髓母細(xì)胞瘤差異表達(dá)microRNA的篩選及功能預(yù)測(cè).pdf

1、目的：miRNAs是一類高度保守的非編碼RNA，通過(guò)抑制翻譯，控制mRNA剪切，促進(jìn)mRNA降解等手段調(diào)控成百個(gè)靶基因，在腫瘤的發(fā)生發(fā)展中都扮演著重要角色。有關(guān)miRNA和腦腫瘤關(guān)系的研究也越來(lái)越多，本課題旨在尋找髓母細(xì)胞瘤中差異表達(dá)顯著的microRNAs(miRNAs)，利用生物信息學(xué)手段探求其生物學(xué)功能，為探明miRNAs調(diào)控髓母細(xì)胞瘤發(fā)生機(jī)制及今后研究提供理論指導(dǎo)和實(shí)驗(yàn)依據(jù)。
　　 方法：收集髓母細(xì)胞瘤癌組織和癌旁組織標(biāo)

2、本，采用Exiqon公司的miRNA芯片miRCURYTM LNA Array(v13.0)獲得差異表達(dá)的miRNAs，對(duì)其中差異顯著的且未見(jiàn)文獻(xiàn)報(bào)道的目的miRNA進(jìn)行定量PCR驗(yàn)證。利用TargetScanHuman在線軟件預(yù)測(cè)該miRNA的潛在靶基因，然后運(yùn)用GO Tree Machine軟件對(duì)其靶基因列表進(jìn)行GO注釋聚類以得到這些基因富集的功能范疇，再利用DAVID在線平臺(tái)預(yù)測(cè)出靶基因所富集的生物學(xué)通路。
　　 結(jié)果：芯

3、片篩查出在髓母細(xì)胞瘤中比對(duì)照組上調(diào)2倍以上的miRNAs有21個(gè)，下調(diào)2倍以上的有127個(gè)。其中miR-130a經(jīng)實(shí)時(shí)定量PCR驗(yàn)證，與芯片結(jié)果一致，呈現(xiàn)明顯下調(diào)。TargetScanHuman5.1預(yù)測(cè)了miR-130a的潛在靶基因，得到265個(gè)靶基因。采用GO Tree Machine分析靶基因所富集的GO條目，在biologicalprocess范疇內(nèi)，有36個(gè)靶基因與神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育有關(guān)。由DAVID預(yù)測(cè)的靶基因富集明顯的通路有7條

4、，由DAVID預(yù)測(cè)出靶基因富集明顯的通路，其中，MAPK信號(hào)通路，TGF-β信號(hào)通路，粘著連接通路，Wnt通路都包含在腫瘤通路條目下，表明miR-130a調(diào)控的候選靶基因與癌癥的生物學(xué)過(guò)程緊密相關(guān)。值得注意的是，已被實(shí)驗(yàn)證明在髓母細(xì)胞瘤中發(fā)揮重要作用的Ras/MAPK通路也包含其中，并且該通路中的關(guān)鍵基因PDGFRA是miR-130a的靶基因。
　　 結(jié)論：髓母細(xì)胞瘤miRNAs表達(dá)譜結(jié)果表明多個(gè)miRNAs表達(dá)發(fā)生明顯改變，且