DNA序列比對最大似然度進(jìn)化模型.pdf

1、序列比對是生物信息學(xué)中重要的研究課題，是發(fā)現(xiàn)序列的功能，結(jié)構(gòu)和進(jìn)化信息的重要手段?，F(xiàn)有的很多比對算法都是基于目標(biāo)函數(shù)，目標(biāo)函數(shù)利用替換矩陣和空位罰分對比對過程和結(jié)果進(jìn)行記分，用記分值來判斷序列比對結(jié)果的好壞?；谀繕?biāo)函數(shù)的比對算法的缺點(diǎn)是記分系統(tǒng)的些許變動就可能導(dǎo)致局部或全局比對劇烈變化。由此，本文提出了DNA序列最大似然度比對算法來對DNA序列進(jìn)行序列比對。 本文首先介紹序列比對的基本概念，詳細(xì)敘述了替換矩陣、空位罰分和目標(biāo)

2、函數(shù)以及它們對序列比對的影響，然后深入研究了雙序列各種常用的比對算法：點(diǎn)陣分析、動態(tài)規(guī)劃算法和詞或k-串方法，并給出了它們的算法思想或偽代碼。接著，根據(jù)基于目標(biāo)函數(shù)算法的缺點(diǎn)，提出最大似然度比對算法，該算法分為兩個部分：參數(shù)估值算法和比對算法。最大似然度比對算法首先使用進(jìn)化參數(shù)估值算法對一對DNA序列相關(guān)的進(jìn)化參數(shù)進(jìn)行估值，然后比對算法利用估算出來的參數(shù)值對DNA序列進(jìn)行比對。它是一個獨(dú)立的方法，完全避開了基于替換矩陣和空位罰分的序列比