基于文獻(xiàn)的生物醫(yī)學(xué)知識(shí)發(fā)現(xiàn)方法與工具

1、內(nèi)容,Swanson關(guān)聯(lián)研究及其工具Arrowsmith 的使用Bitola的使用生物醫(yī)學(xué)信息檢索技巧,背景與意義,發(fā)表文獻(xiàn),研究深入,知識(shí)分裂,文獻(xiàn)量,,,,,,一、Swanson 的知識(shí)發(fā)現(xiàn)法的背景,Swanson教授認(rèn)為:(1) 客觀知識(shí)的總量與人類吸收知識(shí)的能力之間存在著巨大的差距,并且這種差距在不斷地?cái)U(kuò)大; (2) 在信息爆炸時(shí)代,隨著科學(xué)技術(shù)的越來(lái)越專業(yè)化,跨學(xué)科的信息傳遞變得更加困難,就會(huì)產(chǎn)生知識(shí)的分裂,并且隨著

2、知識(shí)的持續(xù)增長(zhǎng),這種現(xiàn)象會(huì)更加嚴(yán)重; (3) 一個(gè)專業(yè)領(lǐng)域的信息可能對(duì)另一個(gè)專業(yè)領(lǐng)域是有價(jià)值的,跨學(xué)科間一定存在著潛在的未被發(fā)現(xiàn)的關(guān)聯(lián)。,非相關(guān)文獻(xiàn)的隱含關(guān)聯(lián),1985 年Swanson 在一個(gè)偶然的機(jī)會(huì),發(fā)現(xiàn)2 篇醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)放在一起,會(huì)揭示出一個(gè)問(wèn)題的答案,而這個(gè)答案是從單獨(dú)一篇文獻(xiàn)得不到的。這預(yù)示著在醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)中存在著大量的未被發(fā)現(xiàn)的隱含的關(guān)聯(lián)。例如,A表示一種物質(zhì)的攝入可能導(dǎo)致一種獨(dú)特的生理改變B ,而B又作用于身體的某器官或一種

3、疾病C。如果把兩類文獻(xiàn)放在一起,加以研究就會(huì)獲得有用的信息。即A作用于C ,而這種信息是不能根據(jù)單獨(dú)一類文獻(xiàn)得到的,稱為AB和BC這兩種文獻(xiàn)是互補(bǔ)的。,非相關(guān)文獻(xiàn)的隱含關(guān)聯(lián),一個(gè)專業(yè)領(lǐng)域的文獻(xiàn)的作者和讀者,一般并不熟知另一專業(yè)領(lǐng)域的文獻(xiàn),也就是說(shuō)兩類文獻(xiàn)從沒(méi)有或很少被共同引用,并且也不相互引用,我們稱這兩類文獻(xiàn)是相互獨(dú)立的,也就是非相關(guān)的。這種情況,對(duì)兩個(gè)不同的醫(yī)學(xué)專業(yè)領(lǐng)域是經(jīng)常存在的,因此幾乎沒(méi)有人考慮到,把兩類文獻(xiàn)放在一起加以研究

4、,也不會(huì)有人注意到A和C之間可能存在的隱含關(guān)聯(lián)。,Medline文獻(xiàn)集合,Don R. Swanson的研究,潛在的聯(lián)系,雷諾氏病文獻(xiàn),食用魚油文獻(xiàn),,,,血液粘稠度紅細(xì)胞脆性,閉合式的知識(shí)發(fā)現(xiàn),閉合式知識(shí)發(fā)現(xiàn)過(guò)程是從A和C出發(fā)，尋找共同的中間詞B。Swanson開發(fā)的網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用軟件ARROWSMITH即體現(xiàn)了閉合式挖掘這一思想。在成功預(yù)言了鎂缺乏與神經(jīng)系統(tǒng)疾?。?988年）的關(guān)系之后，Swanson又利用ARROWSMITH系統(tǒng)

