南海黃鰭馬面鲀(Thamnaconus hypargyreus)種群分析.pdf

1、黃鰭馬面鲀(Thamnaconus hypargyreus)是具有較高經(jīng)濟價值的魚類，曾是南海最大宗的高產(chǎn)魚種，是底拖網(wǎng)作業(yè)的主要捕撈對象。鲀形目(Tetraodontiformes)魚類的分子系統(tǒng)學研究是國內(nèi)外關注的熱點，從種至目各分類階元的系統(tǒng)發(fā)育研究中，多數(shù)是利用了部分或全部的線粒體基因組序列。為此，本研究通過設計15對引物進行PCR擴增并測序，首次獲得了黃鰭馬面鲀線粒體基因組DNA(Mitochondrial DNA,mtDNA

2、)全序列，并結(jié)合馬面鲀屬其它種類的mtDNA進行了線粒體全基因組水平的系統(tǒng)發(fā)育分析。
　　黃鰭馬面鲀mtDNA基因組序列全長16438bp，A+T含量為53.5％，其mtDNA由2個rRNA基因、13個蛋白質(zhì)編碼基因、22個tRNA基因和1段786 bp非編碼的控制區(qū)(D-loop)所組成。除COⅠ起始密碼子為GTG以外，其余蛋白質(zhì)編碼基因均以ATG為起始密碼子。除了COⅡ,ND4和Cyt b使用不完全密碼子(T或TA)為終止密碼

3、子以外，其余均使用典型的終止密碼子TAA或TAG。除ND6和tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer、tRNAGlu及tRNAPro在L-鏈上編碼之外，其余基因均在H-鏈編碼?；蚺帕许樞蚺c已測定的鲀類相一致。tRNA基因核苷酸長度為67~75 bp。基于鲀形目線粒體基因組全序列構(gòu)建的進化樹表明，黃鰭馬面鲀、密斑馬面鲀(T.tessellatus)和綠鰭馬面鲀(T.modestus)

4、聚成一個姊妹群。研究表明，黃鰭馬面鲀線粒體基因組的組成、順序、編碼鏈的選擇、tRNA的結(jié)構(gòu)以及GC和AT偏斜等，都與典型的脊椎動物線粒體相同，并且沒有發(fā)現(xiàn)重排和假基因?；隈R面鲀屬魚類線粒體全序列構(gòu)建的進化樹與形態(tài)學分類的階元關系比較吻合，結(jié)果支持馬面鲀屬魚類為一個單系類群。本研究將為黃鰭馬面鲀線粒體基因組的遺傳特點和物種多樣性的分析提供分子依據(jù)。
　　采用線粒體DNA編碼區(qū)細胞色素b(Cytochrome b，Cyt b)基因片

5、段為遺傳標記，分析了南海北部陸架和南沙西南部陸架海域5個黃鰭馬面鲀?nèi)后w的遺傳結(jié)構(gòu)，判定南海北部不同海域之間以及南海北部與南沙西南部陸架海域黃鰭馬面鲀屬于同一個種群。結(jié)果表明，在156個個體的779 bp Cyt b同源序列中共檢測到56個變異位點和58種單倍型，5個群體間遺傳距離為0.00295~0.00415，遺傳分化性呈現(xiàn)出高單倍型多樣性(0.8201~0.9804)和低核苷酸多樣性(0.00262～0.00469)的特點；分子方差

6、分析和遺傳分化指數(shù)顯示黃鰭馬面鲀的遺傳變異來自群體內(nèi)個體間，群體間無顯著遺傳分化；單倍型網(wǎng)絡結(jié)構(gòu)圖和群體系統(tǒng)發(fā)育樹(鄰接法NJ和最大簡約法MP)結(jié)構(gòu)均未出現(xiàn)明顯的以地方群體為單位的家系式分支或者聚簇。
　　采用線粒體DNA非編碼區(qū)即D-loop區(qū)(Control region，CR)基因片段為遺傳標記，同樣比較5個不同地理群體間的遺傳發(fā)育關系并結(jié)合種屬界定標準判定，南海北部和南沙西南部陸架5個黃鰭馬面鲀?nèi)后w屬于同一個種群。分析結(jié)果

7、表明：在158個樣品的636 bp CR同源序列中共檢測到103個變異位點和91種單倍型，基于核苷酸Kimura雙參數(shù)替代模型計算得出的5個群體間遺傳距離為0.00744～0.01141，高單倍型多樣性(0.9419±0.0151)和相對較高核苷酸多樣性(0.0095±0.00506)的特點總體顯示其可能存在較高的遺傳多樣性；分子方差分析和遺傳分化指數(shù)顯示黃鰭馬面鲀的遺傳變異來自群體內(nèi)個體間，群體間無顯著遺傳分化；單倍型網(wǎng)絡結(jié)構(gòu)圖和群體