微流體芯片篩選小鼠組織特異性表達(dá)miRNAs.pdf

1、非編碼RNA日益成為國際上研究的熱點(diǎn),它不僅能調(diào)控基因表達(dá),而且與癌癥密切相關(guān)。miRNA作為非編碼RNA一部分,組織特異性表達(dá)是其一個重要特征,發(fā)現(xiàn)組織特異性表達(dá)的miRNAs是研究其生物學(xué)功能的第一步。另外,miRNA在不同的發(fā)育階段以及不同的性別之間表達(dá)譜也不盡相同。本論文主要從以下三方面展開:(1)收集小鼠18種組織的miRNAs:利用EndNote,通過檢索PubMed獲得關(guān)于研究小鼠miRNA的文獻(xiàn)約300篇,并精讀文獻(xiàn)收集

2、小鼠各組織在不同發(fā)育時期和不同性別等各種條件下表達(dá)的miRNAs,為組織特異性表達(dá)miRNAs的篩選做準(zhǔn)備;(2)采用微流體芯片技術(shù)篩選小鼠6種組織的miRNAs:微流體芯片技術(shù)具有靈活性強(qiáng)、自動化程度高、適用范圍廣、樣品損耗少、無交叉污染和結(jié)果重現(xiàn)性好等特點(diǎn),該技術(shù)的應(yīng)用為高通量篩選基因表達(dá)提供了一種便捷、經(jīng)濟(jì)高效的方法。通過解剖獲取四只C57BL/6小鼠六種組織:大腦,小腦,肝臟,肺,睪丸和腎。對于每種組織,分別取來自四只小鼠的等量

3、組織混合后提取總RNA,利用尿素變性PAGE凝膠回收small RNA(smRNA,10-50 nt),分別將5'和3'RNA adapter連接到smRNA的兩端,通過RT-PCR構(gòu)建smRNA庫(smRNA庫中包含miRNA),利用非變性PAGE凝膠將miRNA對應(yīng)的條帶回收,最后通過熒光引物PCR(signal primer PCR)的方法對miRNA庫進(jìn)行熒光標(biāo)記。利用微流體芯片對各組織表達(dá)的miRNA進(jìn)行檢測,該方法對痕量表達(dá)

4、的miRNAs有很好的檢測效果。為提高檢測結(jié)果的精確度,取5次重復(fù)中至少有4次檢測到信號的為可信結(jié)果,結(jié)果發(fā)現(xiàn)大腦中有246條miRNAs表達(dá),小腦中有291條miRNAs表達(dá),肝臟中有209條miRNAs表達(dá),肺中有230條miRNAs表達(dá),睪丸中有84條miRNAs表達(dá),腎中有40條miRNAs表達(dá)。(3)結(jié)合(1)和(2)分析小鼠6種組織的組織特異性表達(dá)的miRNAs:通過對六種組織檢測到的miRNAs進(jìn)行比較篩選,得到除睪丸之外

5、其它五種組織的組織特異性表達(dá)的miRNAs。為進(jìn)一步得到更為可靠的結(jié)果,與基于大量文獻(xiàn)收集的小鼠各組織在不同條件下表達(dá)的miRNAs進(jìn)行再一次的比較篩選,結(jié)果發(fā)現(xiàn),六種組織之間比較得出的組織特異性表達(dá)的miRNAs,有一部分miRNAs在其他組織中仍有表達(dá)。說明,信息學(xué)與實驗學(xué)相結(jié)合是有力的科研手段。
　　 微流體芯片技術(shù)與生物信息學(xué)的有機(jī)結(jié)合,不僅可以避免大量不必要的重復(fù)實驗,節(jié)約成本,而且可以加快科研速度,提升科研水平。二者