作物品種群體抗性性狀基因座定位的新方法研究.pdf

1、南京農(nóng)業(yè)大學碩士學位論文作物品種群體抗性性狀基因座定位的新方法研究姓名：張月提申請學位級別：碩士專業(yè)：作物遺傳育種指導教師：章元是201106A B S T R R A C TN e w m e t h o d o l o g y f o r m a p p l n g r e s i s t a n c et r a i tl o c i● ■J ● 1 ．●l nC r o pC U l t l V a rp 0 D U I a t

2、 l o nA B S T R A C TM a n yi m p o n a n tt a i t s i na I l i m a l ，p l a n ta n dh u m a na r er e s i s t a n c et r a i t S ，t l l e 艦i t s a r ec o n t r o l l e db yp o l y g e n e sa n dt h ep h e n o t y p e sa

3、 r em o d i f i e db ye n V i r 0 衄e n t a lf a c t o r s ．A sac o n s e q u e n c e ，t l l ep h e n o t y p i c V a l u e su s u a l l ys h o w q u a I l t i t a t i V eV 撕a t i o n ．T l l ep h e n o t y p e so fs u c h

4、t r a i t s ，h o 、v e v e r ’a r eo R e n m e a s u r e di nd i s c r e t eb u to r d e r dc a t e g o t i e s ．T h ed e t e c t i o no fr e s i s t a n c et r a i tl o c i ( R T L ) i sh e l p f ．u lt oc r o pg e n e t

5、i ci m p r o V e m e n tf o rt h e 仃a i t s ．H o w e v e r ’l e s sp h e n o t y p i ci n f o m a t i o nf o rt 1 1 et r a i t si n c r e a S e s t 1 1 ed i f ：f i c u l t ) ，i nt h eg e n e t i cd i s s e c t i o no ft

6、1 1 et r a i t s ，e s p e c i a l l yi nt h ed e t e c t i o no f R T L i nc m p c u l t i V a rp o p u l a t i o n ．I nt h i ss t u d y t 1 1 e r ew e r et w o a s p e c t si nt l l ed e t e c t i o no f R T L i nc r o

7、pc u l t i V a r p o p u l a t i o n ．F i r s t ，a s s o c i a t i o ns t u d yf o rb i n a r ya I l do r d e r e dc a t e g o r i c a It r a i t S w 鵲u S e d t 0e s t i m a t cm ee f 佗c ta n dp o s i t i o no fR T L a n

8、 d t h e c r i t i c a lV a l u eo fl i a b i l i t y u n d e rt 1 1 r e s h 0 1 dm o d e lu s i n gm a x i m u m - l i k e l i h o o d - b a s e de x p e c t a t i o na n d c o n d i t i o n a l m a x i m i z a t i o n

9、( E C M ) a l g o r i t h m ．S e c o n d ，m u l t i ·R T L a s s o c i a t i o ns t u d yf o rb i n a D ，t r a i tw a su s e dt 0e s t i m a t e m ee 虢c ta r I dp o s i t i o no fR T L a n dt h e c r i t i c a lV a

10、l u eo fl i a b i l i t yu n d e r t h r e s h o l dm o d e lu s i n ge m p i r i c a l -B a y e s - b a s e dN e 、以o n ·R a p h s o n i t e r a t i o na p p r o a c h ．H e r et h e R T L e f ．f e c t w a L se s t i

11、 m a t e d b yt h ep o s t e r i o rm e d i a n ．A l Im e a p p r o a c h e sw e r e v a l i d a t e db yM o n t e C a r l os i m u l a t i o n s t u d i e s ．T h e m a i nr e s u l t sw e r e a sf - o l l O w s ．1 ) T h

12、 ea s s o c i a t i o n s t u d y f o r r e s i s t a I l c e t r a i t s w a s c o m p a r e dw i t h c h i —s q u a r e d t e s ta p p r o a c h ．A l t h o u 曲t h e r ew e r en o d i f ．f e r e n c ef o r t h ep o w e

13、r i nm e d e t e c t i o no f R T L b e t w e e nt h ea b o V et w 0 印p r o a c h e s ，t h ef o m e rc o u l de s t i m a t e R T Le f f e c t a n di t s p r o p o r t i o n o fp h e n o t y p i c V a r i a t i o n e x p

14、 l a i n e db yR T L ．R e s u l t s f - r o m M o n t eC a r l o s i m u l a t i o n s t u d i e ss h o w e d t h a ts u i t a b l es a m p l es i z e sf o rm e d e t e c t i o no f R T L ，、Ⅳi t h5 ％h e r i t a b i l i t

15、 ya n d 2t 04a 1 1 e l e s ，f o rb i n a 巧t r a i tw e r e 疔o m5 0 0t o 4 5 0 ；t h o s ew i m10 ％h e r i t a b i l i t yw e r e3 0 0a n dt h o s e w i t h l5 ％h e r i t a b i l i t yw e r e2 0 0 ．W h e nt h en u m b e ro

16、 fc a t e g o r i c a lt r a i t w a s 3 ，t h ec o 仃e s p o n d i n gs a m p l es i z e s w e r e4 5 0 t o4 0 0 ；3 0 0 t 02 5 0a n d2 5 0t 02 0 0 ．W eh a V e i n v e s t i g a t e d t h e e f 佬c to fr a r e a 1 1 e l e w

17、 i mt h e 2 ．5 ％，5 ％，1 O ％a n d l5 ％p r o p o n i o na t t h e R T Lo nt h e a s s o c i a t i o n s t u d y ．R e s u l t s f ．r o m M o n t eC a r l o s i m u l a t i o ns t u d i e ss h o w e d t h a tt h e r a r ea l