基于RNA-seq技術(shù)對(duì)皖南花豬和大約克豬背最長(zhǎng)肌差異基因的篩選.pdf

1、中外豬種在生長(zhǎng)速度和肉質(zhì)性狀方面存在很大差異，國(guó)外豬種如大約克豬具有生長(zhǎng)速度快、飼料利用率高、瘦肉率高的優(yōu)點(diǎn)，缺點(diǎn)是肉質(zhì)差，適應(yīng)性差；中國(guó)地方品種豬如皖南花豬具有適應(yīng)性強(qiáng)、耐粗飼、肉質(zhì)好的優(yōu)點(diǎn)，缺點(diǎn)是生長(zhǎng)速度慢、瘦肉率低。本試驗(yàn)以皖南花豬和大約克豬的背最長(zhǎng)肌為研究對(duì)象，探索不同品種豬肉質(zhì)性狀產(chǎn)生差異的分子機(jī)制。采用高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA-seq)技術(shù)篩選出皖南花豬和大約克豬背最長(zhǎng)肌組織差異表達(dá)基因；利用DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)差異基因進(jìn)行G

2、O功能注釋和pathway通路分析；利用熒光定量PCR方法對(duì)篩選到的12個(gè)差異基因進(jìn)行驗(yàn)證。本研究的主要結(jié)果如下：
　　(1)RNA-seq測(cè)序結(jié)果顯示，皖南花豬3個(gè)樣本得到的總Reads數(shù)分別為65584126，64327738和59244502，其中Clean reads達(dá)到94.4％、94.3%和94.2%。大約克豬3個(gè)樣本得到的總reads數(shù)分別為57969134，68254168和72298142，其中Clean rea

3、ds達(dá)到93.8%、93.7%和93.8%。表明測(cè)序飽和度良好，測(cè)序數(shù)據(jù)真實(shí)可靠。
　　(2)對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，篩選到347個(gè)差異基因，其中94個(gè)為上調(diào)基因，253個(gè)為下調(diào)基因。
　　(3)GO功能富集得到分類條目有487個(gè)。其中細(xì)胞組分相關(guān)的差異基因數(shù)量為62個(gè),所占比例為12.7%；分子功能相關(guān)的差異基因數(shù)量為116個(gè)，所占比例為23.9%；生物過(guò)程相關(guān)的差異基因數(shù)量為309個(gè)，所占比例為63.4%。GO分析表明在皖南

4、花豬和大約克豬背最長(zhǎng)肌中上調(diào)表達(dá)的差異基因主要顯著性富集在葡萄糖代謝過(guò)程、糖酵解、肌肉收縮過(guò)程以及肌肉器官發(fā)育過(guò)程等；在皖南花豬和大約克豬背最長(zhǎng)肌中下調(diào)表達(dá)的差異基因主要顯著性富集在肌肉收縮、肌原纖維蛋白、細(xì)胞骨架蛋白結(jié)合、脂肪酸代謝過(guò)程、脂質(zhì)代謝過(guò)程、線粒體基質(zhì)、ATP代謝過(guò)程等。
　　(4)KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)注釋的差異表達(dá)基因有6620個(gè)，Pathway顯著性富集分析發(fā)現(xiàn)這些基因參與了146條生物學(xué)代謝通路，其中有22條存在顯著性

5、富集(P<0.01)。參與脂肪代謝途徑的差異基因數(shù)目最多(37個(gè))，主要包括脂肪酸代謝、PPAR信號(hào)通路、丙酸代謝、脂肪酸生物合成、脂肪細(xì)胞因子信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路、脂肪酸伸長(zhǎng)率和不飽和脂肪酸生物合成等信號(hào)通路。
　　(5)從篩選出的與肉質(zhì)性狀有關(guān)的差異基因中隨機(jī)挑選12個(gè)差異表達(dá)基因，其中上調(diào)基因?yàn)镾LC37A4、GPI、AK1；下調(diào)基因?yàn)镕ABP3、CAST、AMPD3、CSRP3、PDK4、PFKL、PRKG1、CPT1B、以及AC