生物信息學(xué)方法對乙型肝炎病毒的分型和重組檢測.pdf

1、重組是許多進(jìn)化基本機(jī)制的其中一個，并且在進(jìn)化中起著重要地位。研究重組還使研究人員能進(jìn)一步了解進(jìn)化的復(fù)雜性?？紤]到重組在進(jìn)化生物學(xué)中的重要性，許多用以檢測重組的生物信息學(xué)工具如RDP3 package，Simplot已經(jīng)被開發(fā)出來，并且研究人員可以用這些工具了解系統(tǒng)發(fā)育分析。在過去兩年中研究了乙型肝炎病毒的基因型分類和重組。乙型肝炎病毒(HBV)的病原體廣泛分布，在世界上有超過350萬人受到感染。在南亞和東亞，包括中國地區(qū)尤其盛行。

2、>　　 從肝炎病毒數(shù)據(jù)庫獲得了829條乙型肝炎病毒全基因組序列的數(shù)據(jù)集。在第2章，根據(jù)HBV的遺傳異質(zhì)性，利用生物信息學(xué)工具對HBV基因型進(jìn)行分類。首先，基因型的信息利用文本挖掘從NCBI的注釋和文獻(xiàn)中獲得。另一些是用BLASTn方法獲得，原理是相同的基因型具有序列相似性。最后，用HBV基因組全長序列構(gòu)建了幾種基因型的系統(tǒng)發(fā)育樹驗(yàn)證基因型分類。在工作中，一共有791條人的乙肝病毒基因組加上38條靈長類動物病毒基因組，一共分為A-H，8

3、種基因型。
　　 第3章中采用RDP軟件包中的5個不同的重組檢測算法：RDP，GENECONV，MaxChi，Chimaera和Siscan，嘗試在829條乙型肝炎病毒基因組序列中發(fā)現(xiàn)潛在的重組事件。為了獲得更可靠的檢測結(jié)果，編寫了一個perl腳本用以合并5種方法共同支持的結(jié)果。合并5種算法的結(jié)果，預(yù)計有9個重組事件包括61條重組子序列。其中有9個重組事件中的6個事件，RDP3軟件得到了它們可能的親代序列；使用Simplot精確