2008年河南省?？虏《?5型基因特征分析.pdf

1、目的：
　　 近年來,由ECHO病毒引起暴發(fā)疾病逐漸增多,但由于完整系統(tǒng)監(jiān)測(cè)資料的缺乏、對(duì)腸道病毒病原特性及危害性的認(rèn)識(shí)不足以及病原檢測(cè)技術(shù)的落后,中國(guó)在有關(guān)腸道病毒生物信息學(xué)資料的積累方面仍然十分貧乏,對(duì)該病的防治工作極為不利。腸道病毒頻繁的基因重組以及遺傳變異、新型腸道病毒(EV79、91等)的不斷出現(xiàn),提示我們應(yīng)該加強(qiáng)對(duì)腸道病毒的流行病學(xué)監(jiān)測(cè)與實(shí)驗(yàn)室檢測(cè),開發(fā)研究腸道病毒非結(jié)構(gòu)編碼序列,了解病毒基因重組及抗原性改變情況,建

2、立快速、準(zhǔn)確、標(biāo)準(zhǔn)化的分子生物學(xué)檢測(cè)方法。河南省于2008年從病毒性腦炎患者腦脊液中分離出4株ECHO25,鑒于目前世界腸道病毒基因組數(shù)據(jù)庫中,除ECH025分離株JV-4外,尚沒有1株ECHO25流行毒株及臨床分離株的完整基因組信息。為了解河南ECHO25病毒(EntRic Cytopathic Human Orphan virusesType25)分離株基因變異情況、病毒基因組不同區(qū)域在病毒基因進(jìn)化中是否表現(xiàn)相對(duì)獨(dú)立、與其他腸道病毒

3、B組間同源性及其重組情況,特對(duì)河南省分離的ECHO25進(jìn)行基因序列的測(cè)定。
　　 方法：
　　 逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR)擴(kuò)增出病毒VP1蛋白編碼基因及全基因序列并進(jìn)行序列測(cè)定,VP1區(qū)經(jīng)CLUSTALX1.81將河南4株ECHO25分離株及所有參考毒株對(duì)齊后用MEGA4.0鄰位相連法(N-J)建樹。全基因序列分析采用DNAStar中的SeqMan拼接所測(cè)全基因序列、MegAlign將所有參與比對(duì)序列對(duì)齊,用B

4、ioedit進(jìn)行同源性比較；Simplot3.5.1采用200個(gè)核苷酸的滑動(dòng)窗口,以20個(gè)核苷酸的步伐從基因組5’端向3’端方向滑動(dòng)進(jìn)行相似性及重組分析。DNAStar中的Protean分析其氨基酸組成、二級(jí)結(jié)構(gòu)、親水性及表面抗原等。
　　 結(jié)果:
　　 1.4株ECHO25河南分離株核苷酸同源性為93.0％～99.0％,氨基酸同源性為92.4％～97.5％；其中HN-35洛陽分離株核苷酸變異最大,與其余3株河南分離株(

5、HN-01,HN-02,HN-26)核苷酸差異達(dá)6.8％～7％:HN-01開封分離株與HN-26洛陽分離株之間高度同源,其核苷酸同源性達(dá)99.0％；4株ECHO25河南省分離株與原型株JV-4核苷酸同源性最低,為79.2％～80.1％；所有參考序列間氨基酸同源性較高,為89％～98.9％,核苷酸同源性相對(duì)較低,為77.1％～98.1％；
　　 2.河南省4株ECHO25同屬B1基因亞型；
　　 3.所測(cè)HN-02河南分離

6、株基因組全長(zhǎng)7423bp,與原型株JV-4編碼區(qū)核苷酸差異為18.8％,氨基酸差異為3.5％。其中VP4-VP2核苷酸差異為18.6％～19.2％、VP1核苷酸差異為19.6％；P2、P3核苷酸差異分別為17.5％、19.9％。9種型別人腸道病毒B組比對(duì)發(fā)現(xiàn):不同型別間VP4-VP2核苷酸差異為20.5％～34.3％、VP1核苷酸差異為30.9％～40.1％;P2、P3核苷酸差異為11.0％～19.4％；
　　 4.HEVB組間

7、UTRs與非結(jié)構(gòu)蛋白編碼區(qū)(P2,P3)相似度要遠(yuǎn)大于P1區(qū)衣殼蛋白(VP4-VP2,VP1)編碼基因；
　　 5.河南分離株氨基酸組成以非極性的亮氨酸最多,占7.9％；其次是非極性的纈氨酸,占7.8％；極性的色氨酸最少,占1.5％。二級(jí)結(jié)構(gòu)以β折疊為主,其次為α螺旋和β轉(zhuǎn)角,少有無規(guī)則卷曲,親水性高,存在多個(gè)潛在的抗原表位位點(diǎn)。
　　 結(jié)論:
　　 1.與國(guó)外原型株JV-4不同,已形成新的基因亞型B1；2.與原