豬細(xì)小病毒PPV2010株的分離及基因組演化分析.pdf

1、豬細(xì)小病毒病是由豬細(xì)小病毒(PPV)引起的一種以母豬流產(chǎn)、胎兒死亡、胎兒畸形、木乃伊化及弱胎為主要特征的豬的繁殖障礙性疾病。該病在世界范圍內(nèi)流行，嚴(yán)重地影響了養(yǎng)豬業(yè)的發(fā)展。
　　 本研究對(duì)吉林地區(qū)一豬場(chǎng)的一批流產(chǎn)母豬進(jìn)行了病料采集，在PK-15細(xì)胞上進(jìn)行了病毒的分離，經(jīng)盲傳后，病毒可在PK-15細(xì)胞上產(chǎn)生明顯的病變，經(jīng)電鏡觀察和免疫熒光鑒定，證明所分離到的病毒為PPV，將分離到的病毒命名為PPV2010。
　　 根據(jù)Ge

2、nBank上已經(jīng)公布的PPV序列設(shè)計(jì)了5對(duì)特異性引物，每段引物所擴(kuò)增的片段在起始和末尾處相互重疊，得到的5個(gè)PCR產(chǎn)物，分別經(jīng)膠回收后連接pMD18-T載體，重組質(zhì)粒經(jīng)酶切鑒定正確后測(cè)序，所得結(jié)果利用DNASTAR軟件進(jìn)行全長(zhǎng)序列的拼接，將PPV2010全長(zhǎng)序列上傳至GenBank，獲得序列號(hào)JN872448。
　　 收集了GenBank上公布的PPV全長(zhǎng)、NS1基因和VP2基因的序列，先經(jīng)MUSCLE比對(duì)，再經(jīng)Se-Al手工比

3、對(duì)，利用ModelTest3.7計(jì)算得到所有數(shù)據(jù)組的最適核苷酸替代模型均為GTR+G+I。利用PAUP4.0進(jìn)行了系統(tǒng)發(fā)生樹的構(gòu)建。利用DNASTAR軟件比較了各毒株間的核苷酸和氨基酸同源性。研究結(jié)果表明PPV2010株與BQ株的同源性最高。利用RDP對(duì)PPV的重組進(jìn)行了分析，結(jié)果顯示在PPV的進(jìn)化過程中并沒有發(fā)生重組事件。對(duì)PPV的MCC tree構(gòu)建結(jié)果顯示PPV是一種大概在164年(95％HPD：55-397)以前就已經(jīng)存在的病毒