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文檔簡介
1、目的:探討PITX1表達(dá)水平與胃癌患者的預(yù)后之間的相關(guān)性;研究PITX1是否影響胃癌細(xì)胞對化療藥物5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil,5-FU)與順鉑(cis-Dichlorodiammineplatinum,CDDP)的敏感性及其可能的靶基因。
方法:從The Cancer GenomeAtlas(TCGA)數(shù)據(jù)庫中分析PITX1在胃癌組織中的表達(dá)。采用免疫組織化學(xué)的方法在兩組相同的胃癌組織芯片中檢測PITX1的表達(dá)
2、模式,并統(tǒng)計(jì)分析PITX1的差異表達(dá)與胃癌患者預(yù)后之間的相關(guān)性。應(yīng)用CCK-8法檢測過表達(dá)PITX1的胃癌細(xì)胞系A(chǔ)GS、BGC-823對化療藥物5-FU和CDDP的敏感性變化,以及PITX1敲低表達(dá)的胃癌細(xì)胞系MCG-803和SGC-7901對5-FU和CDDP的敏感性變化。分析CHIP-seq數(shù)據(jù)中PITX1可能調(diào)控的下游與化療耐藥相關(guān)的基因,挑選凋亡相關(guān)基因PDCD5做進(jìn)一步分析,RT-qPCR檢測PITX1對PDCD5的轉(zhuǎn)錄調(diào)控。
3、
結(jié)果: TCGA數(shù)據(jù)分析發(fā)現(xiàn),與正常胃組織相比,PITX1在胃癌組織呈低表達(dá)模式;免疫組化結(jié)果顯示,兩組胃癌組織芯片中PITX1表達(dá)基本一致,根據(jù)兩組PITX1陽性細(xì)胞百分比與陽性的強(qiáng)度之和計(jì)算PITX1表達(dá)的平均得分,將胃癌組織病例分為PITX1高表達(dá)組和低表達(dá)組。Kaplan-Meier(KM)方法用于分析PITX1表達(dá)水平高和低與胃癌患者術(shù)后預(yù)后之間的相關(guān)性,發(fā)現(xiàn)PITX1的表達(dá)水平與胃癌患者預(yù)后明顯相關(guān)。細(xì)胞實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)
4、,過表達(dá)PITX1明顯增加了胃癌細(xì)胞AGS和BGC-823對5-FU與CDDP的敏感性;敲低PITX1表達(dá)則減弱了胃癌細(xì)胞MCG-803和SGC-7901對5-FU與CDDP的敏感性。CHIP-seq數(shù)據(jù)分析顯示,與PITX1結(jié)合的基因以參與細(xì)胞死亡和細(xì)胞凋亡過程相關(guān)的基因居多。凋亡相關(guān)基因PDCD5作為候選進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),PITX1在轉(zhuǎn)錄水平調(diào)控PDCD5的表達(dá)。
結(jié)論:
1、TCGA數(shù)據(jù)庫分析PITX1 mRNA
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