HLA-DRB1基因編碼區(qū)SNPs的分析及其與宮頸癌的相關(guān)性研究.pdf

1、第1部分HLA-DRB1基因編碼區(qū)SNPs的篩選和預(yù)測(cè)目的：HLA(humanleukocyteantigen)基因多態(tài)性的差異在宮頸癌(cervicalcancer，CC)的發(fā)病過(guò)程中發(fā)揮重要作用，本研究用生物信息學(xué)的方法篩選宮頸癌易感基因HLA-DRB1編碼區(qū)的單核苷酸多態(tài)性(codingsinglenucleotidepolymorphisms，cSNPs)，并對(duì)其多態(tài)性的變異所引發(fā)的氨基酸變化是否會(huì)導(dǎo)致基因的功能異常進(jìn)行分析和預(yù)

2、測(cè)。 方法：以dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù)的SNPs為來(lái)源，用SNPper軟件收集HLA-DRB1基因編碼區(qū)的SNPs，使用PARSESNP軟件對(duì)SNPs進(jìn)行評(píng)價(jià)和分析，對(duì)候選SNPs位點(diǎn)在dbMHC數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行初步印證，然后對(duì)候選SNPs位點(diǎn)的相關(guān)信息進(jìn)行收集和綜合分析。 結(jié)果：在HLA-DRB1基因的編碼區(qū)發(fā)現(xiàn)3個(gè)SNPs(rs1059582、rs1059576、rs1059586)，其單核苷酸的變化會(huì)引發(fā)錯(cuò)義突變，PSSMDif

3、ference值(接近或大于10)較高，預(yù)測(cè)該SNPs為有害突變。另有兩個(gè)SNPs(rs9269958、rs9269957)引發(fā)終止密碼子的產(chǎn)生，經(jīng)綜合分析后調(diào)整為兩組共同變異的SNPs (rs9269959-rs9269958、rs9269957-rs9269956)，作為下游實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的候選SNPs。小結(jié)：建立的生物信息學(xué)的方法可以對(duì)基因編碼區(qū)的SNPs進(jìn)行分析，在眾多SNPs中搜尋出序列保守區(qū)的變異，并給出評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)以衡量變異

4、的有害程度，但是所得結(jié)果需要在宮頸癌患者與對(duì)照人群進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。 第2部分HLA-DRB1基因EXON2的nsSNPs和單體型與宮頸癌的相關(guān)性研究目的：探討HLA-DRB1基因EXON2的非同義SNPs(non-synonymousSNPs，nsSNPs)和部分單體型與宮頸癌發(fā)病的相關(guān)性。 方法：收集30例宮頸癌患者和66例對(duì)照組的標(biāo)本，采用直接測(cè)序的方法對(duì)HLA-DRB1基因EXON2區(qū)域內(nèi)的55個(gè)nsSNPs進(jìn)行檢測(cè)

5、，分析每一個(gè)nsSNPs的基因頻率和基因型頻率在宮頸癌組和對(duì)照組的分布是否存在差異，差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的nsSNPs在兩組間進(jìn)行單體型的分析比較。 結(jié)果：1、第1部分篩選的5組SNPs位點(diǎn)的分析結(jié)果經(jīng)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)：cDNA112rs9269959和cDNA113rs9269958，cDNA115rs9269957和cDNA117rs9269956這兩組SNPs在宮頸癌組和對(duì)照組中均屬于三等位或四等位的SNPs，與PARSESNP軟

6、件預(yù)測(cè)產(chǎn)生終止密碼子的情況不符，未做進(jìn)一步的統(tǒng)計(jì)學(xué)處理。cDNA139rs1059582在宮頸癌組和對(duì)照組中未檢測(cè)出該SNP位點(diǎn)的變異，是發(fā)生頻率很低的SNP；cDNA184rs1059576在宮頸癌組和對(duì)照組中的分布沒(méi)有差異(P＞0.05)；只有cDNA266rs1059586在宮頸癌組中的基因型分布與對(duì)照組不同，差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.029，OR=2.657)。 2、HLA-DRB1基因EXON2區(qū)域55個(gè)nsSNPs位

7、點(diǎn)的分析結(jié)果本研究對(duì)HLA-DRB1基因EXON2區(qū)域55個(gè)nsSNPs位點(diǎn)進(jìn)行檢測(cè)，有21個(gè)SNPs在宮頸癌組和對(duì)照組所選人群中未檢測(cè)出變異，三或四等位的SNPs共9個(gè)，二等位的有25個(gè)。對(duì)這25個(gè)二等位的SNPs進(jìn)行基因型分析，有4個(gè)SNPs位點(diǎn)的基因型頻率在宮頸癌組和對(duì)照組的差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P＜0.05)，分別是：cDNA256rs17880292(P=0.033，OR=0.322)、cDNA266rs1059586(P=0.0

8、29，OR=2.657)、cDNA133rs17879702(P=0.016，OR=0.222)和cDNA341rs17882525(P=0.025，OR=0.128)。 3、對(duì)cDNA256rs17880292、cDNA266rs1059586、cDNA341rs17882525單體型進(jìn)行分析，5582A-5592A-5667T單體型在宮頸癌組和對(duì)照組的分布差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.043，OR=2.735)。 小結(jié)：

9、1、cDNA256rs17880292的雜合子基因型G/A(5582A的攜帶者)較純合子基因型G/G發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)高；cDNA266rs1059586的純合子基因型A/A較雜合子基因型A/C和純合子基因型C/C發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)高，推測(cè)這兩個(gè)SNPs為宮頸癌的易感SNPs。而cDNA133rs17879702和cDNA341rs17882525這兩個(gè)SNPs位點(diǎn)可能為單體型-標(biāo)簽SNPs(haplotype-tagSNPs，htSNPs)或與宮頸癌發(fā)病

