核酸提取送檢樣品要求

1、核酸提取送檢樣本的要求,一、樣本要求-送檢樣本類型1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,除了檢測VEGFR2表達(dá)、融合基因EML4-ALK和ROS1可以送外周血和血漿之外，檢測其它RNA不建議送外周血及血漿（血液中RNA含量少濃度低，檢測出的結(jié)果不可靠）。,,,送檢樣本優(yōu)先級別：現(xiàn)有技術(shù)流程下1）、首選病理組織和穿刺組織（適合所有生物標(biāo)志物biomarker）

2、2）、其次為胸腹水（鑒定含腫瘤細(xì)胞后檢測為宜，不能檢測MSI） 3）、最差用外周血（有核細(xì)胞能檢測SNP；血漿/血清能檢測ctDNA、融合基因、VEGFR2 mRNA） 外周血送檢樣本1）、抽提有核細(xì)胞→檢測SNP；2）、抽提血漿→檢測突變類（檢測ctDNA 、融合基因、VEGFR2 mRNA ）,一、樣本要求-送檢樣本類型2,二、樣本要求-送檢樣本量,三、樣本要求-保存方法,新鮮組織（包括手術(shù)和活檢組織）價值：腫瘤新鮮

3、冷凍材料可提取出最高品質(zhì)的DNA、RNA。在手術(shù)現(xiàn)場取樣的情況也比較多，但需要在顯微鏡下確認(rèn)腫瘤細(xì)胞含量。周圍炎癥嚴(yán)重的腫瘤、黏液產(chǎn)生過高的腫瘤、病變中心廣泛纖維化的腫瘤細(xì)胞不能采集，以免產(chǎn)生假陰性結(jié)果。鑒定：切割后取其中一半，并利用另一半切面制作組織標(biāo)本，然后在顯微鏡下確認(rèn)腫瘤細(xì)胞含量。保存：理想的保存方法是迅速置于液氮中，然后保存于液氮罐或-80℃冰箱，這一過程應(yīng)在手術(shù)樣本離體后30分鐘內(nèi)完成?；蛘弑４嬖诮M織保存液中；也可保存在

4、核酸提取液中。,三、樣本要求-保存方法,石蠟包埋組織（formalin-fixed paraffin-embedded，F(xiàn)FPE）10%中性福爾馬林固定手術(shù)切除樣本，按病理學(xué)操作規(guī)范進(jìn)行取材。 DNA容易受固定的影響，長時間（1周以上）浸泡在福爾馬林中的樣本的DNA會被片段化，不能檢出突變。活檢材料的固定時間一般是24小時，對于穿刺等活檢樣本，固定時間控制在6~24小時為佳。價值：石蠟包埋組織易長期保存。鑒定：制作石蠟切片后

5、，切取5片連續(xù)切片，其中1片進(jìn)行HE染色，確認(rèn)腫瘤細(xì)胞的含量。在高靈敏度檢測方法中，可考慮使用活檢標(biāo)本。保存：15攝氏度~28攝氏度。,三、樣本要求-保存方法,胸腹水等細(xì)胞學(xué)樣本用胸腹水中的腫瘤細(xì)胞用于基因檢測時，必須確認(rèn)腫瘤細(xì)胞，穿刺獲得胸腹水樣本提交給細(xì)胞病理檢查之后，剩余液體冷藏/冷凍保存，由于細(xì)胞學(xué)樣本的腫瘤細(xì)胞含量較低，因此必須使用高靈敏度檢測方法。價值：取樣方便。鑒定：制作石蠟切片后，切取5片連續(xù)切片，其中1片進(jìn)行H

6、E染色，確認(rèn)腫瘤細(xì)胞的含量。保存：離心收集后冷凍保存；也可在含有細(xì)胞成分的離心沉淀中加入含有蛋白質(zhì)變性劑的緩沖液（AL緩沖液，Qiagen公司）等室溫保存。,三、樣本要求-保存方法,外周血樣本價值：取樣方便。用途：ct DNA、CTC檢測保存：取樣時應(yīng)使用一次性密閉EDTA抗凝真空采血管，采集6~10ml全血，冷藏運(yùn)輸，6小時內(nèi)分離血漿，提取游離DNA，保存到-80℃冰箱中，并避免反復(fù)凍融。如外周血需長時間運(yùn)輸，建議用商品化的游

7、離DNA樣本保存管，在常溫條件下，cfDNA在全血中可穩(wěn)定保存7天。血清或血漿離心收集后冷凍保存；有核細(xì)胞檢測CTC的冷藏保存，檢測SNP的冷凍保存。,名詞解釋,實(shí)體瘤即有形瘤，可通過臨床檢查如x線攝片、CT掃描，B超、或觸診捫及到的有形腫塊稱實(shí)體瘤。非實(shí)體瘤即X線、CT掃描、B超及觸診無法看到或捫及到（摸到、按到）的腫瘤，如血液病中的白血病就屬于非實(shí)體瘤。血液病是原發(fā)于造血系統(tǒng)的疾病，或影響造血系統(tǒng)伴發(fā)血液異常改變，以貧血、出血、

8、發(fā)熱為特征的疾病。造血系統(tǒng)包括血液、骨髓單核一巨噬細(xì)胞系統(tǒng)和淋巴組織，凡涉及造血系統(tǒng)病理、生理，并以其為主要表現(xiàn)的疾病，都屬于血液病范疇。,名詞解釋,循環(huán)游離DNA(circulating free DNA，cfDNA)是存在于血漿中的游離DNA，它們有的來自于正常細(xì)胞，有的來自于異常細(xì)胞（如腫瘤細(xì)胞），腫瘤來源的DNA占血漿游離DNA的比例在不同腫瘤及病例中相差懸殊（0.01~93%），從而限制了外周血在腫瘤分子檢測時的應(yīng)用。目前已有

9、多篇文獻(xiàn)證實(shí)可利用從血漿游離DNA檢出突變，但需要使用ARMS法等靈敏度非常高的檢測方法。,名詞解釋,循環(huán)腫瘤細(xì)胞（circulating tumor cell，CTC），是存在于外周血中的各類腫瘤細(xì)胞的統(tǒng)稱。循環(huán)腫瘤DNA（circulating tumor DNA, ctDNA ），是指腫瘤細(xì)胞體細(xì)胞DNA經(jīng)脫落或者當(dāng)細(xì)胞凋亡后釋放進(jìn)入循環(huán)系統(tǒng)的DNA片段，是一種特征性的腫瘤生物標(biāo)記，通過ctDNA檢測，能夠檢出血液中的腫瘤蹤跡。