內(nèi)蒙古絨山羊皮膚毛囊周期生長發(fā)育相關(guān)miRNA鑒定.pdf

1、micmRNA(miRNA)是一類20～24nt長度的非蛋白質(zhì)編碼的內(nèi)源小分子。近年來的研究發(fā)現(xiàn)，miRNA作為轉(zhuǎn)錄后基因表達(dá)調(diào)控的一個重要因子，參與表皮和毛囊的發(fā)生及周期性發(fā)育。本研究采集山羊皮膚毛囊生長期、退行期和休止期的皮膚樣本，利用基于Illumina/Solexa原理的小分子RNA深度測序技術(shù)，結(jié)合生物信息學(xué)的方法，對miRNA的類型、豐度、家族及靶基因進(jìn)行了分析。研究結(jié)果豐富了山羊miRNA的數(shù)量和種類，更加深刻的了解了mi

2、RNA在毛囊周期發(fā)育的表達(dá)變化。主要研究結(jié)果如下:
　　(1)通過Solexa高通量測序技術(shù)，分別得到干凈數(shù)據(jù)10644467、11951819和11032157個。對生長期小RNA分類注釋獲得了3381條保守的miRNA，通過歸類統(tǒng)計后，得到miRNA316個。其中68個miRNA在山羊上保守已經(jīng)在NCBI上報道;余下的248個miRNA在其他物種上保守但在山羊上未見報道。
　　(3)通過家族分析，發(fā)現(xiàn)在山羊和綿羊上共表達(dá)

3、的miRNA都被定位在了牛21號染色體的同一區(qū)段。
　　(4)在絨周期的三個發(fā)育時期內(nèi)共計得到334個保守的miRNA，其中有279個miRNA在三個時期都有表達(dá)，并找到生長期特異的miRNA15個、休止期特異的miRNA7個和退行期特異的miRNA8個。
　　(5)此外，還鑒定得到22個新的miRNA。對新miRNA進(jìn)行靶基因預(yù)測，得到預(yù)測的靶基因86519個，對靶基因進(jìn)行KEGG分析發(fā)現(xiàn)MAPK通路對于皮膚發(fā)育有重要作用