PPP1R13L和CD3EAP單核苷酸多態(tài)性與非吸煙女性非小細(xì)胞肺癌發(fā)病風(fēng)險、預(yù)后關(guān)系研究.pdf

1、目的:
　　肺癌的發(fā)生和發(fā)展過程受遺傳、環(huán)境、生活行為方式、肺部其它疾病等因素共同影響，其中遺傳因素在肺癌的發(fā)生發(fā)展中起到了重要的作用。單核苷酸多態(tài)性是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的序列多態(tài)性，在人群中的出現(xiàn)頻率大于1％，它們可通過轉(zhuǎn)錄或轉(zhuǎn)錄后調(diào)控影響基因的表達(dá)及功能，從而使得個體間的疾病發(fā)病風(fēng)險或預(yù)后存在差異，單核苷酸多態(tài)性也是導(dǎo)致不同個體受環(huán)境因素影響差異的重要原因之一?；蚨鄳B(tài)性作為一種廣泛存在于人群的遺傳特征，

2、在預(yù)測腫瘤的發(fā)病風(fēng)險、預(yù)后、藥物反應(yīng)性等多方面的價值已經(jīng)在以往的研究中得到了證實(shí)。
　　染色體19q13.3的一段長約80kb的區(qū)域內(nèi)包含了一些與DNA修復(fù)、細(xì)胞凋亡以及細(xì)胞增殖相關(guān)的基因:ERCC1、ERCC2、PPP1R13L和CD3EAP。PPP1R13L被認(rèn)為是重要的原癌基因，由其編碼的蛋白iASPP能夠與ASPP1和ASPP2特異性競爭結(jié)合野生型p53，從而抑制p53對下游基因的調(diào)控，促進(jìn)細(xì)胞增殖，致使腫瘤的發(fā)生。iAS

3、PP還能夠抑制p63和p73來影響細(xì)胞凋亡的調(diào)控。CD3EAP是ERCC1的反義蛋白，有研究表明它與細(xì)胞增殖有關(guān)。所以推測這兩個基因的單核苷酸多態(tài)性可能與肺癌的發(fā)病風(fēng)險和預(yù)后有關(guān)。本研究以我國非吸煙女性為研究對象，分析PPP1R13L rs1005165和CD3EAP rs967591多態(tài)性與非小細(xì)胞肺癌發(fā)病風(fēng)險及預(yù)后的關(guān)系。
　　生物信息學(xué)方法已經(jīng)成為醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域中的重要研究手段之一，本研究利用生物信息學(xué)方法對PPP1R13L

4、rs1005165和CD3EAP rs967591的功能進(jìn)行預(yù)測，為進(jìn)一步進(jìn)行這兩個多態(tài)位點(diǎn)的功能研究提供線索。microRNA是近些年來的研究熱點(diǎn)，它們主要通過與靶mRNA的3啡翻譯區(qū)結(jié)合使靶mRNA降解或抑制其翻譯，從而進(jìn)行對靶基因的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控，這也為選取功能性多態(tài)位點(diǎn)提供了新的思路，即多態(tài)位點(diǎn)不同的基因型可能會影響microRNA對該基因的調(diào)控，進(jìn)而影響到該基因的表達(dá)和功能，本研利用生物信息學(xué)方法初步篩選可能與中國人群肺癌發(fā)病風(fēng)險

5、和預(yù)后有關(guān)的microRNA靶序列上的多態(tài)位點(diǎn)。
　　CD3EAP rs967591與腫瘤發(fā)病風(fēng)險關(guān)系的現(xiàn)有研究結(jié)果并不一致，所以本研究采用了Meta分析方法對rs967591與腫瘤發(fā)病風(fēng)險關(guān)系的文獻(xiàn)進(jìn)行分析，旨在為rs967591與腫瘤發(fā)病風(fēng)險關(guān)聯(lián)研究提供更客觀的循證醫(yī)學(xué)依據(jù)。
　　方法:
　　第一部分為病例對照研究，病例組樣本是于2011年到2014年期間在遼寧省腫瘤醫(yī)院、沈陽北方醫(yī)院就診的非吸煙非小細(xì)胞肺癌女性患

