豬候選基因SLC27A2和IFRD1的分離與鑒定.pdf

1、隨著分子生物學(xué)技術(shù)的迅速發(fā)展，對(duì)基因結(jié)構(gòu)和功能的研究更加深入，在分子水平上以DNA多態(tài)性為標(biāo)記進(jìn)行遺傳分析，識(shí)別個(gè)體基因型差異成為可能，從而誕生了分子遺傳標(biāo)記。在人類基因組研究計(jì)劃的推動(dòng)下，分子標(biāo)記的研究與應(yīng)用得到了迅速的發(fā)展，為豬種遺傳改良提供了新的機(jī)遇。同時(shí)，豬基因組計(jì)劃的實(shí)施有力的促進(jìn)了分子標(biāo)記在豬育種中的應(yīng)用，出現(xiàn)了以標(biāo)記輔助選擇和標(biāo)記輔助滲入為代表的分子育種技術(shù)。分子標(biāo)記輔助選擇或滲入的基礎(chǔ)是尋找對(duì)目標(biāo)性狀具有較大影響的基因或

2、標(biāo)記，即主效基因或標(biāo)記，連鎖分析法、候選基因法和基因組掃描法是鑒定數(shù)量性狀主效基因的三種主要方法。該研究根據(jù)國(guó)內(nèi)外QTL報(bào)道、豬—人比較圖譜和基因的生理生化功能三方面信息，分別選取了位于人15號(hào)和7號(hào)染色體上2個(gè)基因作為候選基因，二者均為豬新基因，并且運(yùn)用比較基因組學(xué)、生物信息學(xué)等方法對(duì)其進(jìn)行分離、鑒定，分析了候選基因的多態(tài)性位點(diǎn)與豬重要經(jīng)濟(jì)性狀的相關(guān)性及其遺傳效應(yīng)。具體研究結(jié)果如下： 1.豬SLC27A2基因的分離、鑒定

3、 通過(guò)對(duì)大白、梅山豬肝臟組織樣提取總RNA進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄和特異性擴(kuò)增，獲得了豬SLC27A2基因的部分cDNA片段，將該段序列與人SLC27A2基因和小鼠的SLC27A2基因進(jìn)行序列比對(duì)，結(jié)果表明豬與人、小鼠的同源性分別為90％和82％。在該基因外顯子七上存在1處SNP，引起相應(yīng)編碼氨基酸的改變A242G，即大白中為纈氨酸，梅山中為異亮氨酸。建立了該突變位點(diǎn)的PCR-AatⅡ-RFLP分型方法。在梅山、大白和大白×梅山F2代資源家系中的研

4、究表明： (1)在45頭梅山、40頭大白個(gè)體中，梅山均為AA基因型，A％為1，B％為0；大白以BB基因型為主，伴隨少量的AB型，A％為11.25％，B％為88.75％，可以看出在本研究群體中，等位基因A，B在以梅山和大白為代表的中外豬種中存在明顯差異。 (2)在135頭F2代資源家系的關(guān)聯(lián)分析顯示：對(duì)生長(zhǎng)性狀而言，SLC27A2基因多態(tài)性與初生重相關(guān)性極顯著；胴體性狀方面，SLC27A2基因型不同時(shí)，瘦肉率、平均皮厚、屠

5、宰率、肥肉率、6-7胸椎間背膘厚、胸腰椎間背膘厚等性狀差異達(dá)到顯著或極顯著水平。分析顯示，該標(biāo)記位點(diǎn)與肉質(zhì)性狀沒(méi)有明顯的相關(guān)性。 (3)根據(jù)REG(SAS8.0)程序分析，該標(biāo)記位點(diǎn)以加性遺傳效應(yīng)為主，瘦肉率、屠宰率、肥肉率、6-7胸椎間背膘厚、胸腰椎間背膘厚加性效應(yīng)顯著(P＜0.05)；而平均皮厚加性效應(yīng)極顯著(P＜0.01)。AA基因型與BB基因型相比，有較高的初生重；而BB基因型有較薄的6-7胸椎間背膘厚、胸腰椎間背膘厚，

6、較低的肥肉率，較高的屠宰率、瘦肉率和平均皮厚。 2.豬IFRD1基因的分離、鑒定 利用豬EST數(shù)據(jù)庫(kù)的信息，以人IFRD1基因編碼區(qū)序列為信息探針，采用電腦克隆策略并結(jié)合來(lái)源于肌肉組織的RT-PCR技術(shù)，獲得豬IFRD1基因的完整編碼區(qū)序列，其中大白豬種序列已提交到GenBank中，登陸號(hào)為AY789133，并推導(dǎo)出相應(yīng)的氨基酸序列。將所得到的核苷酸序列與人鼠相應(yīng)序列進(jìn)行同源性比較，結(jié)果表明豬IFRD1基因在核苷酸水平上