肝癌長鏈非編碼RNA差異表達(dá)譜構(gòu)建及AFAP1-AS1功能初步驗(yàn)證.pdf

1、目的:探討長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA，lncRNA)在肝癌中表達(dá)情況，構(gòu)建肝癌差異表達(dá)lncRNA表達(dá)譜，篩選和鑒定與肝癌發(fā)生和發(fā)展密切相關(guān)的lncRNA，并分析差異表達(dá)lncRNA作為肝癌早期診斷、侵襲轉(zhuǎn)移及預(yù)后復(fù)發(fā)相關(guān)分子標(biāo)志物的可行性，為肝癌臨床診斷及治療提供新的策略。
　　方法:在NCBI GEO DateSets數(shù)據(jù)庫中篩選肝癌組織基因芯片的原始實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，利用基因芯片顯著性分析(signif

2、icance analysis ofmicroarray，SAM)軟件分析基因在肝癌中的表達(dá)情況，構(gòu)建肝癌差異表達(dá)lncRNA表達(dá)譜。通過DAVID在線軟件對(duì)差異表達(dá)lncRNA進(jìn)行功能分析，評(píng)估差異表達(dá)lncRNA在肝癌中的功能。然后選擇差異顯著的肌動(dòng)蛋白絲相關(guān)蛋白1-反義RNA1(actin filament-associatedprotein1-antisense RNA1，AFAP1-AS1)進(jìn)行初步功能驗(yàn)證。首先利用實(shí)時(shí)熒光定

3、量PCR方法檢測(cè)30對(duì)新鮮肝癌組織及對(duì)應(yīng)癌旁組織中AFAP1-AS1的表達(dá)情況，驗(yàn)證SAM分析的結(jié)果。再利用組織微陣列切片結(jié)合原位雜交方法篩查82例腫瘤組織（包括食管癌11例、胃癌11例、肝癌26例和結(jié)直腸癌34例）及對(duì)應(yīng)癌旁組織中AFAP1-AS1的表達(dá)情況，對(duì)表達(dá)差異明顯的肝癌組織，再擴(kuò)大樣本量（70對(duì)肝癌組織石蠟切片）進(jìn)一步驗(yàn)證，并分析AFAP1-AS1表達(dá)與肝癌主要臨床病理特征的相關(guān)性，評(píng)估其在肝癌淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移中的作用。
　

4、　結(jié)果:SAM軟件分析肝癌組織基因芯片表達(dá)數(shù)據(jù)，得到顯著差異表達(dá)lncRNA46個(gè)，其中表達(dá)上調(diào)lncRNA19個(gè)，表達(dá)下調(diào)lncRNA27個(gè)。DAVID在線軟件功能分析發(fā)現(xiàn)RPL23AP64、TPT1-AS1、C3P1、AFAP1-AS1、WDFY3-AS2、FAM99B、TTTY6在肝癌中有重要功能。初步功能驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)，AFAP1-AS1在30例肝癌新鮮組織中表達(dá)水平顯著低于癌旁組織（P＜0.05）;多腫瘤組織芯片原位雜交結(jié)果顯示，A

5、FAP1-AS1在食管癌中的表達(dá)水平高于癌旁組織（P＜0.05），在肝癌組織中的表達(dá)水平低于癌旁組織(P＜0.05)，在胃癌和結(jié)直腸癌中其表達(dá)與癌旁組織中的表達(dá)水平?jīng)]有明顯差異(P＞0.05)。擴(kuò)大肝癌組織樣本量后，仍然發(fā)現(xiàn)肝癌組織中的AFAP1-AS1表達(dá)水平明顯降低，并且與臨床分期和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移有關(guān)(P＜0.05)。AFAP1-AS1作為肝癌淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的分子標(biāo)志物的靈敏度、特異度、符合度、陽性預(yù)測(cè)值和陰性預(yù)測(cè)值分別為91.23％、28