禽傳染性支氣管炎病毒H120株全基因組序列測定分析.pdf

1、禽傳染性支氣管炎(IB)呈世界廣泛流行，是危害養(yǎng)雞生產(chǎn)最嚴(yán)重的病毒性傳染病之一。由于禽傳染性支氣管炎病毒(IBV)很容易發(fā)生變異，導(dǎo)致新的變異株不斷出現(xiàn)，且不同毒株之間交叉保護(hù)力弱，使該病經(jīng)常在免疫和非免疫的禽群爆發(fā)，造成了嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失。禽傳染性支氣管炎病毒疫苗株H120是一株應(yīng)用較早并具有代表性的IBV疫苗，至今仍在廣泛的使用。本研究對IBV H120株的全基因組進(jìn)行了序列測定和分析，對從分子水平研究IBV的基因組結(jié)構(gòu)、變異和IBV

2、的反向遺傳學(xué)研究奠定基礎(chǔ)。
　　 根據(jù)GenBank上公布的IBV基因組序列，經(jīng)多重比較后設(shè)計(jì)18對引物，用RT-PCR方法對IBV疫苗株H120的全基因組進(jìn)行分段擴(kuò)增、克隆和序列測定。測定結(jié)果表明，H120基因組全長27631bp，包含有10個(gè)開放閱讀框(ORF)。Gene1包括2個(gè)開放閱讀框，ORF1a包括11802nt（529-12330位）和ORF1b包括7959nt（12405-20363位），分別編碼3934和265

3、3個(gè)氨基酸。Gene2，包括3549個(gè)堿基（20254-23799位），含有一個(gè)開放閱讀框(3489nt)編碼1163個(gè)氨基酸。S1基因包括1596個(gè)堿基(20314-21909位)，S2基因有1890個(gè)堿基(21910-23799位)，分別編碼539和630個(gè)氨基酸。Gene3為23771-24479位(709nt)，包括3個(gè)開放閱讀框：3a(174nt)，3b(195nt)，3c(330nt)，分別編碼5764和109個(gè)氨基酸。S基

4、因和Gene3有32個(gè)堿基重疊。Gene4(M基因)為24366-25128位(763nt)，只有一個(gè)開放閱讀框(678nt)編碼225個(gè)氨基酸。Gene5(25471-25930位)包括2個(gè)開放閱讀框：5a(198nt)和5b(249nt)分別編碼65和82個(gè)氨基酸。Gene6(N基因)為25772-27102位，含有一個(gè)開放閱讀框(1230nt)，編碼409個(gè)氨基酸。
　　 H120全基因組序列與GenBank上公布的其他1

5、5株IBV基因組序列的同源率在84.6-99.8％之間，與ZJ971的同源率最高99.8％。整個(gè)基因組中5′-UTR為最保守的區(qū)域，其同源率在91.5-99.6％之間，3′-UTR最不保守，同源率在49.9-99.6％之間。系統(tǒng)進(jìn)化分析結(jié)果表明H120株與ArkDPI譜系的親緣關(guān)系較近。
　　 本研究對H120全基因組序列進(jìn)行了測定和分析，豐富了IBV的全基因序列生物信息數(shù)據(jù)庫，為進(jìn)一步對從分子水平研究IBV的強(qiáng)弱毒株的基因組功