5、成功地預(yù)言了消炎痛與阿爾茨海默氏癥（1996年）、雌激素與阿爾茨海默氏癥（1996年）、游離鈣磷脂酶A2與精神分裂癥（1998年）之間的關(guān)系，并發(fā)現(xiàn)了可以作為生物武器的潛在病毒（2001年）。,閉合式的知識(shí)發(fā)現(xiàn),ARROWSMITH 3.0,http://arrowsmith.psych.uic.edu,,,,,可作為生物武器的潛在病毒,能夠成為生物武器：致病性，傳播性。同時(shí)涉及到病毒這兩個(gè)特性的文章卻特別少。A：病毒毒力遺傳方面（v

6、irulence- genetic）C：病毒疾病傳播力病毒的昆蟲媒介傳播（insect vectors）空氣傳播（air）在空氣中的穩(wěn)定性（stability of viruses in air）通過(guò)與A和C有共同聯(lián)系B找出更多符合條件的病毒。將得到的文獻(xiàn)經(jīng)過(guò)一些系列的處理，Arrowsmith列出了三個(gè)有意義的B-LIST（病毒的集合），通過(guò)進(jìn)一步的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析和查閱文獻(xiàn)，最終找出相對(duì)有意義的病毒（B）,發(fā)現(xiàn)科研機(jī)構(gòu)間潛在的

7、合作方向,利用Arrowsmith程序，發(fā)現(xiàn)美國(guó)斯坦福大學(xué)和哥倫比亞大學(xué)在醫(yī)學(xué)信息學(xué)研究領(lǐng)域的潛在合作方向嘗試將這種方法運(yùn)用到尋求發(fā)現(xiàn)科研機(jī)構(gòu)合作與交流的領(lǐng)域中。結(jié)果表明，利用Arrowsmith所挖掘的科研合作與交流的內(nèi)容詳細(xì)、明確，能體現(xiàn)出研究所使用的具體方法和側(cè)重點(diǎn)，能更好地體現(xiàn)出兩個(gè)機(jī)構(gòu)研究?jī)?nèi)容的相似點(diǎn)（可以合作之處）和不同點(diǎn)（可以相互交流、學(xué)習(xí)之處）。,開放式知識(shí)發(fā)現(xiàn),開放式知識(shí)發(fā)現(xiàn)的過(guò)程是，對(duì)某個(gè)初始研究主題A，在MED

8、LINE的標(biāo)題字段檢索其相關(guān)文獻(xiàn)，尋找與A在標(biāo)題中共同出現(xiàn)的中間詞B，通過(guò)篩選得到有一定意義的B，進(jìn)而重復(fù)上述過(guò)程，得到目標(biāo)詞C。開放式挖掘初衷是從某個(gè)疾病或藥物初始，尋找疾病的潛在病因和治療方法或者藥物的潛在治療應(yīng)用。,開放式的知識(shí)發(fā)現(xiàn),BITOLA http://www.mf.uni-lj.si/bitola/,輸入單個(gè)的概念（疾病A），找到該概念的第一層相關(guān)概念并加以歸類（藥物B）。從第一層相關(guān)概念（藥物B）出發(fā)，找到它們的

9、相關(guān)概念，并加以歸類（基因C）。檢驗(yàn)基因和疾病是否有關(guān)聯(lián)。如果沒(méi)有，該基因與疾病有潛在的聯(lián)系而且并沒(méi)有文獻(xiàn)報(bào)道。提示：與疾病、生理學(xué)反應(yīng)或者其他表型相關(guān)的新基因、藥物或者神經(jīng)科學(xué)。,BITOLA,,BITOLA：open,,BITOLA：close,,BITOLA：close,,BITOLA：close,,,,生物醫(yī)學(xué)信息檢索技巧,學(xué)術(shù)搜索引擎Google scholar的使用Scius的使用Medical Matrix網(wǎng)絡(luò)