6、者，共442例。對照組研究對象為同期在醫(yī)院體檢中心體檢的非吸煙女性對照，共480例。所有研究對象均為相互間無血緣關(guān)系的漢族人群。所有病例組和對照組研究對象均在簽署知情同意書后，收集其血液標(biāo)本，并調(diào)查其基本人口學(xué)資料、環(huán)境因素暴露情況以及病例的臨床信息。使用酚-氯仿法提取基因組DNA，應(yīng)用TaqMan real-time PCR方法進(jìn)行基因分型。
　　第二部分研究對象來自于遼寧省腫瘤等醫(yī)院的非小細(xì)胞肺癌患者，為無血緣關(guān)系的漢族非吸煙

7、女性，病例納入時間為2011年4月至2013年4月，隨訪終止時間為2015年4月，共303例。隨訪資料獲得方式包括沈陽市疾病預(yù)防與控制中心死亡登記系統(tǒng)、醫(yī)院就診病志以及電話隨訪等。隨訪過程中有20人失訪，失訪率為6.6％。
　　第三部分研究在GEO數(shù)據(jù)庫中檢索PPP1R13L及CD3EAP表達(dá)與非小細(xì)胞肺癌的研究;使用SNPinfo和F-SNP軟件預(yù)測rs1005165和rs967591的功能;使用RNA22軟件分析這兩個多態(tài)位點(diǎn)

8、是否位于microRNA的靶結(jié)合區(qū)域內(nèi)，并使用RNAcofold軟件進(jìn)一步分析不同的基因型與microRNA的結(jié)合自由能改變。關(guān)于中國人群肺癌相關(guān)的microRNA靶序列上的多態(tài)位點(diǎn)篩選，是在NCBI數(shù)據(jù)庫查找已經(jīng)實(shí)驗(yàn)證實(shí)與肺部疾病相關(guān)的基因后，使用PolymiRTS database3.0篩選出上述基因中已經(jīng)實(shí)驗(yàn)證實(shí)的microRNA靶基因并在結(jié)合靶序列區(qū)域存在的多態(tài)位點(diǎn)，進(jìn)一步篩選條件為中國北京人最小等位基因頻率＞0.10、野生型和

9、突變型與相應(yīng)的microRNA的結(jié)合自由能之差△△G≥2kcal/mol。
　　第四部分Meta分析的研究中在PubMed、EMBASE、CNKI、維普網(wǎng)、萬方數(shù)據(jù)庫中檢索關(guān)于rs967591與腫瘤發(fā)病風(fēng)險關(guān)聯(lián)的已發(fā)表文獻(xiàn)，檢索日期截止到2015年4月。
　　本研究使用的統(tǒng)計分析軟件為SPSS22.0，假設(shè)檢驗(yàn)均為雙側(cè)檢驗(yàn)，以P＜0.05為差別有統(tǒng)計學(xué)意義。統(tǒng)計描述中定量資料使用均數(shù)、標(biāo)準(zhǔn)差，定性資料使用頻數(shù)和構(gòu)成比;使用t

10、檢驗(yàn)和x2檢驗(yàn)分別比較定量資料和定性資料在病例組和對照組間的差異;使用Pearsonx2檢驗(yàn)分析多態(tài)位點(diǎn)的基因型分布是否符合Hardy-Weinberg平衡;使用二分類Logistic回歸方法計算OR值和OR的95％可信區(qū)間。使用Kaplan-Meier方法進(jìn)行生存分析，使用Cox回歸計算粗HR和校正HR，以及95％可信區(qū)間。采用STATA11.0軟件進(jìn)行Meta分析，合并效應(yīng)量選用OR及其95％可信區(qū)間，使用Egger法和Begg法檢

11、測是否存在發(fā)表偏倚。
　　結(jié)果:
　　第一部分研究了PPP1R13L rs1005165和CD3EAP rs967591與非吸煙女性非小細(xì)胞肺癌發(fā)病風(fēng)險的關(guān)系，病例組和對照組基因型分布均符合Hardy-Weinberg遺傳平衡。與rs1005165CC基因型相比，CT和TT基因型的非吸煙女性非小細(xì)胞肺癌發(fā)病風(fēng)險降低，OR值分別為0.675(0.461-0.988)和0.713(0.525-0.968)，其顯性模型OR值為0.

