基于支持向量機(jī)的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)重要節(jié)點(diǎn)分類方法研究.pdf

1、蛋白質(zhì)是生命的物質(zhì)基礎(chǔ)，是構(gòu)成細(xì)胞的基本有機(jī)物，是生命活動(dòng)的主要承擔(dān)者。因此，它是與生命及與各種形式的生命活動(dòng)緊密聯(lián)系在一起的物質(zhì)。不同種類的蛋白質(zhì)對(duì)生命活動(dòng)的作用是不同的，關(guān)鍵蛋白質(zhì)是指生物組織生存和繁殖以及相關(guān)特定生物功能正常執(zhí)行所必需的蛋白質(zhì)，在生命活動(dòng)中扮演重要角色。識(shí)別關(guān)鍵蛋白質(zhì)有助于加深了解細(xì)胞生長周期過程，從而增強(qiáng)對(duì)生命活動(dòng)內(nèi)在運(yùn)行機(jī)制理解，也有助于推進(jìn)對(duì)生物進(jìn)化規(guī)律的研究。由此，在組學(xué)時(shí)代，隨著高通量技術(shù)的發(fā)展，蛋白質(zhì)相

2、關(guān)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)日益豐富，基于蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵蛋白質(zhì)識(shí)別成為新的研究熱點(diǎn)。
　　本文從蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)拓?fù)渲行男远攘咳诤系慕嵌瘸霭l(fā)，在分析經(jīng)典節(jié)點(diǎn)拓?fù)渲行男缘幕A(chǔ)上，深入探尋關(guān)鍵蛋白質(zhì)識(shí)別的本質(zhì)特征，設(shè)計(jì)了有效的關(guān)鍵蛋白質(zhì)識(shí)別新方法。主要研究工作如下：
　　首先簡要描述中心性度量的基本概念，它是刻畫網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)在復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)中發(fā)揮相應(yīng)作用的重要程度的一類指標(biāo)?；谕?fù)渲行男远攘康年P(guān)鍵蛋白質(zhì)識(shí)別方法，通常只能反映蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中蛋白質(zhì)節(jié)點(diǎn)的單一特征，

3、到目前仍無法有效表征蛋白質(zhì)的關(guān)鍵性。近來有研究指出，蛋白質(zhì)的關(guān)鍵性具有多維度多層次性。鑒于此，本文選擇有代表性的多種拓?fù)渲行男远攘浚O(shè)計(jì)由這類拓?fù)渲行男远攘亢侠砣诤系臋C(jī)制,提出由拓?fù)渲行男远攘繕?gòu)建的特征空間。
　　其次，在拓?fù)渲行男远攘繕?gòu)建的特征空間中，本文將現(xiàn)有關(guān)鍵蛋白質(zhì)識(shí)別方法的排序篩選方式轉(zhuǎn)換為在特征空間中的分類任務(wù)。在對(duì)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)和相互作用的統(tǒng)計(jì)分析后，本文發(fā)現(xiàn)這類分類任務(wù)屬于非均衡的二分類。由此，本文借助研究成果相對(duì)

4、豐富的支持向量機(jī)作為分類器，構(gòu)建了在網(wǎng)絡(luò)水平上識(shí)別關(guān)鍵蛋白質(zhì)的新方法TC_SVM，為關(guān)鍵蛋白質(zhì)識(shí)別研究提供了新的研究途徑。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，在給定的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中，通過常用統(tǒng)計(jì)學(xué)指標(biāo)的對(duì)比分析，TC_SVM預(yù)測關(guān)鍵蛋白質(zhì)的性能普遍高于經(jīng)典的十種中心性度量，尤其在綜合衡量分類性能的統(tǒng)計(jì)學(xué)指標(biāo)F-measure和AUC上，TC_SVM具有較明顯優(yōu)勢。通過性能分析和對(duì)比，TC_SVM方法較好的預(yù)測性能表明：對(duì)多種經(jīng)典拓?fù)渲行男远攘康暮侠砣诤鲜强尚械?/p>