震旦鴉雀線粒體全基因組研究及鴉雀類微衛(wèi)星標(biāo)記的篩選和特征分析.pdf

1、脊椎動(dòng)物線粒體基因組具有高度的保守性，通常含有37個(gè)基因，呈環(huán)狀排列，其DNA分子只是在幾個(gè)基因的排列位置上稍有變化。已有的研究發(fā)現(xiàn)，鳥類線粒體基因組在Cyt b基因和12S rRNA基因之間的基因序列存在2種排列模式，一種為tRNATM/tRNAPro/NADH6/tRNAGlu/CR/tRNAPhe的傳統(tǒng)模式，另一種是tRNAThr/CR/tRNAPro/NADH6/tRNAGlu/noncoding region[nc]/tRNA

2、phE重排模式。后一種排列模式主要見于型形目(Piciformes)、隼形目(Falconiformes)和雀形目(Passeriformes)的亞鳴禽鳥類(Mindell et al，1998)和部分鳴禽鳥類中(Bensch and Harlid，2000；Singh et al，2007)。 本研究通過(guò)長(zhǎng)片段擴(kuò)增和PCR引物步移測(cè)序等方法，測(cè)定了震旦鴉雀(Paradoxornis heudei)線粒體基因組全序列和棕頭鴉雀(

3、Paradoxornis webbianus)Cyt b基因和12S rRNA基因間的基因片段。結(jié)果表明：(1)震旦鴉雀線粒體基因組序列全長(zhǎng)為16928bp，其基因組成，編碼鏈的選擇，重鏈中堿基G的含量偏低以及A+T的含量與大部分鳥類的情況相同。(2)線粒體DNA在Cytb基因和12SrRNA基因間的排列模式為tRNAThr/CR/tRNAPro/NADH6/tRNAGlu/nc/tRNAPhe，棕頭鴉雀在Cyt b基因和12S rRN

4、A基因間也存在著與震旦鴉雀相同的排列順序。這一結(jié)果與早前Mindell等(1998)提出的此種排列模式在雀形目中僅存在于亞鳴禽鳥類的假說(shuō)不符，證實(shí)了重排還存在于鶯科以外的鳴禽鳥類中。(3)震旦鴉雀和棕頭鴉雀線粒體的重排與鶯科鳥類一樣是在原有排列模式的基礎(chǔ)上經(jīng)過(guò)tRNAPro/NADH6/tRNAGlu/CR片段的復(fù)制和兩個(gè)拷貝中部分基因的缺失形成的；其線粒體基因組中的非編碼區(qū)是重排過(guò)程中控制區(qū)拷貝序列部分缺失的產(chǎn)物。(4)震旦鴉雀和棕頭

5、鴉雀線粒體基因的重排來(lái)自于一個(gè)共有祖先種；鴉雀屬鳥類的線粒體基因重排是獨(dú)立起源的。 為了研究不同地方種群震旦鴉雀的遺傳變異，探討其遺傳多樣性和種群遺傳結(jié)構(gòu)，本研究利用AFLP快速分離法(FIASCO)分離篩選了震旦鴉雀的11個(gè)有效的微衛(wèi)星位點(diǎn)。在32只個(gè)體中，位點(diǎn)的平均等位基因數(shù)目為5-11，期望雜合度和觀測(cè)雜合度分別為0.6001-0.8647和0.037-0.80。其中，位點(diǎn)Path05、Parh10、Path12、Parh