R語言包InfiniumPurify在腫瘤純度估計(jì)和差異甲基化分析中的應(yīng)用.pdf

1、DNA甲基化與人類發(fā)育以及腫瘤疾病密切相關(guān)，對腫瘤細(xì)胞純度的估計(jì)以及差異甲基化分析都是表觀遺傳學(xué)研究的重要內(nèi)容。但是，基于DNA甲基化芯片數(shù)據(jù)來研究腫瘤細(xì)胞純度以及差異甲基化分析的方法還不完善。由于腫瘤樣本中含有正常細(xì)胞，而腫瘤純度會給混合腫瘤-正常樣本的差異甲基化分析帶來偏差甚至是產(chǎn)生錯誤預(yù)測。現(xiàn)有的方法還沒有完全實(shí)現(xiàn)對腫瘤樣本的“矯正”，估計(jì)純腫瘤樣本甲基化水平的方法有待研究。
　　本文通過InfiniumPurify包來研究

2、上述問題。InfiniumPurify包含如下三個模型：第一，估計(jì)腫瘤細(xì)胞純度的getPurity函數(shù)。getPurity首先基于混合腫瘤-正常樣本的β值矩陣得到差異最顯著的CpG位點(diǎn)（記為iDMCs），再通過iDMCs屬于超甲基化位點(diǎn)還是低甲基化位點(diǎn)來轉(zhuǎn)換iDMCs的甲基化水平，最后對這些iDMC利用核密度估計(jì)得到腫瘤樣本的純度。預(yù)測的結(jié)果與ABSOLUTE以及其他方法的結(jié)果高度一致；第二，考慮腫瘤純度進(jìn)行差異甲基化分析的Infini

3、umDMC函數(shù)。由于InfiniumDMC考慮了腫瘤樣本的純度，避免了因?yàn)槟[瘤樣本不純而導(dǎo)致的差異甲基化分析中誤差的出現(xiàn)，與其它現(xiàn)有的方法相比得到的差異甲基化位點(diǎn)更準(zhǔn)確；在沒有正常樣本控制時InfiniumDMC也可以進(jìn)行差異甲基化分析，大大擴(kuò)展了對TCGA數(shù)據(jù)的分析與應(yīng)用；第三，InfiniumPurify函數(shù)，其基于腫瘤、正常樣本以及腫瘤純度值通過線性回歸模型來估計(jì)純的腫瘤樣本的甲基化水平，經(jīng)過純度的矯正，使得差異甲基化位點(diǎn)處腫瘤樣