【系統(tǒng)發(fā)育】摘paml學(xué)習(xí)筆記_蝸牛

1、PAML與Branchmodel——以靈長目動物溶菌酶編碼基因適應(yīng)性進(jìn)化分析為例解讀BranchModelModel=23，……，n時，需要在treefile中標(biāo)記所要設(shè)置的前景枝，可以標(biāo)記一個，也可以標(biāo)記多個。樹標(biāo)記格式如下所示：((12)3)#145)該treefile表示Clade1，23為前景枝，其對應(yīng)的omega值為ω1（用#1表示），其余Clade為背景枝，對應(yīng)的omega值為ω0（用#0指定，但在PAMl軟件中，#0為默認(rèn)

2、值，故不需要在樹中注明）。在resultfilemlc文件中，我們可以得到兩個不同的omega值。3.通過BranchModel可以得到什么樣的結(jié)論？3.1不同支系間的omega值是否顯著不同這主要通過比較oneratioModel和freeratioModel對應(yīng)的likelihoodvalues的差異進(jìn)行說明。3.2前景枝和背景枝的omega是否顯著不同這主要通過比較oneratioModel和tworatioModel的likel

3、ihoodvalues進(jìn)行說明。3.3前景枝的omega值是否顯著大于1（greaterthanone）這主要通過比較tworatioModel中存在與不存在ω11這一約束的兩種情況下所對應(yīng)的likelihoodvalues進(jìn)行說明。4.如何對不同Model的差異性進(jìn)行比較？該比較主要在PAML軟件Chi2程序中進(jìn)行，首先在mlc文件中查找不同Model所對應(yīng)的likelihoodvalues并計算不同Modellikelihood差值