pubmed生物醫(yī)學(xué)信息資源及其檢索

1、醫(yī)學(xué)信息檢索,PubMed主要內(nèi)容,PubMed概況 PubMed數(shù)據(jù)來源PubMed檢索機(jī)制PubMed檢索運(yùn)算符PubMed檢索方法結(jié)果的顯示、保存其他輔助功能,PubMed概況,創(chuàng)建機(jī)構(gòu)：美國國家醫(yī)學(xué)圖書館下設(shè)的美國生物技術(shù)信息中心(NCBI)1997年6月開始向全球開放特色：具有收錄范圍廣、內(nèi)容全、檢索途徑多、檢索體系完備等特點(diǎn)，部分文獻(xiàn)還可在網(wǎng)上直接免費(fèi)獲得全文。與Medline光盤數(shù)據(jù)庫的區(qū)別：檢索機(jī)制、檢

2、索界面、檢索方法以及收錄文獻(xiàn)數(shù)量不同。,PubMed數(shù)據(jù)來源,MEDLINE： [pubmed-indexed for medline]In Process Citations：每天收錄，尚未經(jīng)規(guī)范處理的數(shù)據(jù)。[pubmed-in process]Publisher-Supplied Citations：由出版商提供的電子文獻(xiàn)，每條記錄標(biāo)有[PubMed-as supplied by Publisher]。,自動轉(zhuǎn)換匹配功能(A

3、utomatic Term Mapping)對于輸入的檢索詞，PubMed先按一定的詞表順序進(jìn)行對照匹配和轉(zhuǎn)換，再進(jìn)行檢索。詞表匹配轉(zhuǎn)換順序是：MeSH表(MeSH Translation Table)、期刊刊名表(Journal Translation Table)、短語表(Phrase list)、作者索引(Author Index)。如果在以上4個(gè)表中都找不到相匹配的詞，PubMed將把短語分開，以單詞為單位，分別重復(fù)以上的過程

4、，檢索時(shí)各個(gè)詞之間是AND邏輯關(guān)系。如果仍找不到相匹配的詞，則用單個(gè)詞在所有字段查找，各個(gè)詞之間也是AND邏輯關(guān)系。,PubMed檢索機(jī)制,短語檢索(Phrase Searching)也可稱為強(qiáng)迫詞組檢索，即，如果要將短語作為一個(gè)詞組進(jìn)行檢索，可用雙引號“ ”將其引起來。如：“drug therapy”作為詞組進(jìn)行檢索的詞，系統(tǒng)不進(jìn)行自動轉(zhuǎn)換匹配，也不進(jìn)行MeSH詞的擴(kuò)檢。,PubMed檢索機(jī)制,PubMed檢索運(yùn)算符,邏輯運(yùn)算符：

5、邏輯與：AND，邏輯或：OR，邏輯非：NOT。當(dāng)一個(gè)檢索表達(dá)式中同時(shí)含有三個(gè)運(yùn)算符時(shí)，運(yùn)算順序從左至右，括號可以改變運(yùn)算順序。截詞符：*，一個(gè)詞或字拼寫出部分字母后面加上一個(gè)截詞符，chem*表示用詞根進(jìn)行檢索。雙引號：“ ”，表示對引號中的短語進(jìn)行檢索。檢索字段標(biāo)識符：[tag]，tag為字段名稱。 [ti]，[au]，[ta]， [la]，[pt]。,常用字段組成,標(biāo)識符 字段名稱 中

6、文釋義TI Title 題目AU Author 作者AD Affiliation 作者單位AB Abstract 文摘

7、DP Publication Date 出版日期TA Journal Title Abbreviation 刊名縮寫MH MeSH Terms 主題詞PT Publication Type 出版類型,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/p

8、ubmed/,PubMed 網(wǎng)址,,高級檢索,主題檢索,期刊檢索,文獻(xiàn)匹配,臨床咨詢,特定主題咨詢,PubMed檢索方法,基本檢索高級檢索主題檢索輔助檢索,基本檢索,,默認(rèn)檢索字段為主題、作者、期刊,關(guān)鍵詞、詞(詞組)或短語： ⑴ 輸入任意關(guān)鍵詞：liver cancer、Lung cancer； ⑵ 帶有雙引號” ”作為短語檢索：”cancer therapy”； ⑶ 帶有連接號”-”作為一個(gè)詞組檢

