tRNA序列進化的研究.pdf

1、tRNA分子在蛋白質合成中處于關鍵地位。利用復雜網(wǎng)絡理論研究tRNA序列的進化特征、進化機制、進化行為，從而揭示tRNA序列的進化歷史以及它們的從屬關系。利用序列的不同相似度建立tRNA序列網(wǎng)絡，比較、分析、討論網(wǎng)絡中的三個重要參數(shù)，揭示 tRNA序列的進化特點，找出它們隱含的生物意義。根據(jù)tRNA序列的二級結構，基于Watson-Crick配對規(guī)則和Monte Carlo理論，利用計算機隨機產生tRNA序列，根據(jù)網(wǎng)絡的連接條件建立tR

2、NA序列的模擬網(wǎng)絡，并與真實tRNA序列網(wǎng)絡比較，分析所建立的隨機tRNA序列是否能反映真實tRNA序列。比較、分析、討論孤立反密碼子與其連接反密碼子之間的關系，及分析這些tRNA的整體行為和共同特征，并構建不同相似度的進化樹研究tRNA序列的系統(tǒng)發(fā)育?；赑rim算法，找出網(wǎng)絡中的最小生成樹，揭示tRNA序列的最短最優(yōu)的進化路徑。
　　 第一章主要介紹了生物數(shù)據(jù)庫的概況，復雜網(wǎng)絡的基本模型：隨機網(wǎng)絡模型、WS網(wǎng)絡模型和BA網(wǎng)絡

3、模型，以及簡述了生物網(wǎng)絡的研究進展。
　　 第二章主要介紹tRNA序列的來源及網(wǎng)絡相關參數(shù)，tRNA序列的分組和tRNA序列網(wǎng)絡模型建立。通過比較、分析、討論網(wǎng)絡的相關參數(shù)：平均度、平均聚類系數(shù)、平均最短路徑，進一步說明點突變是tRNA序列進化的重要機制，并反映了它們的進化近似符合中性理論以及在同一組氨基酸和Stop內的tRNA序列在進化歷史上的同源關系更密切；同時表明了tRNA序列在進化過程中具有自相似性。
　　 第三

4、章主要介紹隨機tRNA序列模型的構建方法，tRNA序列真實網(wǎng)絡與模擬網(wǎng)絡的建立，比較、分析、討論兩種網(wǎng)絡的度分布、平均度分布函數(shù)K（S)、平均聚類系數(shù)分布函數(shù)C(S)和平均最短路徑分布函數(shù)L(S)。研究結果表明：真實tRNA序列不是完全隨機產生的序列。
　　 在第四章中，一方面通過比較、分析、討論孤立反密碼子與其連接反密碼子之間的關系，揭示tRNA序列進化關系；另一方面，介紹了踵離矩陣的聯(lián)配分數(shù)的方法，進化樹構建步驟和分析不同相