松材線蟲sod基因的克隆及其親緣關(guān)系的探討.pdf

1、超氧化物歧化酶(sod)基因是生物體重要的基因之一。Sod消除氧化還原反應(yīng)中產(chǎn)生的超氧化物,避免細(xì)胞因過(guò)氧化而損傷衰老。Sod基因在進(jìn)化上具有較高的保守性,而這種保守性又反應(yīng)出sod對(duì)于生物體的重要性。國(guó)內(nèi)外學(xué)者已對(duì)許多動(dòng)物的sod基因進(jìn)行了研究,但有關(guān)松材線蟲的sod基因的研究到目前為止還未見(jiàn)報(bào)道。因此,本實(shí)驗(yàn)對(duì)松材線蟲(Bursaphelenchus xylophilus)的sod基因進(jìn)行初步的研究,并探討了松材線蟲sod基因的特點(diǎn)

2、和進(jìn)化關(guān)系,所得結(jié)果如下。
　　 1.松材線蟲sod基因的克隆
　　 本實(shí)驗(yàn)參照秀麗隱桿線蟲(Caenorhabditis elegans)sod3基因(NM078363.5),利用Primer Premier5軟件設(shè)計(jì)引物,擴(kuò)增松材線蟲的sod基因,經(jīng)過(guò)對(duì)RT-PCR產(chǎn)物純化,并用pEASY-T1克隆載體對(duì)目的片段進(jìn)行克隆和測(cè)序得到長(zhǎng)度為296bp的核酸片段,該片段編碼98個(gè)氨基酸殘基。將該序列與秀麗隱桿線蟲的sod3

3、基因的核酸序列和氨基酸序列在GenBank上比對(duì),核酸序列相似性達(dá)到70％以上,氨基酸序列相似性達(dá)到75％以上,確定克隆的核酸序列確實(shí)是sod基因部分序列。
　　 2.松材線蟲sod基因片段親緣關(guān)系的探討
　　 將擴(kuò)增的核酸序列在NCBI上進(jìn)行檢索,篩選出相似程度較高的屬于26個(gè)物種的40個(gè)核酸序列。利用MEGA5.03軟件對(duì)上述序列和克隆的松材線蟲的sod核酸序列及其編碼的蛋白質(zhì)序列進(jìn)行分析,計(jì)算遺傳距離,采用鄰接法(

4、Neighor-Joining method,NJ法)和最大簡(jiǎn)約(Maximum Parsimonymethod,MP法),以?？?Nematostella vectensis)為外群(out group)構(gòu)建系統(tǒng)樹,對(duì)松材線蟲的sod基因與其他物種的sod基因進(jìn)行親緣關(guān)系分析。
　　 利用核酸和氨基酸序列分別構(gòu)建的系統(tǒng)樹得到基本一致的結(jié)果:系統(tǒng)樹大體分為了3個(gè)主支,一支為原口動(dòng)物(protostome)包括線蟲動(dòng)物門,星蟲動(dòng)物