一種侵染赭曲霉的雙分體病毒基因組研究.pdf

1、通過對分離自一株赭曲霉(AspergillusochraceusFA0611)的dsRNA序列克隆測序，獲得了侵染該種真菌dsRNA病毒的核酸序列信息，同時為侵染同種真菌不同分離物(A.ochraceusATCC28706)的復(fù)合病毒(Mycoviruscomplex)(AoV)的深入研究提供了重要的分子信息。 從杭州郊區(qū)采集的發(fā)病蠶豆葉上，分離到一種攜帶dsRNA病毒的優(yōu)勢真菌FA0611。形態(tài)學(xué)特征及ITS序列與Betatu

2、bulingene序列分析結(jié)果表明，F(xiàn)A0611屬于赭曲霉(A.ocharceus)。 應(yīng)用常規(guī)方法從A.ocharceusFA0611細胞中抽提dsRNA，獲得3條1000～2000bpdsRNA條帶，根據(jù)dsRNA來源及片段大小，分別將它們命名為AoR1、AoR2和AoR3。自菌絲體提取病毒粒子的SDS-PAGE檢測結(jié)果表明，存在一條分子量略大于86kDa的蛋白條帶。 利用優(yōu)化的單引物擴增法對3條dsRNA進行克隆，

3、測序結(jié)果顯示AoR1大小為1754bp，BLASTN和BLASTP分析表明，該序列與Kimetal.(2006)從侵染赭曲霉(A.ochraceusATCC28706)的復(fù)合真病毒AoV中的dsRNA1(Accessionno.DQ270031)序列基本一致(核酸序列相似性為94％，氨基酸序列相似性為97％)，AoVdsRNA1編碼的蛋白與PenicilliumstoloniferumvirusS(PsV-S)的復(fù)制酶(RNA-depe

4、ndentRNApolymerase，RdRp)具有較高的同源性。AoR2大小為1555bp，其正鏈上所含的最大開放閱讀框(Openreadingframe，ORF)編碼一個分子量約為47kDa的蛋白。BLASTP分析結(jié)果表明，AoR2所編碼的蛋白序列與雙分體病毒科成員(Partitivirus)的外殼蛋白(Capsidprotein，CP)序列有較高的相似性，其中與PsV-S的CP蛋白相似性為63％。AoR2與AoR1的5’(Untr

5、anslatedregion，UTR)高度相似，含有相同的5’末端序列(5’-CGCAAAA-3’)和3’末端序列(5’-CUCC-3’)。AoR3大小為1222bp，其正鏈上含有的最大ORF，編碼33.6kDa的蛋白，BLASTP分析表明，GenBank數(shù)據(jù)庫中GremmeniellaabietinaRNAvirusMS2RNA3編碼的蛋白[YP_138542]與其具有31％的相似性，GremmeniellaabietinaRNAvi

6、rusMS1RNA3[NP_6590291編碼的蚩白與其具有30％的相似性，但是由于這兩條蛋白序列的功能至今還是未知，故AoR3的功能也未知；AoR3的UTR與AoR2、AoR1的UTR相似性較低，但在5’末端，AoR3與AoR2、AoR1含相同的保守序列(5’-CGCAAAA-3’)。以上分析表明，AoR2與AoR1分別編碼雙分體病毒的CP和RdRp，而AoR3的功能未知，可能為病毒的衛(wèi)星RNA。 根據(jù)獲得的AoR1、AoR2

7、與AoR3序列設(shè)計引物對病毒粒子的核酸進行RT-PCR檢測，結(jié)果表明：可同時擴增出3條對應(yīng)于AoR1、AoR2和AoR3的片段。因此，菌絲體中的AoR1、AoR2和AoR3來源于一共同的病毒。 通過Protean軟件分別預(yù)測AoR2編碼的CP和PsV-S的CP次級結(jié)構(gòu)，二者比較顯示：AoR2編碼的CP與PsV-S的CP次級結(jié)構(gòu)元件組成明顯不同。這進一步說明兩個CP的區(qū)別。 綜上所述，根據(jù)AoR1、AoR2與AoR3的片段

8、大小和序列比對分析結(jié)果以及ICTV對雙分體病毒屬(Partitivirus)成員的特征描述，這三條序列可能來源于雙分體病毒屬的一種病毒，與Kim&Bozarth研究的復(fù)合真菌病毒AoV不同，我們分離到的是單一病毒組分，考慮到該病毒是目前唯一具有全基因組序列報道的赭曲霉病毒，我們將其命名為A.ochraceusvirus1(AoV1)。AoR1、AoR2與AoR3完整序列的獲得為侵染赭曲霉的真菌病毒核酸序列分析提供了必要的條件，同時，CP