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文檔簡介
1、原核生物中的非編碼小RNAs(small RNAs,sRNAs)比人們預(yù)想的要多很多。sRNAs能通過RNA結(jié)構(gòu)變化、與蛋白質(zhì)結(jié)合、與其它RNAs堿基配對、與DNA相互作用等機制參與多方面的生物學(xué)過程,包括轉(zhuǎn)錄、翻譯、mRNA的穩(wěn)定以及DNA的維持和沉默等。目前相關(guān)的研究主要集中在模式生物大腸桿菌(E. coli)中,并且已經(jīng)確定的sRNAs數(shù)目達(dá)到約80個。近幾年,人們利用生物信息學(xué)和實驗手段,在基因組水平大規(guī)模的尋找sRNAs。這是
2、一項工作量十分巨大、并有廣闊應(yīng)用前景的基礎(chǔ)研究工作。 根瘤菌(Rhizobium, Bradrhizobium, Mesorhizobium, Azorhizoibum,Sinorhizobium)與豆科植物的共生固氮作用是植物與微生物相互作用的代表性模式。目前已開始在共生植物中大規(guī)模尋找microRNAs的研究,而在根瘤菌中尋找sRNAs的研究多是建立在生物信息學(xué)的基礎(chǔ)上,并且尋找區(qū)域也僅限于基因間(intergenic re
3、gions)。 本研究利用Experimental RNomies方法,以豌豆根瘤菌Rhizobium leguminosarum biovar viciae248菌株系為材料,提取根瘤菌三個不同生長時期的總RNA,GT法建立其cDNA文庫。通過大量實驗,我們共獲得821條有效序列,利用生物軟件數(shù)據(jù)處理后,共獲得418個contigs。其中約有55個contigs序列小于13 bp或代表常規(guī)RNAs(tRNAs和rRNAs)。剩
4、余的363個非常規(guī)RNA contigs經(jīng)nucleotide BLAST操作在Rhizobium leguminosarum biovar viciae strain3841全基因組上定位。由此建立的sRNAs文庫包括7類contigs: 首先是與所有根瘤菌無匹配序列的“No significant similarity was found”contigs,共有83個(占所有contigs的22.9%)。其中一部分序列長度小于
5、20 bp。推測這類contigs的存在主要是248和3841的基因組特別是共生大質(zhì)粒的差別造成的。 其次是三類最有可能包含新的sRNAs的contigs,即“Intergenic regions”contigs(69個,19.O%)、“Antisense within gene”contigs(25個,6.9%)以及“overlapping reading flames,or overlap of mRNA with inte
6、rgenic region”comigs(34個,9.4%)。 最后是三類代表已知基因ORF的部分片段的contigs,包括“Entire mRNA or mRNA middle part” contigs(95個,26.2%)、“N-terminal part of mRNA” contigs(30個,8.3%)和“C-terminal part of mRNA” contigs(27個,7.5%)。其中“Entire mRN
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