12、702(0.526-0.937)。與rs967591GG相比，GA及GA+AA的OR值分別為0.721(0.532-0.978)和0.716(0.536-0.956)。在環(huán)境因素的研究中，烹飪油煙暴露為非吸煙女性非小細(xì)胞肺癌發(fā)生的危險因素，在多態(tài)性與環(huán)境因素的交互作用研究中發(fā)現(xiàn)，與無油煙暴露的rs1005165CC+CT基因型攜帶者相比，有油煙暴露攜帶突變基因型的OR值為1.797(1.066-3.031)，有油煙暴露且攜帶野生純合子基

13、因型的OR值為1.755(0.895-3.440)。rs967591多態(tài)位點(diǎn)的有油煙暴露的顯性模型與無油煙暴露的顯性模型相比，校正后的OR值為1.773(1.055-2.972)。
　　第二部分探討了rs1005165和rs967591與非吸煙女性非小細(xì)胞肺癌預(yù)后的關(guān)系。未發(fā)現(xiàn)這兩個多態(tài)位點(diǎn)與患者預(yù)后相關(guān)。rs1005165TT基因型的生存時間最短，僅為22個月。與CC基因型攜帶者相比，校正后的HR值為1.428(0.962-2.

14、120)，含有突變基因型T的病例與CC基因型病例相比，校正的HR值為1.283(0.957-1.719)。rs967591AA型攜帶者生存時間短于其他基因型，GA基因型攜帶者死亡風(fēng)險高于GG基因型，校正后的HR為1.228(0.896-1.684)，AA基因型攜帶者的死亡風(fēng)險高于GG+GA基因型，校正后的HR值為1.402(0.927-2.120)，但P值均大于0.05。按腫瘤類型分層分析也未得出這兩個多態(tài)位點(diǎn)與肺腺癌和肺鱗癌的預(yù)后相關(guān)

15、。
　　第三部分利用生物信息學(xué)方法預(yù)測結(jié)果為rs1005165和rs967591位于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)，可能會影響到啟動子活性。rs967591可能會影響到hsa-miR-1199-3p對CD3EAP的調(diào)控。篩選出可能與我國人群肺癌易感性或預(yù)后相關(guān)的microRNA靶基因上的多態(tài)位點(diǎn)有rs461155，rs1707303，rs2290890，rs2285332，rs1060258以及rs10467153。
　　第四部分CD3EA

16、P rs967591與腫瘤發(fā)病風(fēng)險關(guān)系的Meta分析結(jié)果中，等位基因A/G的OR值為0.977(0.841-1.136)，進(jìn)行亞組分析發(fā)現(xiàn)高加索人GA與GG基因型相比，OR值為0.839(0.713-0.987)，含有突變基因型A與GG基因型相比，OR值為0.852(0.732-0.992)。使用Begg檢驗(yàn)和Egger檢驗(yàn)進(jìn)行發(fā)表偏倚的檢驗(yàn)，P值均大于0.05。
　　結(jié)論:
　　1、PPP1R13L rs1005165和C

17、D3EAP rs967591與我國非吸煙女性非小細(xì)胞肺癌發(fā)病風(fēng)險有關(guān)。
　　2、PPP1R13L rs1005165和CD3EAP rs967591與我國非吸煙女性非小細(xì)胞肺癌患者預(yù)后無關(guān)。
　　3、PPP1R13L rs1005165和CD3EAP rs967591位于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)，可能會影響啟動子活性;rs967591可能會影響到hsa-miR-1199-3p對CD3EAP的調(diào)控;篩選出可能與中國人群肺癌發(fā)病風(fēng)險和預(yù)后