10、有關(guān)的單體型的一部分，可能降低宮頸癌的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)。 2、cDNA133rs17879702-cDNA341rs17882525、cDNA256rs17880292-cDNA266rs1059586兩兩SNPs位點(diǎn)間的配對(duì)連鎖不平衡分析提示HLA-DRB1基因的EXON2處于重組熱點(diǎn)區(qū)，單體型數(shù)目豐富，探討這段序列與宮頸癌發(fā)病的相關(guān)性更趨復(fù)雜。 3、對(duì)cDNA256rs17880292、cDNA266rs1059586、cD

11、NA341rs17882525的單體型分析提示5582A-5592A-5667T的單體型與宮頸癌的易感性相關(guān)，有可能作為早期診斷、發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的指標(biāo)。 第3部分HLA-DRB1基因型與宮頸癌的相關(guān)性研究目的：探討HLA-DRB1基因多種亞型在與宮頸癌發(fā)病的相關(guān)性。方法：采用PCR-SBT的方法對(duì)30例宮頸癌患者和66例對(duì)照人群進(jìn)行HLA-DRB1基因的高分辨率基因分型檢測(cè)。 結(jié)果：1、以HLA-DRB1基因低分辨率(兩位

12、)基因分型統(tǒng)計(jì)，在本次研究中，13種HLA-DRB1基因亞型全部檢測(cè)出，在對(duì)照組人群中，排在前6位的基因亞型為DRB1*15、DRB1*09、DRB1*12、DRB1*11、DRB1*07、DRB1*03，這6種亞型的基因頻率分別為19.4％、13.4％、11.2％、9.7％、9.7％，3.7％。 2、以HLA-DRB1基因高分辨率(四位)基因分型統(tǒng)計(jì)，在本次研究中，宮頸癌組和對(duì)照組共檢測(cè)出HLA-DRB1基因型30種。其中宮頸

13、癌組檢測(cè)出HLA-DRB1基因亞型21種，對(duì)照組檢測(cè)出26種，兩組間的分布規(guī)律有差異。在宮頸癌組，DRB1*1202(OR為0.193，95％Cl[0.024-1.583])、DRB1*1302兩種亞型的基因頻率明顯低于對(duì)照組。而DRB1*1001(OR為7.222，95％Cl[0.719-72.559])、DRB1*1101(OR為1.929，95％Cl[0.709-5.245])兩種亞型的基因頻率明顯高于于對(duì)照組。 小結(jié)：1

14、、本研究選取的對(duì)照人群中HLA-DRB1基因亞型的分布與東南亞地區(qū)差異明顯，與北京地區(qū)較為接近。 2、對(duì)宮頸癌組和對(duì)照組的研究發(fā)現(xiàn)HLA-DRB1*1001、HLA-DRB1*1101兩種亞型在宮頸癌的發(fā)病過(guò)程中可能增加發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)，但需要在更大規(guī)模的人群中進(jìn)行驗(yàn)證。 3、對(duì)宮頸癌組和對(duì)照組的研究發(fā)現(xiàn)HLA-DRB1*1202、HLA-DRB1*1302兩種亞型有可能對(duì)宮頸癌的發(fā)病起保護(hù)作用，但需要在更大規(guī)模的人群中進(jìn)行驗(yàn)證

15、。 綜合以上三部分的研究結(jié)論：1、隨著SNPs數(shù)據(jù)庫(kù)中SNPs數(shù)目的急劇增長(zhǎng)，采用生物信息學(xué)的手段對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行系統(tǒng)的提取、篩選、分析和預(yù)測(cè)，對(duì)于SNPs與復(fù)雜疾病的研究是非常必要的，但更重要的是用實(shí)驗(yàn)的方法在病例-對(duì)照人群中進(jìn)行驗(yàn)證，從而明確候選SNPs與復(fù)雜疾病易感性的關(guān)聯(lián)程度，這樣的研究思路是可行的。 2、本研究經(jīng)過(guò)生物信息學(xué)相關(guān)軟件的篩選獲得5組SNPs，在30例宮頸癌患者與66例對(duì)照人群中，用測(cè)序的方法進(jìn)行驗(yàn)證

16、，其中cDNA266rs1059586的純合子基因型A/A較雜合子基因型A/C和純合子基因型C/C發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)高。 3、對(duì)HLA-DRB1基因EXON2區(qū)域55個(gè)nsSNPs位點(diǎn)進(jìn)行直接測(cè)序檢測(cè)。又發(fā)現(xiàn)有3個(gè)SNPs與宮頸癌的發(fā)病相關(guān)。cDNA256rs17880292的雜合子基因型G/A(5582A的攜帶者)較純合子基因型G/G發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)高，推測(cè)該SNP為宮頸癌的易感SNP位點(diǎn)。cDNA133rs17879702和cDNA341rs

17、17882525這兩個(gè)SNPs位點(diǎn)連鎖程度比較高，可能為htSNPs或與宮頸癌發(fā)病有關(guān)的單體型的一部分，對(duì)宮頸癌的發(fā)病起保護(hù)作用。 4、對(duì)cDNA256rs17880292、cDNA266rs1059586、cDNA341rs17882525的單體型分析提示5582A-5592A-5667T的單體型與宮頸癌發(fā)病的易感性相關(guān)聯(lián)，有可能作為早期診斷、發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的指標(biāo)。 5、隨著國(guó)際人類(lèi)基因組單體型圖計(jì)劃的研究不斷推進(jìn)，為復(fù)