基于支持向量機(jī)的蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)研究.pdf_第1頁(yè)
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1、生命科學(xué)技術(shù)的迅猛發(fā)展極大地豐富了生命科學(xué)的數(shù)據(jù)資源。這些數(shù)據(jù)蘊(yùn)含了許多重要的化學(xué)生物學(xué)規(guī)律。目前,大量的蛋白質(zhì)一級(jí)序列已被測(cè)定,但結(jié)構(gòu)與功能的測(cè)定與一級(jí)結(jié)構(gòu)的增加不成比例。因此,由序列出發(fā)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能己成為后基因組時(shí)代和現(xiàn)代生物信息學(xué)的研究熱點(diǎn)。本論文基于近年來(lái)不斷涌現(xiàn)的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù),采用新興的機(jī)器學(xué)習(xí)方法——支持向量基對(duì)蛋白質(zhì)功能進(jìn)行預(yù)測(cè)。其主要內(nèi)容如下: 1.建立了凋亡蛋白亞細(xì)胞位點(diǎn)預(yù)測(cè)新方法。采用改進(jìn)的遺傳算法同

2、時(shí)優(yōu)化支持向量機(jī)的核參數(shù)和蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)特征子集,并采用“一對(duì)一”的分類(lèi)策略,預(yù)測(cè)凋亡蛋白亞細(xì)胞位點(diǎn)。對(duì)標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集進(jìn)行Jackkinfe交叉驗(yàn)證,其預(yù)測(cè)精度為94.9%,優(yōu)于文獻(xiàn)報(bào)道值。結(jié)果表明:本文提出的方法能夠得到表征蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)序列的最優(yōu)特征子集,從而提高預(yù)測(cè)成功率。 2.建立了蛋白質(zhì)亞核位點(diǎn)預(yù)測(cè)的新方法。該方法采用最佳優(yōu)先搜索策略來(lái)融合基于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和物理化學(xué)性質(zhì)的不同特征,并將最優(yōu)的融合特征子集作為支持向量機(jī)的輸入用

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