9、索：interleukin-6。限制檢索字段：如liver cancer[ti]作者：Smith J 、 Smith[au]2002年以后的文獻(xiàn)如果作者有全稱，可用全稱,基本檢索,期刊刊名： ⑴可用期刊全稱：GENE THERAPY[TA]； ⑵可用期刊簡稱：JAMA[TA]；(The Journal of the American Medical Association) ⑶刊名中含有特殊字符，如[]、&am

10、p;等，要去掉： 如J HAND SURG[AM] 輸入時(shí)要寫成J HAND SURG AM 截詞：chemo*復(fù)雜表達(dá)式：liver cancer AND therapy帶有摘要文獻(xiàn)的檢索 ：liver cancer AND hasabstract,基本檢索,分析該檢索課題，包含兩個(gè)方面： 肝癌：liver cancer；治療：therapy兩個(gè)主題之間的邏輯關(guān)系是AND，即liver cancer AND the

11、rapy,基本檢索舉例1：肝癌的治療,分析該檢索課題，包含兩個(gè)方面： 作者為：馬大龍（ma dl）；作者單位為： 北京大學(xué)（peking university[ad]）。,基本檢索舉例2：北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻(xiàn),得到了兩個(gè)檢索結(jié)果：作者為：馬大龍（ma dl）的檢索結(jié)果作者單位為：北京大學(xué)（peking university[ad]）的檢索結(jié)果利用檢索史把這兩個(gè)檢索結(jié)果用AND組合起來,基本檢索舉

12、例2：北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻(xiàn),,高級檢索,,,,限制檢索或條件檢索：Limit (1) 全文、摘要　 (2)動物、人類 (3)文獻(xiàn)類型 (4)語種 (5)數(shù)據(jù)庫子集的限定 (6)年齡組,分析該課題：主題為肝癌治療，即liver cancer and therapy限制條件有兩個(gè)：語種為英文（English）；文獻(xiàn)類型為綜述（Review）,高級檢索舉例：原文為英文的肝癌治療

13、方面的綜述文獻(xiàn),主題檢索,medline數(shù)據(jù)主題標(biāo)引規(guī)范，用主題詞檢索，可以提高查全率、查準(zhǔn)率,點(diǎn)擊MeSH Database打開主題檢索界面,,主題檢索,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻(xiàn),該檢索課題有兩個(gè)概念：長春新堿（Vincristine ） 、白血?。╨eukemia）長春新堿治療疾病，組配副主題詞治療應(yīng)用（therapeutic use）白血病藥物治療，組配副主題詞藥

14、物療法（drug therapy）這兩個(gè)概念之間是AND的關(guān)系,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn),,,第1步：檢索長春新堿/治療應(yīng)用,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn),,第1步：檢索長春新堿/治療應(yīng)用,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn),,第1步：檢索長春新堿/治療

15、應(yīng)用,副主題詞,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn),,,第1步：檢索長春新堿/治療應(yīng)用,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻(xiàn),,,第1步：檢索長春新堿/治療應(yīng)用,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn),,第1步：檢索長春新堿/治療應(yīng)用,主題檢索舉例：長春新堿（Vincrist

16、ine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn),,第2步：檢索白血病/藥物療法,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn),,第2步：檢索白血病/藥物療法,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn),,第2步：檢索白血病/藥物療法,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻(xiàn),,第2步：檢索白血病

17、/藥物療法,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn),,,第2步：檢索白血病/藥物療法,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn),,第2步：檢索白血病/藥物療法,通過兩個(gè)主題檢索得到：“長春新堿/治療應(yīng)用” 的檢索結(jié)果“白血病/藥物療法” 的檢索結(jié)果兩個(gè)檢索結(jié)果用AND組合起來，需要用到檢索史,主題檢索舉例：長春新堿（Vincr

18、istine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻(xiàn),文獻(xiàn)匹配器臨床咨詢和系統(tǒng)評價(jià),輔助檢索,文獻(xiàn)匹配器,系統(tǒng)提供有兩種用來查找特定文獻(xiàn)的方式：單篇文獻(xiàn)匹配器（Single Citation Matcher）和多篇文獻(xiàn)匹配器（Batch Citation Matcher）。如果要查找某一篇文獻(xiàn)，點(diǎn)擊單篇引文匹配器，輸入刊名、日期、卷、期、頁碼、作者、題目中的一項(xiàng)或多項(xiàng)內(nèi)容進(jìn)行檢索，系統(tǒng)返回文獻(xiàn)記錄結(jié)果。如果要同時(shí)查找多篇文獻(xiàn)，則點(diǎn)擊

