擬南芥種子發(fā)育過程小RNA深度測序數(shù)據的分析.pdf

1、小分子非編碼RNA,包括microRNA(miRNA)和siRNA,在植物的轉錄后水平上起著重要的調控作用。利用深度測序技術檢測模式植物中重要的小RNA,分析它們的表達模式和功能,是當前發(fā)現(xiàn)和研究植物小RNA的一條重要途徑。
　　 為了探究小RNA,(特別是miRNA)在擬南芥種子發(fā)育中所起到的作用,本研究對擬南芥種子三個發(fā)育時期(9 DAP,12 DAP,15 DAP)的小RNA深度測序數(shù)據進行生物信息學分析,主要結果如下:<

2、br>　　 (1)三個種子發(fā)育時期的樣品經SOLiD測序共獲得8,630,738條能完全定位到擬南芥基因組上的小RNA序列,其中2,799,643條為唯一序列,表明擬南芥種子發(fā)育過程中存在復雜的小RNA群體。
　　 (2)對小RNA的長度及種類進行分析,發(fā)現(xiàn)24 nt長度的小RNA的數(shù)量最多,其中已知的miRNA基因的讀段數(shù)占到了總序列數(shù)的28.66％,表明有許多的已知miRNA在種子發(fā)育過程中表達。
　　 (3)對已

3、知的擬南芥miRNA進行鑒定,共發(fā)現(xiàn)了115個miRNA,它們屬于157個不同的miRNA基因,并且鑒定到103個miRNA*。
　　 (4)用生物信息學方法共預測到88個新的miRNA和40個miRNA*以及187個可能的靶基因。
　　 (5)對三個種子發(fā)育時期的樣本進行統(tǒng)計檢驗,發(fā)現(xiàn)45個miRNA基因存在差異表達,其中35個屬于保守的miRNA家族,暗示這些保守的miRNA基因在擬南芥種子發(fā)育過程中起到了重要的調控