基于隨機(jī)游走的致病基因預(yù)測算法.pdf

1、雖然人類基因組計(jì)劃已經(jīng)完成并取得了巨大成功，但是遺傳疾病致病基因的預(yù)測是仍然人類健康領(lǐng)域面臨的重大挑戰(zhàn)之一。尋找遺傳疾病的致病基因在改善醫(yī)療護(hù)理和理解基因功能等方面具有重大的意義。
　　系統(tǒng)生物學(xué)的研究表明，很多表現(xiàn)型相似的疾病是由功能相關(guān)或者相互作用比較緊密的蛋白質(zhì)導(dǎo)致的，這一特性叫做人類遺傳疾病的模塊化性質(zhì)。基于這一性質(zhì)很多生物學(xué)家提出了利用蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)，疾病相似性網(wǎng)絡(luò)和疾病-基因關(guān)系網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行疾病致病基因預(yù)測的算法，但是

2、這些算法的時(shí)間復(fù)雜度都比較高。
　　基于基因功能一致性和其在蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的拓?fù)鋵傩?，本文提出了一種基于隨機(jī)游走思想的全局網(wǎng)絡(luò)距離分析算法來預(yù)測候選基因。它是一種近似計(jì)算 PageRank向量的算法，可以在線性時(shí)間內(nèi)完成。通過結(jié)合人類蛋白質(zhì)相互作用和疾病表現(xiàn)型相似性數(shù)據(jù)，每一疾病可以得到一個(gè)與之對應(yīng)的PageRank向量。向量中每一個(gè)元素值代表與之對應(yīng)的候選基因的得分大小，并根據(jù)得分結(jié)果進(jìn)行排序，從而達(dá)到預(yù)測致病基因的目的。