貴州小型豬SLA經(jīng)典Ⅰ類和Ⅱ類基因克隆和生物信息學分析及PCR-SSP分型方法的建立.pdf

1、豬的主要組織相容性復合體又稱豬的白細胞抗原(swineleukocyteantigen)，它是位于豬的7號染色體上的是一組緊密連鎖、高度多態(tài)并且與疾病抵抗和經(jīng)濟性狀相關聯(lián)的基因，它編碼與免疫應答相關的一類細胞膜糖蛋白的基因簇，通常被分為SLAⅠ，SLAⅡ和SLAⅢ三個類群，其中SLAⅠ和SLAⅡ是最重要的經(jīng)典分子。在人類器官移植中人源器官缺乏的今天，人們不得不將目光轉(zhuǎn)移到豬身上：豬被認為是人類異種器官移植的理想供體動物，除其解剖組織學、

2、器官形態(tài)大小和生理特征等與人相似外，更重要的是SLA和人的HLA具有高度同源性。近20年來，世界各國豬品種的SLA研究中已發(fā)現(xiàn)了大量等位基因，國際動物遺傳學會(ISAG)建立了SLA等位基因及單倍型的系統(tǒng)命名體系。貴州小型豬源產(chǎn)自貴州省，有著體型小、性成熟早、遺傳純度高抗病力強等特性，是我國重要的寶貴種質(zhì)資源。由于SLA的研究工作相對于人和鼠的MHC的研究起步較晚，深度不足，我國雖有著寶貴的小型豬物種資源，但在SLA研究領域落后于國外。

3、因此，加快我國小型豬SLA的相關研究，促進與HLA比較分析，對推動免疫應答、動物疫苗、異種移植等領域的發(fā)展尤為重要。
　　 為確定貴州小型豬封閉群體中SLA經(jīng)典Ⅰ類和經(jīng)典Ⅱ類基因座位上的等位基因的分布和群體中存在的單倍型，本研究采用反轉(zhuǎn)錄、目的基因擴增、克隆、雙向測序的方法對22頭基礎群個體的7個SLA基因座位上的基因進行了cDNA全長序列的克隆分析，并且將所得序列同國內(nèi)外發(fā)現(xiàn)的基因序列進行了同源性進化分析，獲得如下研究結(jié)果：<

4、br>　　 1.在貴州小型豬封閉群中SLA-1基因座位上共發(fā)現(xiàn)了4條新的等位基因，將其命名為：SLA-1*gz01(accession：JQ361648)、SLA-1*gz02(accession：JQ361649)、SLA-1*gz03(accession：JQ361650)、SLA-1*gz04(accession：JQ361651)。經(jīng)過進化樹分析發(fā)現(xiàn)SLA-1*gz01、SLA-1*gz04這兩個聚在了SLA-1*11等位基因

5、組內(nèi)；SLA-1*gz02(accession：JQ361649)聚在SLA-1*08等位基因組內(nèi)，SLA-1*gz03(accession：JQ361650)聚在SLA-1*04等位基因組內(nèi)。
　　 2.在SLA-2基因座位上共發(fā)現(xiàn)了5條等位基因，其中中4條為新發(fā)現(xiàn)的等位基因。將其命名為：SLA-2*gz01(accession：JQ361652)、SLA-2*gz02(accession：JQ361653)、SLA-2*gz

6、03(accession：JQ361654)、SLA-2*gz04(accession：JQ361655)：另一條為已發(fā)現(xiàn)的等位基因SLA-B*m(Accession：AF464049.2)。經(jīng)過進化樹分析發(fā)現(xiàn)SLA-2*gz01(accession：JQ361652)被聚在了SLA-2*05等位基因組內(nèi)，SLA-2*gz02(accession：JQ361653)被聚在了SLA-2*w08臨時等位基因組內(nèi)，SLA-2*gz03(acc

7、ession：JQ361654)被聚在了SLA-2*11組中，SLA-2*gz04(accession：JQ361655)則與SLA-2*02組有著較近的進化關系。
　　 3.在SLA-3基因座位上共發(fā)現(xiàn)了4條等位基因，其中3條為新發(fā)現(xiàn)的等位基因，將其命名為：SLA-3*gz01(accession：JQ361656)、SLA-3*gz02(accession：JQ361657)、SLA-3*gz03(accession：JQ3

8、61658)；另一條為已發(fā)現(xiàn)的等位基因為SLA-3*0302(Accession：EU432097.1)。分析發(fā)現(xiàn)，SLA-3*gz01(accession：JQ361656)與SLA-3*gz03(accession：JQ361658)被聚于了SLA-3*04等位基因組中，SLA-3*gz02(accession：JQ361657)則被歸于了SLA-3*05等位基因組中。
　　 4.在SLA-DRA基因座位上共發(fā)現(xiàn)了2條等位基

9、因，其中1條為新發(fā)現(xiàn)的等位基因，將其命名為：SLA-DRA*gz01(accession：JQ361659)，另一條為已發(fā)現(xiàn)的等位基因為SLA-DRA*010103(Accession：EU432070.1)。分析發(fā)現(xiàn)，SLA-DRA*gz01(accession：JQ361659)與SLA-DRA*010101(Accession：BX088590)有著較近的進化關系。
　　 5.在SLA-DRB1基因座位上共發(fā)現(xiàn)了2條等位基

10、因，在SLA-DQA基因座位上共發(fā)現(xiàn)了4條等位基因，在SLA-DQB1基因座位上共發(fā)現(xiàn)了4條等位基因，這些序列均為被發(fā)現(xiàn)的等位基因。它們分別是：SLA-DRB1*0901(Accession：EU432073.1)，SLA-DQA*yn(Accession：AY102475.1)，SLA-DQA*0301(Accession：EU722913.1)，SLA-DQA*0101(Accession：DQ883218.1)，SLA-DQB1*

11、0801(Accession：DQ303219.1)，SLA-DQB1*113C3(Accession：AY135574.1)，SLA-DQB1*0901(Accession：EU432063.1)，SLA-DQB1*0601(Accession：DQ883219.1)，另外一個SLA-DRB1等位基因(Accession：AK347078.1)和一個SLA-DQA等位基因(Accession：AK230483.1)未被給予官方命名，我

12、們將其臨時命名為SLA-DRB1*gz01和SLA-DQA*gz01。
　　 6.在群體中我們共發(fā)現(xiàn)了2個SLAⅠ類和2個SLAⅡ類單倍型，其中一個SLAⅡ類單倍型(Hp-00.14)已經(jīng)存在，另三個單倍型均為新發(fā)現(xiàn)的單倍型，將其分別臨時命名為：Hp-gz01.00(SLA-1*gz01，SLA-3*gz01，SLA-2*gz01)；Hp-gz02.00(SLA-1*gz02，SLA-3*gz01，SLA-2*B*m)；Hp-g