水稻粒形相關(guān)基因變異位點(diǎn)的功能標(biāo)記開(kāi)發(fā)及其應(yīng)用.pdf

1、水稻（Oryza sativa L.）是我國(guó)重要的糧食作物，通過(guò)創(chuàng)新育種方法來(lái)選育優(yōu)良水稻品種是提高水稻產(chǎn)量和品質(zhì)的重要途徑之一。近年來(lái)，隨著分子生物學(xué)和基因組學(xué)的不斷發(fā)展，分子育種作為傳統(tǒng)育種方法的補(bǔ)充也在不斷的創(chuàng)新和完善。
　　水稻粒形與水稻產(chǎn)量和品質(zhì)密切相關(guān)，研究控制水稻粒形的相關(guān)基因?qū)λ具z傳改良具有重要的理論意義和生產(chǎn)實(shí)用價(jià)值。水稻粒形涉及到多個(gè)基因（酶），因此水稻粒形是一個(gè)非常復(fù)雜的性狀。
　　本研究選用對(duì)水稻粒

2、形有重要貢獻(xiàn)的GW8、GS5、GW5、GS3和qGL3基因?yàn)檠芯繉?duì)象，基于網(wǎng)上公共數(shù)據(jù)庫(kù)目標(biāo)基因的序列比對(duì)，分析這五個(gè)基因的序列變異信息，發(fā)展了9個(gè)相關(guān)序列變異位點(diǎn)的特異分子標(biāo)記，并對(duì)水稻微核心種質(zhì)材料進(jìn)行了鑒定;結(jié)合水稻微核心種質(zhì)籽粒性狀指標(biāo)（粒長(zhǎng)、粒寬、粒厚、長(zhǎng)寬比和千粒重）的數(shù)據(jù)，研究上述五個(gè)粒形相關(guān)基因各變異位點(diǎn)和單元型（Haplotype）對(duì)水稻籽粒性狀的效應(yīng)，研究結(jié)果對(duì)水稻分子設(shè)計(jì)育種有著重要的指導(dǎo)價(jià)值。
　　本研究主

3、要的結(jié)果如下:
　　1、本文涉及的水稻微核心種質(zhì)資源是一個(gè)包含294份水稻品種的自然群體，含有豐富的遺傳變異，在水稻粒長(zhǎng)、粒寬、粒厚、長(zhǎng)寬比和千粒重等農(nóng)藝性狀上均表現(xiàn)為近似正態(tài)分布。
　　2、本文涉及五個(gè)基因（GW8、GW5、GS3、GS5和qGL3）的9個(gè)變異位點(diǎn)為基因啟動(dòng)子區(qū)的變異或編碼區(qū)的錯(cuò)義突變，我們對(duì)這些變異位點(diǎn)分別設(shè)計(jì)和發(fā)展了相應(yīng)的PCR標(biāo)記，并用這些標(biāo)記對(duì)水稻微核心種質(zhì)進(jìn)行了基因型檢測(cè)。
　　3、t測(cè)驗(yàn)表

4、明這9個(gè)變異位點(diǎn)對(duì)水稻籽粒性狀有著不同程度的影響，因此這些變異位點(diǎn)稱(chēng)為功能變異位點(diǎn)。另外GS3基因Exon-5(5955bp)處13bp缺失和qGL3基因Exon-1(4332bp)處堿基A變異類(lèi)型在水稻微核心種質(zhì)中各對(duì)應(yīng)1個(gè)水稻品種，分布頻率極低，所以這2個(gè)位點(diǎn)為稀有變異位點(diǎn)。
　　4、基因GW8、GW5每個(gè)變異位點(diǎn)對(duì)水稻粒長(zhǎng)、粒寬、粒厚和長(zhǎng)寬比均有極顯著的影響;基因GS5兩個(gè)變異位點(diǎn)對(duì)水稻粒長(zhǎng)、粒寬、粒厚和長(zhǎng)寬比均有顯著的影響

5、;基因GW8、GW5、GS5每個(gè)變異位點(diǎn)對(duì)千粒重均沒(méi)有顯著的影響?；騁S3第2外顯子(2251bp)處A/C變異對(duì)粒長(zhǎng)、粒寬、粒厚和長(zhǎng)寬比均有極顯著的影響，對(duì)千粒重沒(méi)有顯著的影響;基因GS3第5外顯子(5955bp)處13bp插入缺失對(duì)粒寬、長(zhǎng)寬比和千粒重均有極顯著的影響，對(duì)粒長(zhǎng)和粒厚均有顯著的影響?；騫GL3第1外顯子(4332bp)處堿基A/C變異對(duì)水稻粒寬、粒厚、長(zhǎng)寬比和千粒重均有極顯著的影響，對(duì)粒長(zhǎng)沒(méi)有顯著的影響。
　

6、　5、基因GW8、GS3和GS5的不同單元型對(duì)水稻籽粒性狀有著不同程度的影響:基因GW8不同單元型對(duì)水稻微核心種質(zhì)的粒長(zhǎng)、粒寬、粒厚和長(zhǎng)寬比均有極顯著的影響，對(duì)千粒重沒(méi)有顯著的影響;基因GS5的不同單元型只對(duì)水稻微核心種質(zhì)的粒長(zhǎng)有顯著的影響;基因GS3兩種單元型對(duì)水稻微核心種質(zhì)的粒長(zhǎng)、粒寬、粒厚和長(zhǎng)寬比均有極顯著的影響，對(duì)千粒重沒(méi)有顯著的影響?；騁W8和GS3在水稻微核心種質(zhì)中各存在一個(gè)稀有單元型。
　　6、本研究同時(shí)利用9個(gè)功