10、資源利用工具Faculty of 1000 MedicineRRS的使用,Google 學(xué)術(shù)搜索,提供可廣泛搜索學(xué)術(shù)文獻(xiàn)的簡(jiǎn)便方法。來(lái)自學(xué)術(shù)著作出版商、專業(yè)性社團(tuán)、預(yù)印本、各大學(xué)及其他學(xué)術(shù)組織的經(jīng)同行評(píng)論的文章、論文、圖書、摘要和文章。,,,,標(biāo)題 – 鏈接到文章摘要或整篇文章（如果文章可在網(wǎng)上找到）引用者 – 提供引用該組文章的其他論文。相關(guān)文章 – 查找與本組文章類似的其他論文。圖書館鏈接（在線） – 通過(guò)您已建立聯(lián)屬關(guān)

11、系的圖書館資源找到該項(xiàng)成果的電子版本。在您登錄校園網(wǎng)后將自動(dòng)顯示這些鏈接。圖書館鏈接（離線） – 找到藏有這項(xiàng)學(xué)術(shù)成果的圖書館。同組文章 – 查找您可能看到的同屬這組學(xué)術(shù)研究成果的其他文章，可能是初始版本，其中有預(yù)印本、摘要、會(huì)議論文或其他改寫本。網(wǎng)絡(luò)搜索 –  Google 搜索中關(guān)于該研究成果的信息。,Scirus,http://www.scirus.com綜合性最強(qiáng)的web科研工具。4.5億條記錄，不僅僅有期刊上

12、的內(nèi)容，還有科學(xué)家的主頁(yè)、課件、預(yù)印文本、專利和科研單位的收藏和網(wǎng)站信息。由Elsevier科學(xué)出版社開發(fā)。,Scirus,覆蓋的學(xué)科范圍包括：農(nóng)業(yè)與生物學(xué)，天文學(xué)，生物科學(xué)，化學(xué)與化工，計(jì)算機(jī)科學(xué)，地球與行星科學(xué)，經(jīng)濟(jì)、金融與管理科學(xué)，工程、能源與技術(shù)，環(huán)境科學(xué)，語(yǔ)言學(xué)，法學(xué)，生命科學(xué)，材料科學(xué)，數(shù)學(xué)，醫(yī)學(xué)，神經(jīng)系統(tǒng)科學(xué)，藥理學(xué)，物理學(xué)，心理學(xué)，社會(huì)與行為科學(xué)，社會(huì)學(xué)等。每月更新，可檢索1973-2002年間發(fā)表的文獻(xiàn)。,,,生物

13、醫(yī)學(xué)信息檢索技巧,學(xué)術(shù)搜索引擎Google scholar的使用Scius的使用Medical Matrix網(wǎng)絡(luò)資源利用工具Faculty of 1000 MedicineRRS的使用,Medical Matrix,由美國(guó)醫(yī)學(xué)信息學(xué)會(huì)主辦，其收集的內(nèi)容專業(yè)、全面，是目前最重要的醫(yī)學(xué)專業(yè)搜索引擎。只需在首次訪問(wèn)時(shí)注冊(cè)，即可免費(fèi)使用，提供了關(guān)鍵詞搜索和分類目錄，非常適合適合臨床醫(yī)師使用。分類目錄是其主要特色，按各種醫(yī)學(xué)信息分

14、為專業(yè)（Specialties）、疾病種類（Diseases）、臨床應(yīng)用（Clinical Practice）、文獻(xiàn)（literature）、教育（Education）、健康和職業(yè)（Healthcare and Professionals）、醫(yī)學(xué)和計(jì)算機(jī)（Medical Computing，Internet and Technology）、市場(chǎng)（Marketplace）等8大類。,Medical Matrix,每一大類下再根據(jù)內(nèi)容的性質(zhì)

15、分為新聞（News）、全文和多媒體（Full Text/MultiMedia）、摘要（Abstracts）、參考書（Textbooks）、主要網(wǎng)址（Major Sites/Home Pages）、操作手冊(cè)（Procedures）、實(shí)用指南（Practice Guidelines/FAQS）、病例（Cases）、臨床和和病理圖像（Images、Path/Clinical）、患者教育（Patient Education）、教學(xué)資料（Educ

