基于類胡蘿卜素含量的華貴櫛孔扇貝遺傳圖譜的初步構(gòu)建及QTL定位.pdf

1、華貴櫛孔扇貝（Chlamys nobilis Reeve）自然分布在日本、印度尼西亞以及我國的南海。由于其生長快、養(yǎng)殖周期短、經(jīng)濟(jì)效益高，而且味道鮮美、營養(yǎng)豐富，華貴櫛孔扇貝在20世紀(jì)80年代中后期就已成為我國南方沿海重要的海水養(yǎng)殖種類之一。
　　實(shí)驗(yàn)室前期研究表明，華貴櫛孔扇貝養(yǎng)殖群體中的橙色個體（橙色貝殼、橙色閉殼肌、橙色外套膜）不僅能夠富集類胡蘿卜素，而且其富集能力能夠穩(wěn)定地遺傳。為了深入研究類胡蘿卜素在這種貝類中的遺傳規(guī)律

2、，我們利用單核苷酸多態(tài)性（Single Nucleotide Polymorphism， SNP）、微衛(wèi)星（Simple Sequence Repeats， SSR）和插入缺失（Insertions/Deletions，InDel）標(biāo)記，以華貴櫛孔扇貝富含類胡蘿卜素的橙色個體與類胡蘿卜素含量低的褐色個體（褐色貝殼、白色閉殼肌、白色外套膜）雜交產(chǎn)生的F2家系的110個子代個體為作圖群體，采用CP（Cross Pollinators）模型構(gòu)

3、建了華貴櫛孔扇貝遺傳連鎖圖譜，并對類胡蘿卜素含量（Total Carotenoid Content，TCC）進(jìn)行了數(shù)量性狀基因座（Quantitive Trait Location，QTL）定位。
　　其中共開發(fā)了533個SNP位點(diǎn)，具有多態(tài)性的位點(diǎn)為177個，卡方檢驗(yàn)顯示145個位點(diǎn)符合孟德爾分離比，32個發(fā)生偏分離（18.07％，P<0.01）。開發(fā)了80個SSR及96個InDel位點(diǎn)，具有多態(tài)性的位點(diǎn)數(shù)分別為23個和32個，

4、卡方檢驗(yàn)顯示分別有19和26個符合孟德爾分離規(guī)律，4個SSR（17.39%，P<0.01）和6個InDel（18.75%，P<0.01）發(fā)生了偏分離。
　　共有154個標(biāo)記位點(diǎn)參與了雌性連鎖圖譜的構(gòu)建，框架圖共包含了105個標(biāo)記，包括16個連鎖群，圖譜總長度為595.33cM，圖譜的覆蓋率為71.3％，平均間隔為6.69cM。166個分離標(biāo)記用于雄性圖譜的構(gòu)建，122個標(biāo)記定位到框架圖譜上，包含19個連鎖群，圖譜長度為745.72

5、cM，圖譜的覆蓋率為69.69％，平均間隔為7.24cM。利用共有標(biāo)記將雌性圖譜與雄性圖譜進(jìn)行了整合。在整合圖譜中，154個標(biāo)記共被劃分為14個連鎖群，平均間隔為4.83cM。
　　測量了華貴櫛孔扇貝閉殼肌和外套膜中的類胡蘿卜素含量，基本符合正態(tài)分布，閉殼肌類胡蘿卜素含量與外套膜類胡蘿卜素含量具有極顯著的相關(guān)性，系數(shù)達(dá)到0.704。利用整合圖譜對閉殼肌類胡蘿卜素含量和外套膜類胡蘿卜素含量進(jìn)行了QTL定位。檢測到了3個與閉殼肌類胡蘿