太湖地區(qū)水稻地方品種品質(zhì)基因多樣性及部分淀粉品質(zhì)性狀與SSR標(biāo)記的關(guān)聯(lián)研究.pdf

1、太湖稻區(qū)歷史悠久，積累了豐富的水稻地方品種資源。研究地方品種資源的遺傳多樣性可為優(yōu)質(zhì)資源的保護(hù)和利用以及新品種的選育提供一些參考。本研究一方面以太湖地區(qū)549份水稻地方品種為供試材料，選用23個與淀粉合成相關(guān)的基因內(nèi)分子標(biāo)記對其淀粉品質(zhì)基因型進(jìn)行檢測，分析太湖地區(qū)地方品種中的品質(zhì)基因多樣性，整理出地方品種中所包含的淀粉相關(guān)基因的基因型，并與來源廣泛的92份現(xiàn)代育成品種進(jìn)行比較研究。另一方面選用48個均勻分布于水稻全基因組的SSR標(biāo)記對依

2、據(jù)品質(zhì)基因型差異選出的314份地方品種進(jìn)行掃描，明確太湖地區(qū)水稻地方品種的群體結(jié)構(gòu)和分化，并基于群體結(jié)構(gòu)進(jìn)行部分淀粉品質(zhì)性狀與SSR標(biāo)記的關(guān)聯(lián)分析。研究結(jié)果如下：
　　 (1)23個與淀粉合成相關(guān)的基因內(nèi)分子標(biāo)記在549份水稻地方品種中一共檢測到53個等位基因，平均每個基因位點(diǎn)檢測到2.94個等位基因。地方品種基因多樣性平均為0.2104，變幅為0.0109～0.6476；平均PIC值為0.1847，變幅為0.0108～0.58

3、64。而在育成品種中，共檢測到46個等位基因，平均每個基因位點(diǎn)檢測到2.56個等位基因。育成品種的基因多樣性平均為0.1749，變幅為0.0430～0.5286；平均PIC值為0.1538，變幅為0.0421～0.4199。
　　 (2)將所測與淀粉合成相關(guān)基因位點(diǎn)的等位基因進(jìn)行組合，549份水稻地方品種一共整理出107種基因型，其中有65種基因型只有1個品種與之對應(yīng)，其他基因型都包含幾個甚至幾十個品種。92份育成品種共整理出3

4、2種基因型，但只有3種基因型出現(xiàn)在地方品種中。糊化溫度和膠稠度在基因型間都存在著極顯著的差異。
　　 (3)48對SSR引物在314份水稻地方品種中共檢測到257個等位變異，平均每個位點(diǎn)檢測到5.35個等位變異，變幅為2～13個。其中在30個位點(diǎn)上檢測到稀有等位變異(頻率低于1％)41個，占全部等位變異數(shù)的16.0％。SSR水平的多樣性平均為0.3869，變幅為0.0063～0.8806；平均PIC值為0.3637，變幅為0.0

5、063～0.8688。
　　 (4)通過群體結(jié)構(gòu)分析，314份水稻地方品種可分為5個亞群。48個SSR位點(diǎn)的1128種位點(diǎn)組合中，統(tǒng)計(jì)概率(P<0.001)支持的不平衡成對位點(diǎn)組合數(shù)占總位點(diǎn)組合數(shù)的92.6％，不平衡程度D>0.5的組合數(shù)占總位點(diǎn)組合數(shù)的67.0％。對于整個群體，LD在遺傳距離<150cM普遍存在。
　　 (5)基于群體結(jié)構(gòu)的關(guān)聯(lián)分析共檢測出21個SSR位點(diǎn)與兩個淀粉品質(zhì)性狀顯著關(guān)聯(lián)。其中，與糊化溫度顯著