非親緣HapMap個體中全基因組eQTL和基因表達水平的遺傳力分析.pdf

1、近年來，許多研究都在對諸如人類復(fù)雜疾病一類的數(shù)量性狀進行全基因組關(guān)聯(lián)分析，希望從中能發(fā)現(xiàn)可能造成遺傳力缺失(Missing heritability)的潛在原因，然而要完全解釋清楚遺傳力缺失仍然是一項長期而艱巨的任務(wù)。研究全基因組范圍內(nèi)的基因表達性狀的遺傳力可以進一步了解表型和基因型之間的關(guān)系，并對于解釋遺傳力缺失提供有力證據(jù)。
　　在本文中，我們首先簡要介紹了全基因組關(guān)聯(lián)研究、遺傳力缺失以及eQTLs的研究現(xiàn)狀。接下來，我們利用

2、Gibbs抽樣方法對294個釀酒酵母菌株的絮凝性狀的遺傳力進行估計，并結(jié)合已在實驗中定位出來的4個QTL主效基因的研究分析發(fā)現(xiàn)了遺傳力缺失現(xiàn)象。隨后，我們希望從基因表達以及eQTL的研究中來探尋遺傳力缺失的原因。因此，我們利用基因表達的芯片數(shù)據(jù)和全基因組SNP的基因型數(shù)據(jù)（來自210個Hapmap個體）來檢驗基因表達性狀的遺傳力。8040個基因表達的遺傳力水平由方差組分模型進行分析，并檢測到了562個表達數(shù)量性狀基因座(Expressi

3、on QuantitativeTrait Loci，eQTLs)。研究結(jié)果顯示，基因表達的遺傳力呈雙峰分布，分布范圍從0到接近100％。其中，較高遺傳力水平的基因主要是一些管家基因(housekeeping gene)以及和順式eQTLs有關(guān)聯(lián)的基因。順式eQTLs和反式eQTLs對遺傳力提供了相近的累積貢獻。最后，我們對于與多個eQTLs的基因之間的互作（上位性）進行建模，并由此發(fā)現(xiàn)上位性普遍存在于反式eQTLs當(dāng)中，在解釋遺傳力缺失