19、多篇引文匹配器，然后在輸入框內(nèi)分行輸入每篇文獻(xiàn)的查詢項(xiàng)目。其中刊名為必需項(xiàng)，其他項(xiàng)目沒有時(shí)可省略。,,單篇文獻(xiàn)匹配器（Single Citation Matcher）,多篇文獻(xiàn)匹配器（Batch Citation Matcher）,,輸入格式,臨床咨詢和系統(tǒng)評價(jià),用戶方便快捷地檢索到有關(guān)臨床方面的文獻(xiàn)，如臨床疾病的診斷、治療、病因和預(yù)后等；檢索臨床實(shí)踐過程中的問題，如系統(tǒng)綜述、多元分析、臨床試驗(yàn)、循證醫(yī)學(xué)、實(shí)踐指導(dǎo)、遺傳學(xué)方面。,,臨

20、床咨詢和系統(tǒng)評價(jià),臨床咨詢,臨床咨詢和系統(tǒng)評價(jià),系統(tǒng)評價(jià),PubMed Clinical Queries臨床咨詢,Directory of Topic-Specific PubMed Queries PUBMED學(xué)科、專題數(shù)據(jù)庫http://www.nlm.nih.gov/bsd/special_queries.html,Clinical Queries using Research Methodology Filters 臨

21、床研究方法,Clinical Queries using Research Methodology Filters臨床研究方法的檢索http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/clinicaltable.html,Summary of Enhancements for Clinical Queries for MEDLINE for Studies MEDLINE數(shù)據(jù)庫如何強(qiáng)化臨

22、床信息檢索功能？http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/jf04/cq_info.html,NLM Resources for Informing Comparative Effectiveness醫(yī)學(xué)科研信息檢索http://www.nlm.nih.gov/nichsr/cer/cerqueries.html#pubmed,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/my

23、ncbi/recentactivity/PUBMED上檢索當(dāng)天全球醫(yī)學(xué)科研活動,科學(xué)網(wǎng)許培揚(yáng)博客http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=280034&do=blog&view=me&from=space,PUBMED數(shù)據(jù)庫高效科研信息的檢索方法 http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid

24、=280034&do=blog&quickforward=1&id=417271,醫(yī)學(xué)語義智能檢索平臺http://www.quertle.info/v2/search?s=r&query=Genome-sequencing&so_a=&so_j=,全球語言翻譯支持,全文鏈接 BioMed Central PubMed Pubget,結(jié)果的顯示、保存,顯示保存,結(jié)果的顯示,顯示格

25、式：系統(tǒng)提供的顯示格式很多，一般較常用的有以下3種：（1）Summary：為默認(rèn)顯示格式。顯示的信息包括文獻(xiàn)的標(biāo)題、著者、出處、PMID、綜述出版類型、非英文文獻(xiàn)的原文語種等。（2）Abstract：顯示信息除了文獻(xiàn)標(biāo)題、著者、出處等基本信息外，還包括摘要信息，以便用戶了解文獻(xiàn)詳細(xì)內(nèi)容。,（3）MEDLINE：以MEDLINE數(shù)據(jù)庫的記錄格式來顯示檢索結(jié)果。字段內(nèi)容主要包括PMID、題目、摘要、作者、作者地址、語種、出版類型、出處、

26、MeSH、文獻(xiàn)ID、出版狀態(tài)等。,結(jié)果的顯示,結(jié)果的顯示,,保存記錄在“send to”下拉菜單中選擇“File”，可完成將記錄保存為文件。選擇“E-mail”，則可將結(jié)果發(fā)送至郵箱。在檢索結(jié)果顯示頁面可將某一次檢索的全部記錄或標(biāo)記記錄保存；而“Clipboard”頁面可用于保存一次或多次檢索的結(jié)果記錄。,檢索結(jié)果的保存,檢索結(jié)果的保存,,輔助功能,檢索策略的存儲和調(diào)用全文鏈接相關(guān)文獻(xiàn)鏈接,檢索策略的存儲和調(diào)用,使用My NC