16、ational Materials）等亞類。對(duì)鏈接的網(wǎng)址按一到五個(gè)星進(jìn)行分級(jí)，并且附有簡(jiǎn)明扼要的評(píng)論，便于使用者事先決定是否進(jìn)入其網(wǎng)頁(yè)進(jìn)一步閱讀，以節(jié)省時(shí)間。另外還提供免費(fèi)的mailing list,定期發(fā)布網(wǎng)上醫(yī)學(xué)資源變化情況的通知。,,,,,,,Faculty of 1000,是一種新型的文獻(xiàn)發(fā)現(xiàn)和研究工具，由BioMed Central所出版。由2400多位專家學(xué)者推薦，提供目前世界上最重要的生物學(xué)論文資訊及研究趨勢(shì)。提供超過(guò)

17、1000名頂尖科學(xué)家的一致推薦。有系統(tǒng)地組織并評(píng)價(jià)大量的科學(xué)論文信息，收錄每篇具有科學(xué)價(jià)值的文獻(xiàn)，論文重要性的評(píng)論依據(jù)是其科學(xué)成就而非這些文獻(xiàn)在哪里發(fā)表。每篇文章都包含專家所給的評(píng)論，并依據(jù)F1000 Factor評(píng)定文章的類別。 隨時(shí)獲得特定研究領(lǐng)域中最重要的論文信息；提供作者同行針對(duì)單一論文的即時(shí)評(píng)價(jià)，期刊之影響因子則對(duì)此直接評(píng)價(jià)提供重要的補(bǔ)充評(píng)價(jià)。,,http://www.f1000biology.com/home,,,,,

18、,,RSS,RSSReally Simple SyndicationRich Site Summary RDF Site Summary 是一種描述和同步網(wǎng)站內(nèi)容的格式。一種方便的信息獲取工具。,RSS可以干什么,RSS獲取信息的模式與加入郵件列表（如電子雜志和新聞郵件）獲取信息有一定的相似之處，也就是可以不必登錄各個(gè)提供信息的網(wǎng)站而通過(guò)客戶端瀏覽方式（稱為“RSS閱讀器”）或者在線RSS閱讀方式這些內(nèi)容。例如，通過(guò)一個(gè)RSS閱

19、讀器，可以同時(shí)瀏覽新浪新聞，也可以瀏覽搜狐或者百度的新聞。,RSS可以干什么,訂閱BLOG：訂閱與你有共同愛好的作者的Blog；訂閱新聞；訂閱期刊和PubMed上的相關(guān)記錄：你可以訂閱你工作中所需的技術(shù)文章。你再也不用一個(gè)網(wǎng)站一個(gè)網(wǎng)站，一個(gè)網(wǎng)頁(yè)一個(gè)網(wǎng)頁(yè)去逛了。只要這將你需要的內(nèi)容訂閱在一個(gè)RSS閱讀器中，這些內(nèi)容就會(huì)自動(dòng)出現(xiàn)你的閱讀器里，你也不必為了一個(gè)急切想知道的消息而不斷的刷新網(wǎng)頁(yè)，因?yàn)橐坏┯辛烁?，RSS閱讀器就會(huì)自己通知你

20、！,RSS的使用,使用RSS獲取信息的前提是，先安裝一個(gè)RSS閱讀器，然后將提供RSS服務(wù)的網(wǎng)站加入到RSS閱讀器的頻道即可。大部分RSS閱讀器本身也預(yù)設(shè)了部分RSS頻道，如新浪新聞、百度新聞等。,RSS的使用,在許多新聞信息服務(wù)類網(wǎng)站，會(huì)看到按鈕,有的網(wǎng)站使用一個(gè)圖標(biāo)，有的同時(shí)使用兩個(gè)，這就是典型的提供RSS訂閱的標(biāo)志，這個(gè)圖標(biāo)一般鏈接到訂閱RSS信息源的URL。當(dāng)然，即使不用這樣的圖標(biāo)也是可以的，只要提供訂閱RSS信息源的URL即可