯過程造成影響;二是7個哮喘易感基因中的153個同義SNP,
4、我們對各個作用機制相關(guān)的參數(shù)設(shè)定閾值,經(jīng)分析有59個SNP可能通過改變某一參數(shù)對基因的表達過程產(chǎn)生影響,從而導(dǎo)致哮喘的發(fā)生或發(fā)展;三是282個哮喘相關(guān)基因中的8024個同義SNP,根據(jù)數(shù)據(jù)集二中設(shè)定的閾值,我們發(fā)現(xiàn)了2570個可能與哮喘相關(guān)的同義SNP,其中有539個至少從兩個不同的機制對基因的表達產(chǎn)生影響,這些SNP值得我們進一步探索。
隨著人們對同義變異研究的深入,本課題中所搭建的同義變異在線分析平臺將逐步完善,從而幫助研
溫馨提示
- 1. 本站所有資源如無特殊說明,都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請下載最新的WinRAR軟件解壓。
- 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等,如果需要附件,請聯(lián)系上傳者。文件的所有權(quán)益歸上傳用戶所有。
- 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙,網(wǎng)頁內(nèi)容里面會有圖紙預(yù)覽,若沒有圖紙預(yù)覽就沒有圖紙。
- 4. 未經(jīng)權(quán)益所有人同意不得將文件中的內(nèi)容挪作商業(yè)或盈利用途。
- 5. 眾賞文庫僅提供信息存儲空間,僅對用戶上傳內(nèi)容的表現(xiàn)方式做保護處理,對用戶上傳分享的文檔內(nèi)容本身不做任何修改或編輯,并不能對任何下載內(nèi)容負責(zé)。
- 6. 下載文件中如有侵權(quán)或不適當(dāng)內(nèi)容,請與我們聯(lián)系,我們立即糾正。
- 7. 本站不保證下載資源的準確性、安全性和完整性, 同時也不承擔(dān)用戶因使用這些下載資源對自己和他人造成任何形式的傷害或損失。
最新文檔
- RFID開發(fā)平臺的設(shè)計及其應(yīng)用.pdf
- 聽覺界面及其應(yīng)用開發(fā)平臺的實現(xiàn).pdf
- 企業(yè)信息化軟件在線開發(fā)技術(shù)及其平臺開發(fā).pdf
- SBF算法及其在心率變異分析中的應(yīng)用.pdf
- 基于Python語言的在線-離線數(shù)據(jù)平臺的搭建及其在電池分析中的應(yīng)用.pdf
- 水稻粒形相關(guān)基因變異位點的功能標記開發(fā)及其應(yīng)用.pdf
- 高性能ECU平臺的開發(fā)及其應(yīng)用研究.pdf
- 中藥提取過程在線紫外光譜分析系統(tǒng)的開發(fā)及其工業(yè)應(yīng)用.pdf
- 基于MVC設(shè)計模式的Web應(yīng)用開發(fā)平臺的研究及其應(yīng)用.pdf
- 植物SNP在線工具的開發(fā)及其在煙草中的應(yīng)用.pdf
- 虛擬現(xiàn)實平臺的開發(fā)及其應(yīng)用領(lǐng)域的研究.pdf
- 轉(zhuǎn)錄調(diào)控計算分析平臺的開發(fā)及其在腫瘤發(fā)病機制研究中的應(yīng)用.pdf
- 基于微信公眾平臺的在線課程開發(fā).pdf
- 山東電網(wǎng)在線安全穩(wěn)定分析及其應(yīng)用.pdf
- 高速磨床結(jié)構(gòu)分析軟件平臺的開發(fā)與應(yīng)用.pdf
- 基于MDA架構(gòu)的快速開發(fā)平臺及其應(yīng)用研究.pdf
- 云計算平臺及其應(yīng)用實例分析
- 中小型系統(tǒng)的開發(fā)流程及其于在線系統(tǒng)開發(fā)中的應(yīng)用.pdf
- 基于地層變異的盾構(gòu)隧道工程風(fēng)險分析及其應(yīng)用研究.pdf
- 線損自動生成及在線分析系統(tǒng)的開發(fā)及應(yīng)用.pdf
評論
0/150
提交評論