利用tuf，hsp60和pheS基因的部分序列對乳桿菌進(jìn)行分類研究.pdf

1、本實(shí)驗(yàn)以我國內(nèi)蒙古、新疆、青海、云南和西藏以及蒙古國地區(qū)牧民家庭以傳統(tǒng)方法釀制乳制品中分離出的乳桿菌為研究對象，采用測定hsp60基因、pheS基因和tuf基因部分序列的方法對其進(jìn)行分類研究。實(shí)驗(yàn)中根據(jù)不同采樣地區(qū)，不同種屬選取了具有代表性的234株乳桿菌，先前的生理生化實(shí)驗(yàn)和16S rDNA測序?qū)嶒?yàn)已將其初步歸類為L．plantarum、L．casei和L．helveticus，本研究將其稱為L．plantarum族，L．casei族

2、和L．helveticus族。進(jìn)一步擴(kuò)增供試菌株hsp60基因、pheS基因和tuf基因部分序列，并測定其序列，再利用軟件對序列進(jìn)行分析比對確定其歸屬。 所有序列進(jìn)行BLAST比對后利用DNAMAN軟件計(jì)算菌株間同源性。結(jié)果表明，基于tuf基因，L．casei族，L．helveticus族和L．plantarum族的種間同源性分別為92.2％—95.3％，88.1％—98.8％和97.4％—98.3％．L.casei，L．hel

3、veticus和L．plantarum的種內(nèi)同源性分別為99.3-100.0％，98.4％-100.0％和99.1％-100.0％?；趆sp60基因L.casei族，L．helveticus族和L．plantarum族的種間同源性分別為86.0％—98.2％，86.3％—96.3％和93.3％—95.7％。種內(nèi)同源性分別為98.4％-100.0％、99.2％-100.0％和98.8％-100.0％?；趐heS基因L．casei族，L

4、．helveticus族和L．plantarum族的種間相似性分別為70.5％—93.3％，82.2％—90.1％和82.2％—95.2％，其種內(nèi)的相似性分別為99.1％-100.0％，99.1％-100.0％和99.3％-100.0％。 將tuf， hsp60和pheS基因的序列采用軟件Mega4.0的UPGMA法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，結(jié)合同源性矩陣與系統(tǒng)發(fā)育樹，把234株乳桿菌準(zhǔn)確的鑒定為L．helveticus（113株），L．