海水及海水養(yǎng)殖場沉積物中微生物遺傳多樣性研究.pdf

1、海洋微生物不僅在海洋生態(tài)環(huán)境和物質(zhì)循環(huán)中具有極其重要的作用,也是各種新型生物活性物質(zhì)的潛在來源.該論文采用核糖體小亞基(SSU)16S rRNA基因作為指標,對北半球太平洋西部靠近赤道海域海水及中國福建省東山縣海水養(yǎng)殖場沉積物中的真細菌和古細菌多樣性進行研究.通過提取海水和沉積物樣品的總DNA,以PCR的方法構(gòu)建16S rRNA基因文庫,在對文庫陽性克隆PCR-RFLP分析的基礎(chǔ)上,對部分克隆進行測序并用BLAST程序?qū)驇爝M行同源序

2、列搜索,以PAUP軟件構(gòu)建了相關(guān)類群的系統(tǒng)發(fā)育樹.海水真細菌16S rDNA文庫的分析表明,α簇變形細菌(Alphaproteobacteria)為文庫中的優(yōu)勢類群,文庫所測的41個克隆中有21個與來自α-變形細菌的序列較為相似,占了51.2％.此外還有18個克隆與來自未培養(yǎng)或未鑒定的細菌序列相似,兩個與來自藍細菌(Cyanobacteria)的序列相似,表明文庫存在著相當?shù)亩鄻有?我們嘗試用同樣的方法構(gòu)建海水樣品古細菌16S rDNA

3、文庫,但沒有成功,提示在該海域的海水中可能沒有古細菌的存在.養(yǎng)殖場沉積物真細菌16S rDNA文庫的分析表明,文庫有著極高的多樣性.在文庫中,發(fā)現(xiàn)了變形細菌(Proteobacteria)、綠色非硫細菌(Green Nonsulfur Bacteria,Chloroflexi)等八個類群的相似序列.變形細菌為文庫中的優(yōu)勢類群,文庫所測的36個克隆中有14個與之相似,占了38.9%.此外文庫還有一大特點,即綠色非硫細菌在文庫中也有相當高的

4、比例,所測序的36個克隆中有8個與之相似,占了22.2%.對養(yǎng)殖場沉積物古細菌16S rDNA文庫的分析表明,17個序列與Euryarchaeota古細菌門的序列相似,占了總序列數(shù)的43.6%,有11個序列與來自Crenarchaeota古細菌門的序列相似,占了總序列的28.2%,此外還有11個序列與來自古細菌的一些環(huán)境克隆子的序列相似,表明我們古細菌文庫的多樣性是極高的.對所獲得的16SrDNA序列進行系統(tǒng)發(fā)育分析表明,在大的類群上我