雜交鯉魚親子鑒定微衛(wèi)星標(biāo)記的評估及鯉魚免疫相關(guān)芯片探針的篩選和注釋.pdf

1、由于微衛(wèi)星的親子鑒定技術(shù)既能減少分池飼養(yǎng)帶來的遺傳性狀的差異又能減少其所占用飼養(yǎng)池的數(shù)量和管理強度,因此其在水產(chǎn)養(yǎng)殖中得到了廣泛的應(yīng)用,尤其是在選育過程中。本研究應(yīng)用21對微衛(wèi)星標(biāo)記對鯉魚雜交家系(49-同胞家系:德國鏡鯉♀×荷包紅鯉♂;24-同胞家系:荷包紅鯉♀×德國鏡鯉♂)進行遺傳多樣性及遺傳特性的評價,并檢測影響微衛(wèi)星標(biāo)記鑒定準(zhǔn)確性的幾個特性,例如,多態(tài)性,零等位基因,連鎖等。最終,我們獲得13個多態(tài)性高、鑒別能力強的微衛(wèi)星標(biāo)記。

2、研究結(jié)果如下:(1)篩選出的13對標(biāo)記多態(tài)性高:在49-同胞家系中,平均有效等位基因數(shù)(K)、期望雜合度(He)、觀測雜合度(Ho)、多態(tài)信息含量(PIC)分別為0.505、0.648、0.791、0.5889;在24-同胞家系中,平均有效等位基因數(shù)(K)、期望雜合度(He)、觀測雜合度(Ho)、多態(tài)信息含量(PIC)分別為0.548、0.670、0.819、0.6138。(2)篩選出的13對標(biāo)記鑒別能力強:在49-同胞家系和24-同胞

3、家系中,13對標(biāo)記的聯(lián)合排除率(CPE)分別達到0.999997978和0.999999583。(3)獲得高效率的位點組合:在兩個雜交家系中,4個核心位點(MFW29，HLJ392，HLJ044，HLJ855)的聯(lián)合排除率均高于99％。(4)三種情況下(一個親本已知,NE-1P;另一個親本已知,NE-2P;雙親都已知,NE-PP;)的聯(lián)合非父排除率:在49全胞家系中分別為1.34E-02,3.91E-04,2.02E-06;在24全胞家

4、系中分別為1.34E-02,3.91E-04,2.02E-06。(5)模擬分析顯示(置信度為99%):當(dāng)使用11個或更多標(biāo)記時,在49全胞家系中親本與子代的配對率為100%;當(dāng)使用9個或更多標(biāo)記時,在24全胞家系中親本與子代的配對率大于98%。(6) UPGMA聚類圖表明:在混養(yǎng)條件下,篩選出的13對標(biāo)記可以明顯地將子代與無親緣關(guān)系的家系區(qū)分開。以上結(jié)果表明本研究所篩選出13對微衛(wèi)星標(biāo)記完全適用于荷包紅鯉與德國鏡鯉雜交家系的鑒定工作,為

5、以后的選育工作提供可靠高效的鑒定工具。
　　水產(chǎn)養(yǎng)殖中養(yǎng)殖品種的抗逆性一直是大家重點關(guān)注的的問題,其中提高魚類個體的抗病能力以應(yīng)對大規(guī)模突發(fā)性疾病,如何降低死亡率已成為鯉魚養(yǎng)殖中亟待解決的問題。本研究通過生物信息學(xué)和比較基因組學(xué)的原理,從已知的人體免疫相關(guān)的37個基因芯片、人類免疫相關(guān)的15個通路中,篩選并獲得與鯉魚免疫相關(guān)的候選基因493個。通過已知的內(nèi)參基因序列,篩選出適合在鯉魚基因表達研究中穩(wěn)定表達的6種內(nèi)參基因(18S r